Bao bọc phía Đông và Đông Nam phƣờng Nà Lữ là sông Bằng – tuyến giao thông đƣờng thủy quan trọng và cũng là tuyến đƣờng buôn bán chính giữa Cao Bằng với Long Châu (Trung Quốc). Từ cuối thế kỷ XVI, khi nhà Mạc đóng đô ở Nà Lữ, mở chợ buôn bán ở gần cổng thành, dân cƣ khắp vùng đến giao lƣu buôn bán ngày càng đông. Họ đến chợ chủ yếu thông qua đƣờng thủy. Hiện nay còn dấu tích bến đò ở xóm Bến Đò và xóm Nà Lữ, tƣơng truyền còn có một bến đò ở khu vực làng Đền là bến thuyền dành riêng cho vua đi. Theo ngƣời dân kể lại, khi kinh đô đƣợc mở rộng sang Cao Bình (bên kia sông Bằng), vua và các quan thƣờng xuyên đi lại giữa thành Nà Lữ và thành Bản Phủ bằng thuyền. Thuyền của vua đƣợc đóng ván, trang trí rất đẹp. Ngƣời dân Nà Lữ đi lại chủ yếu bằng bè mảng. Đây cũng là phƣơng tiện quan trọng để họ đi đánh cá hoặc chuyên chở hàng hóa buôn bán với những vùng lân cận hay địa phƣơng xa.
Bên cạnh đƣờng thủy, đƣờng bộ là một tuyến giao thông quan trọng của ngƣời dân Nà Lữ. Phƣơng tiện đi lại và vận chuyển chủ yếu là đi bộ với những chiếc đòn gánh cổ truyền bằng tre, gỗ cùng đôi dậu trên vai. Ngoài ra, đồng bào còn vận chuyển bằng sức kéo của gia súc nhƣ ngựa thồ, xe trâu, xe bò. Họ dùng gia súc để kéo gỗ, tre nứa từ rừng về, hoặc để chuyên chở ngƣời và hàng hóa. Trƣớc thế kỷ XVII, đƣờng đi lại của cƣ dân địa phƣơng là những con đƣờng mòn nối khu cƣ dân của Nà Lữ với cánh đồng, rừng và những vùng cƣ dân lân cận. Khi nhà Mạc đóng đô ở Nà Lữ đã cho mở rộng con đƣờng phía đông, chạy dọc theo sông Bằng, nối ra sông Hiến, đƣờng thông xuống Thái Nguyên. Ngoài đi thuyền, vua quan nhà Mạc còn đi lại bằng ngựa.