Thế kỷ XI, Cao Bằng vẫn tồn tại phổ biến những bộ lạc Tày cổ cƣ trú trong một địa vực nhất định, thƣờng gọi là khe, động nhƣ động Xuân Phách, động Lôi Hỏa,…còn mang tính độc lập do các tù trƣởng nắm giữ. Vùng cƣ trú của các tộc ngƣời Tày - Nùng - Choang ở phía Bắc Việt Nam và Nam Trung Quốc đóng vai trò nhƣ vùng đệm, vùng trung gian và chịu sức ép từ hai phía là nhà Tống (Trung Quốc) và nhà Lý (Việt Nam). Đƣờng biên giới lúc đó chƣa đƣợc phân định nhƣ thời cận hiện đại mà vẫn dựa trên biên giới tộc ngƣời. Sau 1000 năm Bắc thuộc, biên giới Việt - Trung gần nhƣ bị xoá bỏ trong phân định các khu vực hành chính đƣơng thời. “Về phía Tây Cao Bằng, dân Man sống thành từng động không hẳn
thuộc về ai, cho nên biên giới có thể nói là chƣa có”, “các bộ lạc phía tây hầu nhƣ độc lập, ai mạnh kẻ nấy quản” [33, tr.85]. Lúc này, cả hai quốc gia (cụ thể là nhà Lý và nhà Tống) đều muốn mở rộng và khẳng định quyền thống trị của mình.
Nhà Lý ra sức củng cố vùng biên viễn bằng những chính sách và biện pháp vừa mềm mỏng, vừa kiên quyết. Một mặt, nhà Lý đoàn kết và tranh thủ các tù trƣởng miền núi bằng cách phong chức tƣớc, gả công chúa cho họ nhằm thắt chặt quan hệ giữa triều đình và các tộc ngƣời thiểu số. Mặt khác, vua quan nhà Lý khôn khéo đấu tranh làm thất bại các âm mƣu, thủ đoạn chia rẽ các tù trƣởng, các tộc ngƣời thiểu số với triều đình Đại Việt, kiên quyết dập tắt các cuộc nổi dậy có xu hƣớng cát cứ địa phƣơng. Nhiều động Tày - Nùng đã quy thuận, nộp cống cho triều Lý nhƣ châu Vạn Nhai (Vũ Nhai, Thái Nguyên do Nùng Toàn Lộc làm thủ lĩnh), châu Vũ Lặc (thuộc Cao Bằng do Nùng Đƣơng Đạo làm thủ lĩnh), châu Thảng Do (thuộc Cao Bằng do Nùng Tồn Phúc làm thủ lĩnh)… Vua Lý Thái Tông đã khẳng định “họ Nùng nối đời giữ bờ cõi vẫn thƣờng nộp đồ cống” [50, tr.260]. Đó là hành động có ý nghĩa tích cực của các thủ lĩnh họ Nùng ở châu Quảng Nguyên.
Tuy nhiên, trong xu thế phát triển của lịch sử, khi nhà nƣớc trung ƣơng chƣa thể quản lý chặt chẽ vùng biên viễn thì các thủ lĩnh họ Nùng cùng nhân dân Tày – Nùng – Choang ở Cao Bằng và phía Nam tỉnh Quảng Tây cũng muốn nổi dậy, xây dựng một quốc gia độc lập, ngang hàng với Đại Tống và Đại Việt. Năm 1038, Nùng Tồn Phúc đã họp các động chung quanh, “tiếm xƣng là Chiêu Thánh Hoàng Đế, lập A Nùng là Minh Đức Hoàng hậu, phong cho con là Trí Thông làm Nam Nha Vƣơng, đổi châu ấy là nƣớc Trƣờng Sinh, sửa soạn binh giáp, đắp
thành kiên cố để tự giữ, không nộp cống xƣng thần nữa” [50, tr.260]. Đại Nam
nhất thống chí chép: “Nùng Tồn Phúc nổi dậy chiếm thành Nà Lữ làm phản, có tu bổ lại” [67, tr.417]. Nhƣ vậy, kinh đô của nƣớc Trƣờng Sinh đặt tại Nà Lữ.
