Năm 1407, quân Minh xâm lƣợc Đại Việt. Nhân dân Nà Lữ cùng nhân dân các dân tộc Cao Bằng đứng lên chống trả quyết liệt. Song sức giặc mạnh nên cuộc kháng chiến nhanh chóng bị thất bại. Quân Minh đã chọn thành Nà Lữ là trụ sở chính, đồng thời, đặt các đồn binh dọc các đƣờng giao thông và những nơi đông dân nhƣ Đống Lân (xã Vu Thuỷ), Bác Khê, Gia Cung, Cốc Chủ, Háng Cáp (Nƣớc Hai)..., đồng thời thiết lập bộ máy cai trị. Theo sự sắp xếp bộ máy hành
chính của nhà Minh thì Nà Lữ thuộc đất huyện Thái Nguyên, phủ Thái Nguyên [98, tr.654]. Chúng đào tạo một số thổ quan làm tay sai nhằm thực hiện chính sách lấy ngƣời Việt trị ngƣời Việt. Năm 1419, để tăng cƣờng vai trò của bộ máy hành chính cấp địa phƣơng, nhà Minh tiến hành tổ chức lại hệ thống xã, thôn. Theo đó, cứ 110 hộ lập thành 1 lý do Lý trƣởng đứng đầu. Dƣới lý là giáp, mỗi giáp 10 hộ, do Giáp thủ đứng đầu. Lý trƣởng và Giáp thủ có nhiệm vụ thu thuế cho chính quyền đô hộ. Chúng thi hành chính sách áp bức bóc lột hết sức tàn bạo, cho quân cƣớp bóc thóc gạo, vơ vét tài sản của nhân dân, bắt trai tráng trong vùng làm thổ binh cho chúng, ai chống lại bị giết luôn, ai chạy trốn thì bắt vợ con. Phụ nữ có mang thì mổ bụng, trẻ con thì đem ra bờ ruộng chồng lên nhau rồi lấy cây nhọn xuyên qua lƣng, để xác thối cho quạ rỉa... Nhân dân khắp vùng oán thán, nổi dậy chống quân Minh dƣới sự lãnh đạo của các thổ hào địa phƣơng. Họ tập hợp nhau trong các bản, mỗi khi có giặc đến thì chạy vào trong các “Dẻ”, cho ngƣời canh gác và sẵn sàng chiến đấu. “Dẻ” trong tiếng Tày là thành luỹ, nơi bảo vệ con ngƣời và tài sản.
Cuộc khởi nghĩa tiêu biểu nhất của nhân dân Cao Bằng chống ách đô hộ nhà Minh là khởi nghĩa của Bế Khắc Thiệu, trung tâm là cánh đồng Hòa An. Bế Khắc Thiệu quê ở xã Phù Dúng, tổng Phù Dúng, châu Thạch Lâm (nay thuộc Hà Quảng, tỉnh Cao Bằng). Ông tổ của Bế Khắc Thiệu thuộc dòng dõi của Nguyễn Trãi. Khi gia đình Nguyễn Trãi bị chu di tam tộc, một ngƣời con trai của ông đã chạy lên Cao Bằng, dừng chân dạy học tại Áng Mò (xã Bắc Khê, tổng Xuất Tính, châu Thạch Lâm, nay là vùng Canh Tân, Minh Khai của huyện Thạch An). Ông trọ nhà họ Bế thuộc dòng dõi thổ tù lớn nhất vùng, sau đƣợc họ Bế gả con gái cho. Theo tập tục của ngƣời Tày, nếu ăn sản nghiệp bên vợ thì phải mang họ vợ, hoặc mang hai họ (lấy họ vợ đặt trƣớc họ mình). Từ đó, ông mang họ Bế Nguyễn. Các thế hệ tiếp theo đổi dần ra các nhánh khác nhƣ Bế Khắc, Bế Ích, Bế Hựu…[30]
