Khi thực hiện quy trình tự khai, tự nộp thuế vào NSNN đã nâng cao tinh thần tự giác, ý thức trách nhiệm của các doanh nghiệp trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế, về tính chính xác của số liệu kê khai đối với cơ quan thuế và các cơ quan khác. Tuy nhiên trong thực tế, mọi doanh nghiệp không phải lúc nào cũng thực hiện tốt nghĩa vụ nộp thuế của mình, dẫn đến hiện tượng trốn lậu thuế, tính toán nhầm lẫn tạo điều kiện cho các doanh nghiệp chiếm dụng vốn NSNN. Việc trao quyền tự chủ cho doanh nghiệp trong việc kê khai, tính và nộp thuế phải đi đôi với việc tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra chặt chẽ.
Công tác thanh tra kiểm tra đã được tiến hành thường xuyên, liên tục tại Chi cục thuế Quận Cầu Giấy. Dựa vào tờ khai thuế mà doanh nghiệp nộp, cơ quan thuế tiến hành kiểm tra sơ bộ tính chính xác của các chỉ tiêu trên tờ khai. Khi thấy có sự nghi ngờ, có biến động bất thường trên các chỉ tiêu như: doanh thu giảm trên 20%, số thuế được khấu trừ, số thuế được hoàn...thì yêu cầu NNT giải trình chênh lệch, nếu NNT giải trình hợp lý hoặc đồng ý nộp thêm
số thuế còn thiếu thì công tác kiểm tra kết thúc. Nhưng trong trường hợp NNT không giải trình được và không đồng ý nộp thêm số thuế còn thiếu thì tiếp tục thực hiện việc kiểm tra tại trụ sở của NNT. Tại trụ sở, đoàn kiểm tra yêu cầu NNT cung cấp sổ sách, hoá đơn chứng từ liên quan đến phần chỉ tiêu có sự sai lệch, các số liệu có liên quan tới việc tính số thuế GTGT phải nộp.
Tại chi cục thuế quận Cầu Giấy năm 2010 đã tổ chức các đoàn kiểm tra tại trụ sở của các DN NQD thì hầu như 100% số doanh nghiệp được kiểm tra đều có số thuế phải nộp tăng lên, số thuế truy thu được 4.500 triệu đồng, xử lý vi phạm hành chính về thuế được 1.500 triệu đồng. Điều này cho thấy các doanh nghiệp vẫn chưa có ý thức tốt trong việc chấp hành pháp luật thuế và công việc kiểm tra là rất cần thiết và có hiệu quả.
Năm 2010, chi cục tiếp tục duy trì bộ phận chuyên trách xác minh địa chỉ kinh doanh để bán hoá đơn lần đầu, ngăn chặn có hiệu quả và kiên quyết làm rõ, xử lý kịp thời đối với các doanh nghiệp có biểu hiện nghi vấn. Kết qủa năm 2010, Chi cục đã ra thông báo doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh là 50 doanh nghiệp.
Sau mỗi cuộc kiểm tra quyết toán thuế, cán bộ thuế lập biên bản kiểm tra quyết toán thuế, trong đó ghi rõ các sai phạm mà đối tượng thuế mắc phải và các nghĩa vụ ĐTNT phải thực hiện sau quyết toán. Kết quả kiểm tra quyết toán thuế đối với các DN NQD được thể hiện thông qua các số liệu sau:
Bảng 2.6 : Kết quả kiểm tra quyết toán thuế đối với các DN NQD trong năm 2008, 2009 và 2010
Năm Số doanh nghiệp
được kiểm tra quyết toán sơ bộ
Số doanh nghiệp được kiểm tra quyết toán tại trụ sở
Số thuế truy thu và phạt ( triệu đồng)
2008 4466 221 9.240.000
2009 4594 235 12.700.000
2010 4153 240 16.531.000
Kết quả kiểm tra cho thấy tình trạng vi phạm vẫn xảy ra phổ biến cả về số lượng và mức độ vi phạm. Tuy nhiên với việc phát hiện ra nhiều trường hợp vi phạm với số tiền truy thu về cho NSNN qua các năm ngày càng tăng đã cho thấy thành công bước đầu trong việc áp dụng quy trình mới (quy trình kiểm tra ban hành theo quyết định 528/QĐ- TCT ngày 29/05/2008). Hơn nữa, kết quả của công tác kiểm tra đều có sự báo cáo lên cấp lãnh đạo để đưa ra phương hướng giải quyết thoả đáng vì vậy việc xử lý vi phạm rất hiệu quả, vừa có tính phạt vừa có tính khuyến khích tạo điều kiện để các doanh nghiệp thực hiện tốt pháp luật thuế.
Những kết quả trên Chi cục đạt được là do cán bộ thuế trong chi cục có chuyên môn trong lĩnh vực này, năm tới nhiệm vụ thu ngân sách cũng khá nặng nề đòi hỏi các bộ thuế, đặc biệt là cán bộ kiểm tra của đội kiểm tra thuế số 1 và đội kiểm tra thuế số 2 phải nâng cao hơn nữa vai trò và trách nhiệm của mình.
Song song với việc kiểm tra, thanh tra ĐTNT cũng cần tổ chức thanh tra. kiểm tra nội bộ ngành thuế. Nhìn chung công việc này trong nội bộ ngành được đánh giá rất tốt.
Trên đây là bức tranh toàn cảnh phản ánh chân thực công tác quản lý thu thuế