Việc dựng nƣớc Trƣờng Sinh của Nùng Tồn Phúc đã làm nhà Lý lo sợ, đích thân vua Lý Thái Tông đem quân lên đánh dẹp nhằm dập tắt xu hƣớng cát cứ ly khai ở vùng biên viễn. Điều đó chứng tỏ, châu Quảng Nguyên mà trung tâm là Nà Lữ rất đƣợc nhà Lý coi trọng và ngay từ đầu đã khẳng định đƣợc quyền thống trị ở đây. Vua Lý bắt đƣợc Tồn Phúc và con trai là Trí Thông, còn vợ là A Nùng và con trai thứ là Trí Cao trốn thoát. Khi thắng trận trở về, vua “sai
san phẳng cả thành trì của Tồn Phúc, chiêu an vỗ về nhân dân” [77, tr.316]. Thành Nà Lữ vừa đƣợc Nùng Tồn Phúc gia cố đã bị phá huỷ hoàn toàn.
Ba năm sau (1041), con thứ của Tồn Phúc là Nùng Trí Cao cùng với mẹ là A Nùng lại nổi dậy, chiếm châu Thảng Do, dựng nƣớc Đại Lịch. “Vua sai tƣớng đi đánh, bắt sống đƣợc Trí Cao đem về kinh sƣ. Vua thƣơng tình cha là Tồn Phúc và anh là Trí Thông đều đã bị giết nên tha tội, cho giữ châu Quảng Nguyên nhƣ cũ, lại thêm bốn động Lôi Hỏa, Bình, An, Bà và châu Tƣ Lang nữa” [50, tr.262]. Tƣơng truyền, Nùng Trí Cao đƣợc Lý Thái Tông cho ở lại Thăng Long ăn học 3 năm. Vua Lý đã tha tội cho Trí Cao, tiếp tục dùng ông để cai quản biên viễn và làm yên lòng dân biên giới vì nhà vua biết rõ họ Nùng có ảnh hƣởng rất lớn ở khu vực Cao Bằng. Hơn nữa, vua Lý cũng muốn thông qua Nùng Trí Cao, tiếp tục lôi kéo các khe động vùng biên viễn, thắt chặt mối quan hệ giữa các dân tộc biên giới với Thăng Long, không để nhà Tống giành mất quyền thống trị ở đây. Tháng 9 năm 1043, vua Lý “sai Ngụy Trƣng đến châu Quảng Nguyên ban cho Nùng Trí Cao đô ấn, phong làm Thái bảo” [50, tr.264]. Tháng 12 năm sau, Thái bảo Nùng Trí Cao về chầu. Điều đó chứng tỏ Nùng Trí Cao vẫn tiếp tục giữ lệ tiến cống, thần phục nhà Lý, đồng thời việc ghi chép chu đáo đó cũng chứng tỏ triều đình rất coi trọng ông.
