Chất lượng hàng nông sản là mối lo ngại của người tiêu dùng cũng như các nhà nhập khẩu. Chính phủ Việt Nam đã có nhiều động thái để tăng cường giám sát, quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, phải dựa trên các tiêu chuẩn và hướng dẫn của các tổ chức quốc tế, phối hợp với các đối tác nhập khẩu chính để xây dựng tiêu chuẩn chất lượng và hệ thống kiểm tra, đánh giá, công nhận tiêu chuẩn chất lượng. Từ kết quả đánh giá, hình thành danh mục các doanh nghiệp đủ tiêu chuẩn xuất khẩu nông sản cho từng mặt hàng. Các doanh nghiệp chưa đủ tiêu chuẩn phải quy định thời hạn nâng cấp để đủ tiêu chuẩn.
Một biện pháp khác là hình thành các liên kết dọc từ sản xuất đến phân phối và hệ thống này phải tuân thủ chặt chẽ các quy định về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm để có sản phẩm đủ tiêu chuẩn chất lượng cho thị trường trong nước và xuất khẩu. Tuy nhiên, hiện nay quy mô hộ sản xuất
nông sản quá nhỏ bé và phân tán nên ảnh hưởng rất lớn đến việc áp dụng các biện pháp quản trị chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm.
Các doanh nghiệp cần chủ động triển khai áp dụng các hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn quốc tế như ISO 9000, ISO 14000, HACCP….tăng cường công tác nghiên cứu thị trường. Các thông tin về thị trường sẽ giúp các doanh nghiệp có được các biện pháp hữu hiệu để đáp ứng yêu cầu của khách hàng. Các thông tin mà doanh nghiệp cần quan tâm như văn hoá, các quy định cụ thể về bao bì, nhãn hiệu, các vấn đề bảo vệ môi trường… Các doanh nghiệp cũng cần thường xuyên cập nhật và nắm rõ các quy định về tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm, bảo vệ môi trường của bạn hàng. Việc xây dựng vùng nguyên liệu ổn định thông qua các hợp đồng dài hạn cũng là một biện pháp hữu hiệu để đảm bảo nguồn nguyên liệu ổn định về số lượng và chất lượng cho doanh nghiệp.
Các công ty kinh doanh nông sản và vật tư nông nghiệp là những tác nhân hiểu biết hơn so với nông dân về thị trường trong nước và thế giới, các tiêu chuẩn cụ thể của sản phẩm, của từng đối tác và sử dụng những tư liệu sản xuất nào đảm bảo tiêu chuẩn vệ sinh thực phẩm theo tiêu chuẩn thế giới. Phần lớn nông dân sản xuất theo kinh nghiệm và không biết những yêu cầu của thị trường về sản phẩm mà mình sản xuất. Do vậy, việc sử dụng phương thức ký kết hợp đồng sản xuất và tiêu thụ nông sản dài hạn để qua đó đưa các tiêu chuẩn kỹ thuật, vệ sinh an toàn thực phẩm vào quá trình sản xuất nông sản của nông dân, đưa công nghệ mới áp dụng vào sản xuất nhanh chóng, rộng rãi. Điều này mang lại lợi ích cho cả doanh nghiệp và nông dân, đồng thời góp phần nâng cao chất lượng sản phẩm, đáp ứng được các tiêu chuẩn quốc tế về sản phẩm.
Bên cạnh đó, Chính phủ và các cơ quan hữu quan cần hỗ trợ doanh nghiệp tiếp cận và áp dụng các tiêu chuẩn quốc tế thông qua việc xây dựng và hoàn thiện hệ thống quy định và tiêu chuẩn quốc gia phù hợp với tiêu chuẩn
quốc tế, để các tiêu chuẩn của Việt Nam được các đối tác quốc tế chấp nhận. Có như vậy, các doanh nghiệp xuất khẩu sẽ không phải tốn chi phí để kiểm định chất lượng ở nước ngoài sau khi đã tuân thủ các tiêu chuẩn của Việt Nam. Tổ chức đào tạo, tuyên truyền, giới thiệu các quy định về tiêu chuẩn quốc tế liên quan nhằm tăng cường khả năng hội nhập của các doanh nghiệp Việt Nam.