Trong Luật thuế và chuẩn mực kế toán, nhà nước đã có những qui định khá chặt chẽ về việc thực hiện nghiêm chỉnh chế độ hoá đơn chứng từ. Bộ Tài chính cũng đã ban hành nhiều văn bản pháp quy quy định về chế độ quản lý và sử dụng hoá đơn chứng từ. Các mẫu hoá đơn chứng từ như: hoá đơn GTGT, hoá đơn bán hàng nội dung chỉ tiêu gần giống như cũ chỉ có một số thay đổi cho phù hợp với tình hình quản lý hiện nay.
Luôn được cải tiến theo hướng phục vụ tốt hơn cho người nộp thuế đến giao dịch, Doanh nghiệp mua Hoá đơn tại Phòng tiếp nhận hồ sơ và cấp bán hoá đơn ấn chỉ. Tại bộ phận này có hệ thống xếp hàng tự động để người nộp thuế lấy số thứ tự yên tâm chờ đến lượt. Chi cục thuế quận Cầu Giấy thường xuyên chấn chỉnh tác phong làm việc của cán bộ, công tác cấp bán, quản lý ấn chỉ đã được thực hiện qua mạng nên đã chặt chẽ hơn, bộ phận này tích cực phối hợp với hai đội kiểm tra dừng bán hoá đơn đối với doanh nghiệp nghi vấn hoặc chây ỳ nợ thuế.
Công tác xác minh và thu hồi hoá đơn: Chi cục chỉ đạo cán bộ thuế ở bộ phận kiểm tra tăng cường kiểm tra tờ khai GTGT hàng tháng để phát hiện các
trường hợp sử dụng hoá đơn có nghi vấn phải yêu cầu xác minh hoá đơn của doanh nghiệp. Nếu Doanh nghiệp nào không còn hoạt động thì cơ quan thuế yêu cầu giám đốc hoặc kế toán của Doanh nghiệp đó đến cơ quan thuế nộp lại số Hoá đơn chứng từ đã mua của chi cục mà chưa sử dụng hết.
Việc quy định rõ ràng về việc sử dụng hoá đơn GTGT đã được sự đồng tình ủng hộ của nhiều doanh nghiệp làm ăn chính đáng. Việc áp dụng nghiêm chỉnh chế độ hoá đơn chứng từ giúp đảm bảo sự cạnh tranh lành mạnh giữa các công ty với nhau. Tuy nhiên, vấn đề hoá đơn chứng từ đang là vấn đề làm các nhà doanh nghiệp và cơ quan quản lý gặp rất nhiều khó khăn.
Doanh nghiệp thuộc Chi cục thuế quận Cầu Giấy quản lý mua hoá đơn tại bộ phận tiếp nhận hồ sơ và cấp bán Hoá Đơn-ấn chỉ. Bên cạnh việc doanh nghiệp đến mua hoá đơn của Chi cục thuế thì Chi cục thuế cho phép một số Doanh nghiệp trên địa bàn quận tự in hoá đơn.
Việc tự in Hoá đơn GTGT của Doanh nghiệp phải được cơ quan thuế cho phép. Doanh nghiệp gửi công văn đến phòng tiếp nhận hồ sơ và cấp bán Hoá đơn ấn chỉ, khi thấy Doanh nghiệp có đầy đủ các điều kiện để tự in Hoá đơn thì Cơ quan thuế trả lời công văn cho phép DN tự in hoá đơn dựa theo mẫu hoá đơn mà DN đăng kí.
Bên cạnh đại bộ phận các doanh nghiệp chấp hành nghiêm chỉnh, đầy dủ chế độ hoá đơn chứng từ thì vẫn còn có những doanh nghiệp gian lận trong công tác sử dụng hoá đơn, làm giảm số thuế GTGT đầu ra, tăng số thuế GTGT đầu vào làm sai lệch căn cứ tính thuế do đó làm thất thu số thuế của Nhà nước, đòi hỏi cán bộ thuế phải có giảo pháp xử ly, tăng cường kiểm soạt số lượng hoá đơn sử dụng. Có thể kể đến một số trường hợp vi phạm sau:
Công ty TNHH TM& DV Liên Kết có số hoá đơn mua vào không ghi ngày tháng năm với giá trị là 129.183.521 đồng. Khi cán bộ kiểm tra phát hiện đã quyết định loại số thuế GTGT tương ứng ra khỏi số thuế GTGT được khấu trừ, số tiền thuế là 12.918.3521 đồng.
Công ty TNHH Đặng Nguyễn qua kiểm tra, các cán bộ kiểm tra đã phát hiện vi phạm do sử dụng hoá đơn mua vào bất hợp pháp để tăng số thuế GTGT được khấu trừ, số tiền là 52.642.989 đồng.
Tình trạng bán hàng không xuất hoá đơn GTGT để giảm giá bán hiện nay cũng đang diễn ra rất nhiều trên thị trường, gây thất thoát rất nhiều cho NSNN. Vấn đề này cần được cơ quan chức năng xem xét tìm cách khắc phục, tránh thất thu cho NSNN.