Để hội nhập hiệu quả, yếu tố quan trọng hàng đầu chính là sức cạnh tranh của doanh nghiệp. Hiện nay, sức cạnh tranh của các doanh nghiệp nông nghiệp Việt Nam không cao. Quy mô doanh nghiệp nhỏ cả về vốn và nguồn nhân lực, trình độ cán bộ trong doanh nghiệp không cao và sự phát triển nhân lực của các doanh nghiệp giữa các khu vực trong nước cũng không đồng đều. Nguồn tài chính của doanh nghiệp nhỏ và phần lớn là vốn đi vay, với số lượng vốn đi vay khá lớn như vậy, chí phí giá thành sản phẩm sẽ phải gánh chi phí lãi suất ngân hàng. Điều này sẽ làm giảm sức cạnh tranh của doanh nghiệp, nhất là khi có những biến động về tài chính. Tốc độ đổi mới công nghệ của doanh nghiệp còn chậm, đầu tư cho đổi mới công nghệ ở mức thấp. Phần lớn các doanh nghiệp chưa so sánh được giá thành sản phẩm của mình với các đối thủ cạnh tranh trong và ngoài nước. Việc đăng ký thương hiệu, nhãn hiệu sản phẩm còn nhiều hạn chế. Đa số các doanh nghiệp mới đăng ký nhãn hiệu tại Việt Nam, chưa đến 13% số doanh nghiệp có đăng ký thương hiệu, điều này gây hạn chế khá lớn đến khả năng mở rộng thị trường của doanh nghiệp ra nước ngoài.
Về phần thông tin, đa số các doanh nghiệp chưa có hệ thống thông tin cũng như ứng dụng những phương pháp và công cụ dự báo tiên tiến, chủ yếu là dựa vào kinh nghiệm. Khách hàng chủ yếu là khách hàng truyền thống, những thương vụ thông qua tham tán thương mại hầu như chưa có. Các công ty chủ yếu dựa vào những hợp đồng giữa các chính phủ, phần tự khai thác thị
trường mới chưa nhiều. Các công ty xuất khẩu của Việt Nam hầu như chưa có văn phòng đại diện tại các nước nhập khẩu lớn để có thể thu thập thông tin nhanh và chính xác nhất để phục vụ cho chiến lược sản phẩm của mình. Các doanh nghiệp chưa quan tâm đúng mức tới xúc tiến thương mại. Việc xây dựng vùng nguyên liệu thông qua các hợp đồng dài hạn ít được các doanh nghiệp xuất khẩu nông sản quan tâm.
Do vậy, để nâng cao sức cạnh tranh của doanh nghiệp, các doanh nghiệp cần xây dựng chiến lược phát triển dài hạn và cải thiện năng lực cạnh tranh của mình. Doanh nghiệp cần chủ động tìm hiểu các nguyên tắc của WTO, xem xét các cam kết với WTO liên quan đến khu vực hoạt động của mình để có thể hiểu rõ hơn những lợi ích và thách thức do các cam kết này mang lại. Đây là cơ sở để các doanh nghiệp hoạch định chiến lược kinh doanh và cạnh tranh dài hạn cho mình. Chiến lược cạnh tranh của doanh nghiệp cần được kết hợp giữa việc tiếp tục hoạt động xúc tiến xuất khẩu các sản phẩm truyền thống với việc đa dạng hoá sản phẩm và cải thiện toàn diện năng lực cạnh tranh. Doanh nghiệp cần chuyển dịch năng lực cạnh tranh dựa trên giá rẻ của mình sang việc tập trung vào nâng cao hàm lượng giá trị gia tăng trong chuỗi giá trị. Đồng thời, các doanh nghiệp cần đa dạng hoá sản phẩm, thị trường và nguồn nguyên liệu đầu vào.
Doanh nghiệp cần tăng cường hoạt động nghiên cứu thị trường, xây dựng đội ngũ cán bộ có chuyên môn sâu, hoàn thiện chiến lược phân phối và tổ chức mạng lưới thu mua nguyên liệu và bán hàng. Xây dựng, phát triển và đăng ký thương hiệu, nhãn hiệu không chỉ trong phạm vi Việt Nam mà cần phát triển và được công nhận của các bạn hàng quốc tế.
Để nâng cao sức cạnh tranh của doanh nghiệp cần sự quan tâm của cả doanh nghiệp và nhà nước.
Về phía nhà nước, song song với chính sách mở cửa nền kinh tế, Chính phủ cần đẩy mạnh công cuộc cải tổ trong nước nhằm đáp ứng những đòi hỏi
của hội nhập như: hoàn thiện môi trường kinh tế vĩ mô, tạo sân chơi bình đẳng cho các thành phần kinh tế, thúc đẩy sự phát triển của thị trường đất đai, lao động, vốn cũng như cơ sở hạ tầng về giao thông, đào tạo… Đồng thời, xây dựng và tăng cường vai trò phối hợp hoạt động của các doanh nghiệp thông qua tổ chức hiệp hội nghề nghiệp, ngành hàng.