Vốn dè chừng với họ Nùng nên vua Lý Thái Tông vừa dùng Trí Cao vừa canh chừng, để ý. Năm 1048, Nùng Trí Cao vừa giữ động Vật Ác (thuộc đất
Tống), vua liền cho rằng ông làm phản và sai Quách Thịnh Dật (sách Việt sử
lược chép là Quách Thịnh Ích) đi đánh, “Trí Cao phải hàng”. Theo GS. Trần
Quốc Vƣợng, lần này Trí Cao không đầu hàng nhà Lý mà ông đã bị thua trận,
phải chạy sang đất Tống [114, tr.129]. Vì thế, năm 1050, “Nùng Trí Cao giữ
động Vật Dƣơng ở châu An Đức đất Tống, lấy động đó làm nƣớc Nam Thiên, cải nguyên là Cảnh Thuỵ” [114, tr.87]. Năm 1052, “Nùng Trí Cao làm phản, tiếm xƣng là Nhân Huệ Hoàng Đế, đặt quốc hiệu là Đại Nam, sang cƣớp đất Tống, phá trại Hoành Sơn, vây hãm các châu Ung, Hoành, Quý, Đằng, Ngô, Khang, Đoan, Củng, Tầm rồi kéo đến vây thành Quảng Châu... Lại vào Ung Châu, giết tƣớng tá của nhà Tống hơn 3000 ngƣời” [50, tr.269]. Thực ra đây là một cuộc tiến công kết hợp với nổi dậy, mà nổi dậy là chủ yếu. Bởi lẽ, lúc này nhà Tống đã suy yếu, chiến tranh liên miên, nhân dân vùng phía nam Trung Quốc bị bóc lột nặng nề. Đó là nơi cƣ trú của các bộ tộc nửa tự do (lúc lệ thuộc vào nhà Tống, lúc lại lệ thuộc vào nhà Lý) của ngƣời Nùng – Choang, vốn là một bộ phận của
tộc ngƣời Tây Âu, của “nƣớc Nam Cƣơng” cũ. Vì vậy, khi Nùng Trí Cao tiến công vào, họ nhiệt liệt hƣởng ứng, chỉ trong thời gian ngắn, lực lƣợng tăng lên đến vài vạn, các châu ở hai tỉnh Quảng Đông, Quảng Tây hiện nay hầu nhƣ bị đánh bại hoàn toàn. Vua tôi nhà Tống vô cùng lo sợ. Khu mật sứ Địch Thanh dâng biểu xin đi đánh. Do tình thế ngày càng bất lợi, Trí Cao sai Lƣơng Châu về Thăng Long xin cứu viện. Ngay lập tức, vua Lý xuống chiếu cử Vũ Nhĩ mang 2 vạn quân lên hỗ trợ cho Trí Cao. Nhƣng khi quân cứu viện đến Nà Lữ thì quân của Trí Cao đã bị thua lớn ở Tổng Quỷ (Cách Linh, huyện Phục Hòa ngày nay). Trí Cao bị quân Tống truy đuổi đã cùng gia đình bỏ lại ấn Thái bảo trên non Sầm, rồi rút sang nƣớc Đại Lý. Sử cũ chép “ngƣời nƣớc Đại Lý chém đầu Trí Cao bỏ vào hòm dâng vua Tống” [50, tr.270]. Hiện nay các nhà nghiên cứu Thái Lan, Ấn Độ, Trung Quốc đều cho Nùng Trí Cao là ông tổ của nhiều nhóm Thái đang sinh sống ở Thái Lan, ở Assam (Ấn Độ), A Hom (Miến Điện), và nhóm ngƣời Choang, Đai ở Quảng Tây (Trung Quốc). Đây là một vấn đề cần đƣợc nghiên cứu thêm.
Khi nghe tin Nùng Trí Cao mất, “vua Lý cảm khái than, tiếc tài dũng lƣợc cái thế. Vả Trí Cao vốn căn bản ở đất Quảng Nguyên, sau khi bay đi mất, dân trong châu hàm ơn đức của Trí Cao lập miếu phụng thờ. Nhà Lý đặc chiếu ban phong Trí Cao làm Khâu Sầm đại vƣơng, đền ở thôn Bản Ngần, xã Tƣợng Lặc châu Thạch Lâm, phong mẹ là A Nùng làm Bà Hoàng đại vƣơng, đền tại thôn Phù Vạn, xã Kim Pha châu Thạch Lâm, hai đền ấy đều đƣợc phong thƣợng đẳng thần, xuân thu quốc tế” [23, tr.8]. Tiếp đó, các triều đại phong kiến đều sắc phong cho Nùng Trí Cao là “Kỳ Sầm biên tái bảo quốc an dân phúc thần”. Ghi nhớ công lao to lớn của ông, nhân dân địa phƣơng đã dựng đền thờ ông ở nhiều nơi, kể cả ở Quảng Tây (Trung Quốc), nhƣng miếu thờ lớn, mang tính cội nguồn đƣợc dựng ở Kỳ Sầm (Bản Ngần, xã Vĩnh Quang, Hoà An), cách Nà Lữ không xa. Điều đó cho thấy Nùng Trí Cao không làm phản, chống lại nhà Lý nhƣ các sử gia phong kiến từng nói. Việc nổi dậy lập quốc của Nùng Tồn Phúc rồi Nùng Trí Cao, tuy không thành công nhƣng cũng tạo cơ sở cho Lý Thƣờng Kiệt thực hiện chủ trƣơng “tiên phát chế nhân” trong cuộc kháng chiến chống Tống lần 2 (1075 - 1077).
