Tiền thân của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Xuất khẩu Thủy sản Khánh Hòa (KHASPEXCO) là một Xí nghiệp Quốc doanh chuyên về khai thác, đánh bắt hải sản của tỉnh Phú Khánh. Sau ngày miền Nam hòan toàn giải phóng, trước tiềm năng to lớn về thủy sản tỉnh nhà, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú
Khánh đã khôi phục lại nghề cá và thành lập “Xí nghiệp Quốc doanh đánh cá Phú
Khánh” vào ngày 14/05/1977. Đây là một đơn vị kinh tế chuyên đánh bắt, khai thác
thủy hải sản, trực thuộc Ty Hải sản Phú Khánh (sau này là Sở Thủy sản Khánh Hòa).
Xí nghiệp được đặt ở khu vực Bình Tân, với diện tích rộng gần 10.000m2 cộng với cơ sở vật chất ban đầu có 4 tàu vỏ gỗ có công suất 90cv do chính quyền cũ để lại. Cuối năm 1977, tỉnh quyết định nhập 3 tàu sắt với công suất 400cv của Nhật với
trang thiết bị hiện đại giao cho Xí nghiệp quản lý và sử dụng để tăng nhanh sản lượng đánh bắt và chế biến thủy sản xuất khẩu của tỉnh.
Các năm 1984-1985, Xí nghiệp đã tiến hành đóng mới 6 tàu vỏ gỗ với công suất 140cv, 6 tàu gỗ có công suất 33 - 45cv nhằm nâng cao năng lực khai thác thông qua đội tàu vệ tinh (tàu 400cv lúc này vừa làm nhiệm vụ khai thác, vừa làm nhiệm vụ chế biến trên biển). Thời kỳ này Xí nghiệp được giao thêm nhiệm vụ: “Thu mua các loại thủy hải sản và dịch vụ vật tư hàng hóa chuyên dùng trong nghề cá”.
Trong giai đoạn từ năm 1984 – 1987, đây là giai đoạn Xí nghiệp hoạt động có
hiệu quả nhất nhờ sản lượng tôm khai thác và chế biến trên biển, xuất khẩu đạt giá trị cao.
Tháng 7/1989, tỉnh Phú Khánh được chia tách thành hai tỉnh: Phú Yên và Khánh Hòa, Xí nghiệp Quốc doanh đánh cá Phú Khánh cũng được tách làm hai: một nửa tài sản và cán bộ công nhân viên về Phú Yên; một nửa còn lại ở Khánh Hòa và được đổi tên là: Xí nghiệp Khai thác và Dịch vụ Thủy sản Khánh hòa (Quyết định số 108-QĐ/UB, ngày 01/07/1989, của Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa).
Tài sản sau khi tách tỉnh của Xí nghiệp còn lại là 2 tàu vỏ sắt có công suất 400cv, 3 tàu vỏ gỗ có công suất 140cv và 3 tàu vỏ gỗ có công suất 45cv với tổng số
lao động là 150 người. Do sản lượng khai thác tôm giảm đáng kể, đội tàu gỗ bị hư
hỏng nặng, sản xuất kinh doanh không có hiệu quả, Xí nghiệp đã xin phép UBND
tỉnh bán thanh lý toàn bộ số tàu gỗ nói trên.
Theo nghị định 388/HĐBT, ngày 20/11/1991 và nghị định 156/HĐBT, ngày 07/05/1992 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính Phủ) về việc thành lập các doanh nghiệp nhà nước và sắp xếp lại các doanh nghiệp nhà nước trực thuộc
tỉnh, Xí nghiệp Khai thác và Dịch vụ thủy sản Khánh Hòa được UBND tỉnh Khánh
Hòa quyết định thành lập doanh nghiệp nhà nước thuộc tỉnh Khánh Hòa theo Quyết
định số 153-QĐ/UB, ngày 03/01/1993, của Chủ tịch UBND Tỉnh.
