Chủ quan: Mặc dù đã có những cố gắng và đạt được nhiều thành tựu quan trọng, song chúng ta phải nhìn nhận rằng quá trình hợp tác vẫn còn tồn tại những hạn chế và chưa đạt được những kết quả như mong muốn. Các chương trình văn hóa, giáo dục được thực hiện ở Việt Nam đạt kết quả không cao, quá trình hợp tác chỉ sôi nổi ở trong giai đoạn đầu, thiếu đi cơ chế hợp tác chặt chẽ thống nhất. Mặt khác việc hợp tác giữa UNESCO và Việt Nam mang tính thử nghiệm, không có chế định ràng buộc nên những thành tựu đạt được còn nhiều hạn chế, cộng với những hạn chế mang tính chủ quan về phía Việt Nam như công tác quản lý di sản có sự chồng chéo giữa các cấp ngành, cũng như sự hạn chế về năng lực cán bộ ở địa phương cũng ảnh hưởng đến các kết quả đạt được. Một ví dụ dễ nhận thấy sự thiếu đồng bộ trong đội ngũ cán bộ và trong việc quản lý các di tích như ở Quảng Nam nơi có hai di sản văn hóa thế giới nhưng có tới ít nhất 3 cơ quan tham gia quản lý là Trung tâm bảo tồn di tích tỉnh Quảng Nam thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Nam, Trung tâm quản lý bảo tồn di tích Hội An thuộc Ủy ban nhân dân thị xã Hội An và Ban quản lý di tích và du lịch Mỹ Sơn trực thuộc Ủy ban nhân dân huyện Duy Xuyên. Việc quản lý các khu dự trữ sinh quyển cũng gặp khó khăn, đặc biệt là các khu dự trữ sinh quyển có những đặc điểm khác nhau và có tiêu chí bảo vệ khác nhau. Thực tế việc quản lý các Khu dự trữ sinh quyển không gống nhau ở các địa phương (có nơi thuộc quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, có nơi thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, hoặc Ủy ban nhân dân tỉnh), mặt khác các khu dự trữ sinh quyển nằm trên địa bàn các tỉnh khác nhau, như khu dự trữ sinh quyển vùng đất ngập nước châu thổ sông Hồng nằm trên địa bàn 3 tỉnh Nam Định, Ninh Bình và Thái Bình. Chính vì vậy, để quản lý bền vững các di sản này cần có cơ chế, chính sách thích hợp và nhất quán cũng như nâng cao năng lực của nguồn nhân lực tại chỗ cùng cơ chế sử dụng
nguồn tài chính hiện có tại địa phương, bên cạnh sự hỗ trợ của Nhà nước cũng như các tổ chức quốc tế khác.
Khách quan: Là một tổ chức quốc tế quy tụ tới 191 nước thành viên, tuy nhiên UNESCO chịu sự chi phối của các cường quốc lớn, các nước có sự đóng góp quan trọng trong quỹ tài chính của UNESCO. Cũng vì lý do đó mà các cường quốc này đã chi phối đến một số các quyết định của UNESCO, mà một trong những vấn đề đó là “vấn đề nhân quyền”. Đây không phải là nội dung trọng tâm trong hoạt động của UNESCO. Năm 1966, UNESCO đã đề ra “Thỏa ước Nhân quyền” và khuyến khích các quốc gia thực hiện theo nội dung này. Trong đó nhấn mạnh việc thực hiện các quyền cơ bản của con người như quyền được giáo dục, quyền chia sẻ các tiến bộ khoa học, quyền tham gia tự do vào các hoạt động văn hóa, quyền trao đổi thông tin...phù hợp với bản sắc văn hóa và hoàn cảnh phát triển của các quốc gia. Tuy nhiên, tại các kỳ họp của Hội đồng chấp hành UNESCO (mỗi năm 2 lần), Ủy ban Công ước và Khuyến nghị (về nhân quyền) của UNESCO tiến hành các cuộc họp kín (không thông báo với cơ quan báo chí) để xem xét một số trường hợp cá nhân được thông tin với UNESCO là “bị vi phạm nhân quyền”, qua đó khuyến nghị chính phủ các nước liên quan cải thiện tình hình nhân quyền trong các lĩnh vực thuộc thẩm quyền UNESCO. Việt Nam là một trong những nước đã đạt được nhiều thành tựu đáng kể trong việc đảm bảo cho người dân của mình những quyền lợi cơ bản trong lĩnh vực giáo dục, xã hội, văn hóa…Thực tế này đã được chính UNESCO công nhận. Tuy nhiên trong một vài trường hợp UNESCO nêu lên các nhân bị giam giữ, xử lý tại Việt Nam do vi phạm pháp luật Việt Nam. Qua đó, UNESCO khuyến nghị chính phủ Việt Nam có các biện pháp cải thiện “tình hình nhân quyền” cho các cá nhân nêu trên. Việc xử lý vấn đề nhân quyền của UNESCO cũng có phần chịu tác động bởi quan điểm áp đặt của một số nước Phương Tây, và do các cá nhân tổ
chức có thái độ thù địch với Việt Nam đã cố tình cung cấp những thông tin xuyên tạc, không chính xác hoặc không đầy đủ để vu cáo Việt Nam. Để khắc phục được vấn đề này, từ những năm 90, Việt Nam đã cử đại diện tham gia vào các phiên họp của Ủy ban Công ước và Khuyến nghị để bày tỏ rõ ràng quan điểm cũng như cung cấp thêm thông tin đối với các trường hợp cụ thể bị tố cáo “vi phạm nhân quyền” nhằm khẳng định các trường hợp nêu lên đã vi phạm pháp luật Việt Nam và đang được xét xử theo đúng trình tự thẩm quyền pháp luật Việt Nam. Qua thái độ hợp tác tích cực, Việt Nam đã không để vấn đề này ảnh hưởng đến sự phát triển ngày càng tốt đẹp và hiệu quả với UNESCO. Tuy nhiên những khác biệt về quan điểm nhân quyền giữa các nhóm nước là một thực tế sẽ còn tồn tại lâu dài, do vậy chúng ta phải tiếp tục chủ động tìm ra phương cách phù hợp để xử lý ổn thỏa vấn đề này ở diễn đàn UNESCO cũng như một số các diễn đàn quốc tế khác.