Nhƣ vậy, vào thế kỷ XI, Nà Lữ tiếp tục đóng vai trò là trung tâm chính trị của châu Quảng Nguyên với sự thống lĩnh của họ Nùng. Cƣ dân Nà Lữ thế kỷ X –XI chủ yếu là các tộc ngƣời Tày - Nùng. Từ sau sự biến Nùng Tồn Phúc và Nùng Trí Cao, ngƣời Việt bắt đầu đặt chân đến Nà Lữ nói riêng và Cao Bằng nói
chung, dù với lƣợng ngƣời rất nhỏ. Sau khi vua Lý Thái Tông lên dẹp Nùng Tồn Phúc có lẽ đã để lại một vài ngƣời thân tín ở đây để “chiêu an vỗ về dân chúng”. Hiện nay, chƣa có tài liệu thƣ tịch nào nói đến sự xuất hiện của ngƣời Kinh ở Nà Lữ thời Lý, nhƣng theo tƣ liệu dân gian thì Nàng Cầm - vợ của Nùng Trí Cao là ngƣời Kinh, con một vị quan họ Trần trong triều Lý [92, tr.18-19]. Sau này, anh ruột của bà tham gia trong cuộc tiến công của Nùng Trí Cao sang đất Tống, ông đã hi sinh trong trận đánh ở Tổng Quỷ, nay vẫn còn đền thờ ở xã Cách Linh, huyện Phục Hoà. Hơn nữa, khi quân của Vũ Nhĩ tiến lên Cao Bằng, đã đóng ở Nà Lữ một thời gian để bình ổn vùng biên viễn. Trong một thời gian ngắn, dấu ấn của ngƣời Việt ghi lại ở Nà Lữ không nhiều, cƣ dân bản địa vẫn chiếm đa phần nhƣng sự giao thoa văn hoá Tày - Nùng - Việt ở đây đã bắt đầu diễn ra.
Sau khi cuộc nổi dậy của Nùng Trí Cao thất bại, nhà Lý đã thu phục vùng Cao Bằng, nhƣng không đặt thành các lộ, phủ mà vẫn giữ các châu, động do tù trƣởng tự cai quản theo luật tục. Chính quyền trung ƣơng sử dụng chính sách mềm mỏng nhƣ ban chức tƣớc, gả công chúa,... nhằm lôi kéo, ràng buộc họ. Sang thế kỷ XII, Nà Lữ nằm trong châu Thái Nguyên thuộc phủ Phú Lƣơng do thủ lĩnh Dƣơng Tự Minh cai quản. Năm 1143, ông đƣợc vua Lý giao “cai quản việc công các khe động dọc theo biên giới về đƣờng bộ” [50, tr.315]. Theo tƣ liệu dân gian tại Cao Bằng, Dƣơng Tự Minh đƣợc phong thực ấp ở phủ Phú Bình (Thái Nguyên), phủ Bắc Bình (Cao Bằng) thuộc châu Thái Nguyên. Ông đã từng sinh sống ở vùng Đà Quận (xã Hƣng Đạo) [22, tr.14]. Hiện nay, ở Đà Quận vẫn còn đền thờ Dƣơng Tự Minh và chùa Viên Minh đƣợc xây dựng vào thời kỳ đó. Nhƣ vậy, mặc dù nhà Lý vẫn giữ nguyên các châu kimi nhƣng đã từng bƣớc đặt vùng này vào hệ thống hành chính của triều đình.
Sang thời Trần, về mặt tổ chức hành chính ở Nà Lữ không có gì thay đổi so với triều Lý. Sử cũ và các nguồn tƣ liệu thƣ tịch đƣợc biết cho đến nay không thấy có ghi chép gì về Nà Lữ trong thời kỳ Trần - Hồ.