Bế Khắc Thiệu là một hào trƣởng, hay cứu giúp ngƣời nghèo nên đƣợc mọi ngƣời quý mến và kính trọng. Ông thích ngao du, kết bạn với những ngƣời có nghĩa khí. Trong số những ngƣời bạn của ông, Nông Đắc Thái là ngƣời giỏi võ nghệ, đƣợc tiên truyền cho cây nỏ thần bắn trăm phát trăm trúng, quê ở Nà Giƣởng, tổng Nhƣợng Bạn (nay là Hồng Việt, Hòa An). Hai ông đã cùng nhau tập hợp lực lƣợng, chuẩn bị mọi mặt để khởi nghĩa chống quân Minh. Bế Khắc Thiệu đƣợc suy tôn làm tƣớng quân, Nông Đắc Thái là phó tƣớng. Trong dân
gian hiện nay vẫn còn lƣu truyền câu ca “Khắc Thiệu vi vƣơng, Đắc Thái vi thần”. Theo ý kiến của Nông Đắc Thái, Bế Khắc Thiệu dựng thành ở núi Khau Phƣớc (Khau Phƣớc – núi chim Khách) thuộc xã Cối Khê (nay là núi Bế Khắc Thiệu thuộc Mã Quan, Hồng Việt, Hòa An). Đây là núi đất cao, từ trên đỉnh có thể quan sát rất rõ toàn bộ khu vực cánh đồng Hòa An, lại nằm sát sông Bằng Giang, sƣờn núi có mỏ nƣớc tự nhiên, phía nam giáp ngay thành Nà Lữ, phía tây là núi Khau Khấu, làng Kẻ Ngõa và dãy núi đá Liên Sơn trùng điệp. Đóng quân ở đây vừa thuận lợi về nguồn lƣơng thực, vừa tiện cho việc quan sát, tiến đánh quân Minh cũng nhƣ đảm bảo rút lui an toàn khi cần thiết. Hiện nay, trên núi Bế Khắc Thiệu còn nhiều dấu tích nhƣ đƣờng hào nối từ đỉnh núi xuống Đèo Bình, thông ra Nà Lữ và dọc bờ sông, chạy theo thung lũng để về dãy núi Liên Sơn (Lam Sơn). Trên đỉnh núi đƣợc san phẳng, tƣơng truyền là nơi xây dựng doanh trại. Xung quanh còn nhiều địa danh lƣu giữ dấu ấn của nghĩa quân Bế Khắc Thiệu nhƣ Bàn Cờ (nơi quân lính vui chơi), Bến Lƣu (nơi giữ nƣớc cung cấp cho quân trong thành), Mã Quan (bến tắm ngựa) … đặc biệt là các “Dẻ” nhƣ Dẻ Đoóng, Dẻ Nghều, Dẻ Gụp (xã Hồng Việt); Dẻ Vủa, Dẻ Phai, Dẻ Chang, Dẻ Khau Khang, Dẻ Rào, Dẻ Phya Pán (xã Bình Long)... Hệ thống các “Dẻ” này giúp cho nhân dân cũng nhƣ quân Bế Khắc Thiệu náu mình mỗi khi quân Minh đi càn.
