Thuế xuất nhập khẩu của Việt Nam cũn thiếu tớnh ổn định, quỏ trỡnh xõy dựng và ban hành cũn rườm rà, phức tạp, chưa phỏt huy hết tỏc dụng thỳc đẩy phỏt triển hoạt động xuất khẩu, quản lý nhập khẩu.
Chớnh sỏch thuế xuất nhập khẩu hiện nay đang phải phục vụ quỏ nhiều mục tiờu, nhiều chớnh sỏch xó hội, dẫn đến việc ỏp dụng nhiều mức thuế khỏc nhau, nhiều trường hợp được xột miễn giảm thuế đó làm cho chớnh sỏch thuế phức tạp, thiếu minh bạch và thiếu hiệu quả.
Chớnh sỏch thuế nhập khẩu được xõy dựng dựa trờn nguyờn tắc bảo hộ sản xuất trong nước. Cụ thể, những mặt hàng là mỏy múc, thiết bị, nguyờn vật liệu
trọng yếu mà trong nước chưa sản xuất được thỡ ỏp dụng mức thuế suất rất thấp, những mặt hàng mà trong nước đó sản xuất được thỡ ỏp dụng mức thuế suất cao. Mức độ bảo hộ khụng được phõn định theo những ngành sản xuất dựa trờn lợi thế cạnh tranh, do đú việc bảo hộ bằng thuế cũn thiếu chọn lọc.
Chớnh sỏch thuế nhập khẩu hiện nay cũn chưa tương đồng với chớnh sỏch thuế trong khu vực và trờn thế giới. Giỏ tớnh thuế hiện nay vẫn cũn 8% nhúm hàng cũn chịu giỏ tớnh thuế tối thiểu (khụng tớnh thuế theo giỏ trị hợp đồng). Quy định này trong điều kiện đặc thự ở Việt Nam hiện nay là tương đối phự hợp, nhưng khi Việt Nam tham gia vào tổ chức thương mại thế giới (WTO) thỡ việc ỏp dụng giỏ tớnh thuế tối thiểu sẽ vi phạm quy định về xỏc định trị giỏ tớnh thuế theo giỏ giao dịch thực của GATT/WTO.
Thuế XNK của Việt Nam cũn rất đơn giản về cơ cấu, hiện nay Việt Nam mới chỉ ỏp dụng thuế quan phần trăm thụng thường. Một số hỡnh thức thuế quan khỏc mà nhiều nước đang ỏp dụng, khụng trỏi với quy định của WTO mới đưa vào ỏp dụng như thuế tuyệt đối, thuế chống trợ cấp xuất khẩu, thuế chống bỏn phỏp giỏ, cỏ biệt cú loại thuế mựa vụ,.. thỡ vẫn chưa được ỏp dụng ở Việt Nam.