Như vậy, Xí nghiệp Khai thác và Dịch vụ thủy sản Khánh Hòa là một doanh nghiệp nhà nước hạch toán độc lập, có con dấu riêng, có tài sản riêng; có tư cách
pháp nhân về toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh và chịu trách nhiệm về các hoạt động đó bằng toàn bộ tài sản do doanh nghiệp quản lý.
Tại thời điểm thành lập lại, Xí nghiệp có vốn điều lệ là 1.741 triệu đồng; trong đó: Vốn cố định: 1.593 triệu đồng; Vốn lưu động: 148 triệu đồng.
Để hoạt động có hiệu quả hơn trong cơ chế thị trường ngoài việc sửa chữa, nâng cấp hai tàu vỏ sắt 400cv, chuyển đổi ngành nghề từ khai thác tôm sang khai thác cá, Xí nghiệp còn mở rộng sang lĩnh vực chế biến thủy sản xuất khẩu bằng việc xây dựng xưởng chế biến đông lạnh có công suất 4 tấn cấp đông/ngày, xây
dựng hai kho lạnh với sức chứa 150 tấn sản phẩm. Xí nghiệp đã tiến hành đăng ký
kinh doanh xuất khẩu và đã được Bộ Thương mại chấp nhận cấp giấy phép số 305N – 1038/TM ngày 01/06/1993.
Từ một xí nghiệp khai thác thủy hải sản, hoạt động thua lỗ triền miên, nhờ mở rộng ngành nghề kinh doanh, chuyển đổi ngành nghề, bắt đầu từ năm 1993 xí nghiệp đã từng bước khôi phục và hoạt động có lãi tiến tới đầu tư mới, nâng cấp cơ sở vật chất tài sản sản xuất chế biến thủy sản xuất khẩu. Năm 1997, thực hiện chủ
trương “đánh bắt xa bờ” của Chính phủ, Xí nghiệp đã đóng mới và đưa vào sử dụng
hai tàu vỏ gỗ với công suất 300cv/chiếc, đồng thời mua lại xưởng nước mắm số 50 - Võ Thị Sáu – Thành phố Nha Trang nhằm đa dạng hóa sản phẩm, từng bước khẳng định được vị trí cạnh tranh của Xí nghiệp trên thị trường. Tuy nhiên, sau nhiều năm
sản xuất kinh doanh của Đội tàu đánh bắt xa bờ của Xí nghiệp làm ăn không hiệu
quả, thua lỗ bình quân một năm từ 300 đến 400 trăm triệu đồng, làm ảnh hưởng đến hiệu quả sản xuất kinh doanh chung của Xí nghiệp, Xí nghiệp đã làm tờ trình xin UBND tỉnh Khánh Hòa bán thanh lý đội tàu khai thác xa bờ kể từ tháng 10/2004. Như vậy, sau khi bán thanh lý đội tàu khai thác xa bờ, nhiệm vụ chính của xí nghiệp hiện nay chủ yếu là chế biến thủy sản xuất khẩu và dịch vụ.
Thực hiện Nghị quyết Trung ương 3 (Khóa IX) về chuyển đổi và sắp xếp lại
các doanh nghiệp nhà nước sang Công ty cổ phần, nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp, năm 2005 Xí nghiệp tiến hành cổ phần hóa. Nhưng do tranh chấp nhà đất giữa Xí nghiệp và Dòng thánh Giuse tại số 10 Võ Thị Sáu, Nha
Trang từ lâu chưa giải quyết dứt điểm, nên việc cổ phần hóa Xí nghiệp tạm thời chưa thực hiện được.
Do không chuyển đổi được sang Công ty cổ phần, tháng 6/2010, Xí nghiệp
được chuyển sang Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Xuất khẩu Thủy sản
Khánh Hòa theo Quyết định số: 1614/QĐ-UBND, ngày 23/06/2010, của UBND
tỉnh Khánh Hòa do Nhà nước sở hữu 100% vốn Điều lệ.