Đƣợc sự ủng hộ của nhân dân trong vùng, nghĩa quân Bế Khắc Thiệu ngày càng lớn mạnh, giành nhiều thắng lợi, tiêu biểu nhất là trận Nà Khuổi. Theo tài liệu địa phƣơng, quân Minh có một vệ ở Nà Lữ nhƣng không dám đánh đồn Khau Phƣớc. Bởi đƣờng từ thành Nà Lữ lên núi Khau Phƣớc dốc cao, khó đi, đƣờng hành quân lên chỉ có thể đi một ngƣời. Năm 1426, quân Minh sau khi thất thủ ở đồn Đống Lân, Mục Mã ... đã co cụm lại ở Nà Lữ. Chúng quyết định tiến công thành Khau Phƣớc từ phía Bắc theo con đƣờng Nà Lữ đi Kẻ Trặng, lên Roỏng Nguổc, Bản Hào, Nà Khuôn, rồi tiến theo khe lũng nhỏ Nà Khuổi, đánh úp thành từ phía sau. Biết đƣợc kế hoạch của địch, phó tƣớng Nông Đắc Thái đã chỉ huy quân phục kích ở hai sƣờn núi Nà Khuổi, quân Minh bị thất bại nặng nề. Tƣớng giặc là Trình Dƣơng bị Nông Đắc Thái bắn vào mắt phải mà tử trận. Cùng lúc ấy, một đội quân của Bế Khắc Thiệu theo hƣớng đông, dọc sông Bằng tấn công thành Nà Lữ [113, tr.158]. Chỉ trong một ngày, nghĩa quân đã giải phóng cả khu vực Hoà An rộng lớn. Quân Minh ở các đồn khác nghe tin thành Nà Lữ bị hạ liền bỏ chạy. Cao Bằng hoàn toàn giải phóng. Nhân dân trong vùng còn lƣu truyền thơ rằng:
“Núi Khắc Thiệu trời mây man mác Sông Bằng Giang sóng bạc trùng trùng Sơn kỳ thuỷ tụ một vùng
Xuất sinh tuấn kiệt anh hùng vô song”
Sau khi chiếm đƣợc thành Nà Lữ, Bế Khắc Thiệu cho tu sửa lại thành và đóng quân ở đây.
Trong quá trình khởi nghĩa, Bế Khắc Thiệu luôn tìm cách liên minh với các nghĩa quân khác nhƣ nghĩa quân Nông Văn Lịch ở Lạng Sơn ... Khi nghe tin cuộc khởi nghĩa Lam Sơn của Lê Lợi nổ ra - là nơi hội tụ của nhiều tƣớng giỏi yêu nƣớc, Bế Khắc Thiệu đã lặn lội vào Thanh Hoá tìm gặp và xin gia nhập nghĩa quân Lam Sơn. Hiện nay, chúng ta không rõ Bế Khắc Thiệu bắt đầu theo Lê Lợi từ năm nào, chỉ biết ông có tên trong phái đoàn nghĩa quân Lam Sơn do Bình Định vƣơng cầm đầu trong Hội thề Đông Quan (10/12/1427). Tƣớng lĩnh đi theo Lê Lợi là những nhân vật nổi tiếng nhƣ Trần Nguyên Hãn, Lƣu Nhân Chú, Phạm Văn Xảo, Nguyễn Chích, Nguyễn Lý, Phạm Bôi, Bế Khắc Thiệu… Sự có mặt của Bế Khắc Thiệu trong phái đoàn này cũng đủ nói lên vai trò to lớn của ông trong cuộc kháng chiến chống Minh cũng nhƣ sự nhìn nhận đánh giá của Lê Lợi đối với ông. Khi Lê Lợi lên ngôi (1428), ông là một trong 26 ngƣời đƣợc phong tƣớc Á hầu và mang quốc tính (Lê Khắc Thiệu) [41, tr.222].
