Hiện nay Bộ Tài chính và Tổng cục thuế đã ban hành Luật thuế GTGT mới phù hợp với tình hình thu thuế hiện nay, song trong quá trình tồn tại một số bất cập. Trong phạm vi để tài, tôi xin đưa ra một số ý kiến nhằm hoàn thiện hơn chính sách thuế GTGT:
Về thuế suất: Có thể nói một vấn đề mà các doanh nghiệp hay gặp phải nhất trong quá trình thu nộp thuế GTGT đó là việc áp dụng các mcưcs thuế
suất vào các loại hàng hoá, nhất là đối với các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh nhiều lại hàng hoá có các mức thuế suất khác nhau. Hiện nay thuế suất thuế GTGT bao gồm 3 mức 0%, 5% và 10%, trong đó 2 mức thuế suất 5% và 10% vẫn xảy ra tình trạng nhầm lẫn. Lí do là bởi tiêu chí phân định ranh giới áp dụng mức thuế suất 5% và 10% chưa rõ ràng: vưa theo tên hàng hoá dịch vụ vừa theo công dụng vừa theo tính chất của hàng hoá dịch vụ; dẫn đến việc áp dụng mức thuế suất không thống nhất, nảy sinh vướng mắc trong quá trình thực hiện. Ví dụ, sản phẩm cơ khí tiêu dùng áp dụng mức thuế suất 10%, sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất áp dụng mức thuế suất 5%, trên thực tế có những sản phẩm cơ khí không thể phân định được rõ ràng là dùng cho tiêu dùng hay dùng cho sản xuất.. Do đó các cơ quan chức năng nên có các quy định rõ ràng hơn để tránh sự lúng túng cho các doanh nghiệp trong việc áp dụng các thuế suất.
Hiện nay thuế GTGT được thể hiện tại khá nhiều văn bản: Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật thuế GTGT năm 2005; Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12. Mặt khác, năm 2006, các nội dung về quản lý thuế như đăng ký, kê khai, nộp thuế, xử lý vi phạm để thay thế cho các quy định về quản lý thuế trong các luật, pháp lệnh thuế đã được ban hành trước đây, trong đó có Luật thuế GTGT đã được quy định trong Luật Quản lý thuế (đã được Quốc hội thông qua, có hiệu lực từ 01/7/2007). Với nhiều văn bản Luật cùng quy định về thuế GTGT nên chưa tạo thuận lợi cho việc tra cứu, áp dụng pháp luật. Một thực tế có thể thấy hiện nay đó là có rất nhiều văn bản thông tư hướng dẫn Luật thuế nhưng lại không bao quát được hết các đối tượng, các trường hợp có thể xảy ra dẫn đến việc phải ra một văn bản riêng để giải quyết trường hợp của một đối tượng nào đó..Với thực trạng này các cơ quan chức năng nên xem xét kỹ trước khi đưa ra một văn bản hướng dẫn nhằm giảm thiểu được số lượng các văn bản hướng dẫn, tăng tính bao quát, hiệu quả của mỗi văn bản đươc đưa ra.
Về phương pháp tính thuế: Luật thuế GTGT hiện hành quy định hai phương pháp tính thuế GTGT là khấu trừ thuế và tính trực tiếp trên GTGT. Điều này đã và sẽ dẫn đến sự bất bình đẳng giữa các cở sở kinh doanh khi cùng tham gia thị trường nhưng lại có cách tính thuế và hưởng chế độ khấu trừ khác nhau. Thêm vào đó, phương pháp tính trực tiếp trên GTGT không phải là phương pháp dùng để tính và thu thuế trong thực hành thuế. Đây chỉ là thể hiện cách tiếp cận khoa học trong nghiên cứu nhằm chỉ rõ thuế GTGT là loại thuế đánh vào phần giá trị tăng thêm mỗi khi có GTGT xuất hiện. Phần lớn các cơ sở kinh doanh đang áp dụng phương pháp tính trực tiếp này đều không thực hiện tốt chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ. Do vậy, trong thực tiễn các cơ quan thuế thường xác định GTGT thông qua việc ấn định tỷ lệ GTGT hoặc ấn định doanh thu. Có trường hợp do xác định GTGT khá cao, dẫn đến mức nộp thuế GTGT trên doanh thu thực tế của doanh nghiệp sẽ gặp khó khăn, nên các cơ sở kinh doanh có xu hướng kê khai doanh thu thấp hơn thực tế rất nhiều để trốn thuế. Như thế, thuế GTGT chỉ tồn tại về mặt lý thuyết. Vì vậy nên bỏ phương pháp tính thuế trực tiếp trên GTGT và có thể áp dụng ngưỡng thu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh có doanh thu đến một mức doanh thu nhất định nào đó mới áp dụng thuế GTGT và chỉ áp dụng thống nhất phương pháp khấu trừ thuế. Đối tượng kinh doanh dưới ngưỡng doanh thu này sẽ không áp dụng thuế GTGT mà chuyến sang nộp thuế theo một tỷ lệ cố định trên doanh thu( 1%, 2% chẳng hạn) theo từng loại hình kinh doanh. Trên đây là một số ý kiến của đề tài nhằm hoàn thiện hơn chính sách thuế GTGT. Các nhà làm chính sách cần thường xuyên theo dõi tính hợp lý, ứng dụng của luật thuế mới để ngày càng hoàn thiện sắc thuế GTGT.