Vùng cửa sông Bãi bồi Tây Ngọc Hiển: Do mực nước nông (trung bình độ sâu khoảng 3m), nên khi thu mẫu không thu theo các tầng nước mà sử dụng lưới kéo đáy và lưới te để thu mẫu ATT-TC. Lưới được cố định vào mạn tàu, miệng lưới có gắn máy đo dòng chảy Flowermeter nhằm xác định được lượng nước qua lưới, dây điện nối với bình ắc quy dòng xuống lưới te cho những mẻ lưới te có sử dụng điện trong lúc hoạt động. Cho tàu chạy theo hướng ngược sóng, với tốc độ khoảng 2 hải lý/giờ. Thời gian thu mẫu tính từ khi lưới bắt đầu ổn định cho tới khi bắt đầu vớt lên khoảng 5 phút.
Vùng biển ven bờ Cà Mau:
* Lưới kéo tầng mặt: Thu mẫu ở tầng nước 0,5 - 0m. Lưới được cố định vào mạn tàu, cho tàu chạy theo hướng ngược sóng, với tốc độ khoảng 2 hải lý/giờ. Thời gian vớt mẫu tính từ khi lưới bắt đầu ổn định cho tới khi bắt đầu vớt lên khoảng 5 phút.
* Lưới kéo thẳng đứng: Khi thu mẫu, lưới được thả theo phương thẳng đứng, sao cho quả nặng của lưới vừa chạm đáy, tốc độ kéo khoảng 1m/giây.
* Lưới kéo tầng đáy: Dây giềng lưới quét trên bề mặt đáy là 1,5m - 2m. Lưới được thả ở phía sau tàu, chiều dài dây thả tùy thuộc vào độ sâu nơi thu mẫu. Cho tàu chạy theo hướng ngược sóng, với tốc độ khoảng 2 hải lý/giờ. Thời gian vớt mẫu tính từ khi lưới bắt đầu ổn định cho tới khi bắt đầu vớt lên khoảng 5 phút.
Máy đo lượng nước qua lưới (Flowermeter) đều được gắn vào các miệng lưới nói trên khi thu mẫu.
Thu mẫu theo nhịp điệu ngày - đêm:
* Vùng cửa sông Bãi bồi Tây Ngọc Hiển: Không đặt trạm vị thu mẫu theo nhịp điệu ngày - đêm.
* Vùng biển ven bờ Cà Mau: Đặt 4 trạm vị thu mẫu theo nhịp điệu ngày - đêm. Việc thu mẫu được tiến hành liên tục trong 24 giờ, với 04 giờ thu mẫu một lần. Cách thu mẫu tiến hành như cách đã mô tả thu mẫu ở phần trên.