Nhƣng đến năm 1430, sử cũ chép “Tháng 11, vua đi đánh bọn nghịch tặc ở châu Thạch Lâm, trấn Thái Nguyên là Bế Khắc Thiệu và Nông Đắc Thái. Bấy giờ, Khắc Thiệu và Đắc Thái tranh nhau tự lập, nên phải đi đánh”… “tháng 2 năm 1431, vua bắt đƣợc Bế Khắc Thiệu và Nông Đắc Thái đem về” [51, tr.305-
306]. Sách Cương mục viết: “Tháng 2, mùa xuân. Nhà vua tiến quân đến châu
Thạch Lâm, thắng trận: Khắc Thiệu phải chạy rồi chết; bắt đƣợc Đắc Thái... Đem tội trạng của Khắc Thiệu và Đắc Thái báo cáo cho trong kinh đô và ngoài
các lộ đều biết” [77, tr.861]. Cao Bằng tạp chí nguyệt tập ghi: “Tháng 2 năm thứ
4 Thái Tổ ngự giá thân chinh, bọn võ thần là Lê Tuân, Lê Tải theo quân tiến đến thành Nà Lữ châu Thạch Lâm đại chiến với Khắc Thiệu, máu nhuộm đỏ cả long bào, chính tay chém Bế Khắc Thiệu ở núi Phya Tém” ... “Lại bắt đƣợc Đắc Thái đem về kinh sƣ chém đầu” [38, tr.71]. Vua Lê Thái Tổ còn tự mình làm bài thơ khắc trên núi Phya Tém (nay thuộc xã Bình Long, huyện Hoà An):
Phiên âm: Bất từ vạn lý chỉnh sƣ đồ
Thiên địa bất dung gian giản tại; Cổ kim thuỳ xá bạn thần tru,
Trung lƣơng tự khả lƣơng đa phúc; Bạo bội chung nan bảo nhất khu Đái lệ bất di thần tử tiết
Danh thuỷ vạn cổ dữ sơn câu
Dịch nghĩa: Đƣờng xa chẳng quản ngại ra quân, Chỉ muốn biên phƣơng cứu lấy dân Trời đất chẳng dung phƣờng phản tặc Xƣa nay ai xá tội gian thần,
Trung lƣơng ắt tự giành nhiều phúc Bạn nghịch đành khôn giữ chiếc thân Sông cạn đá mòn không đổi tiết
Danh cùng núi ấy vạn năm xuân. [67, tr.418]
Sau khi thắng trận, vua Lê Thái Tổ đã cho lập sinh từ của mình ở cửa phía Đông thành Nà Lữ, tựa lƣng vào gò Long, nhìn ra sông Bằng để chiêu an, vỗ về dân chúng và khẳng định sức mạnh cũng nhƣ uy thế của mình ở vùng đất này. Trƣớc khi trở về, vua Lê Thái Tổ để lại một tấm áo bào và một thanh kiếm sắc cho nhân dân thờ cúng [99, tr.118]. Đồng thời, vua cử hai võ tƣớng là Lê Tuân
và Lê Tải ở lại trấn thủ thành Nà Lữ [38, tr.71],trở thành ông tổ của dòng họ Lê
ở xã Hoàng Tung và xã Hồng Việt (huyện Hoà An).
Về mặt hành chính, Lê Thái Tổ vẫn đặt Nà Lữ là một trong 174 xã của châu Thái Nguyên, phủ Yên Bình, trấn Thái Nguyên [98, tr.240,654], nằm trong Bắc Đạo. Đến đời Lê Thánh Tông, đổi châu Thái Nguyên thành châu Thạch Lâm, thừa tuyên Thái Nguyên (Năm 1469 đổi thành Ninh Sóc thừa tuyên) do phiên thần họ Bế thế tập cai quản [67, tr.403]. Theo Nguyễn Văn Siêu, năm Quang Thuận thứ 10, định số phủ, huyện, châu cho 12 thừa tuyên ... Ninh Sóc lại gọi là Thái Nguyên, đặt thêm phủ Cao Bằng, đặt vệ Ninh Sóc ... Phủ Cao Bằng lúc bấy giờ thuộc thừa tuyên Thái Nguyên, gồm 4 châu: Thƣợng Lang, Hạ Lang, Thạch Lâm, Quảng Uyên [86, tr.148]. Theo đó, Nà Lữ vẫn là một trong 92 xã của châu Thạch Lâm [86, tr.159]. Năm 1499, Cao Bằng đƣợc tách ra làm một trấn riêng, từ đó, châu Thạch Lâm thuộc vào trấn Cao Bằng, đặt dƣới sự quản lý của các phiên thần.