Theo quy định, ĐTNT phải chuẩn bị số liệu , lập tờ khai thuế GTGT và gửi đến cơ quan thuế kèm theo bảng kê hoá đơn hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra...chậm nhất vào ngày 20 của tháng sau tháng phát sinh. Trên thực tế các DN NQD trên địa bàn quận Cầu Giấy thường đến nộp tờ khai thuế vào những ngày cuối cùng của thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT ( thường vào 4
ngày 17,18,19 và 20) nên số lượng các doanh nghiệp đến Chi cục nộp tờ khai trong những ngày này thường rất lớn. Mặc dù trong những ngày này Chi cục đã tăng cường cán bộ cho bộ phận tiếp nhận tờ khai nhưng do số lượng các doanh nghiệp quá đông nên đã gây khó khăn cho việc tiếp nhận tờ khai của cán bộ thuế. Không chỉ việc tiếp nhận tờ khai của các cán bộ thuế gặp khó khăn, ngay cả doanh nghiệp khi nộp tờ khai do quá đông nên đến hạn cuối vẫn không thể nộp được tờ khai dẫn đến việc nộp chậm và bị phạt do nộp chậm tờ khai.
Một vấn đề thường xảy ra trong quá trình kê khai thuế GTGT với các DN NQD đó là các doanh nghiệp này thường gặp khó khăn,lúng túng trong cách ghi chép sổ sách kế toán, kê khai căn cứ tính thuế. Phần lớn các DN NQD trên địa bàn tính và nộp thuế theo phương pháp khấu trừ nên việc kê khai thuế có phần rườm rà, phức tạp, phải xác định đâu là thuế đầu ra, đầu vào; thuế được khấu trừ, thuế không được khấu trừ. Do vậy trong quá trình tự kê khai các doanh nghiệp thường mắc sai phạm. Một số sai phạm thường gặp của các doanh nghiệp trong việc thực hiện kê khai thuế GTGT:
Một số doanh nghiệp ghi sai MST gây khó khăn trong việc nhập dữ liệu của cán bộ thuế.
Khai thiếu hoặc khai sai mẫu tờ khai: Đây là trường hợp khá phổ biến vì các doanh nghiệp tiếp xúc với loại hình tờ khai mới được sửa đổi nên các chỉ tiêu còn mới, các doanh nghiệp chưa quen. Tuy nhiên lỗi một phần cũng do trình độ của kế toán còn hạn chế, cẩu thả, ghi nhầm các chỉ tiêu trong tờ khai thuế GTGT.
Áp thuế suất trên bảng kê và tờ khai sai: các doanh nghiệp thường kê khai sai mức thuế suất của hàng hoá mà việc phân loại các hàng hoá dịch vụ này theo từng mức thuế suất là rất khó và dễ nhầm lẫn, thường thì các công ty kê nhầm mức thuế suất 5% và 10%.
Chênh lệch giữa tờ khai và bảng kê làm doanh thu bị hạch toán sai. Một số trường hợp các doanh nghiệp là do lỗi khách quan nhưng cũng không ít
trường hợp là do chủ quan của doanh nghiệp. Các công ty thường cho rằng các cán bộ thuế ít kiểm tra bảng kê nên thường khai có doanh thu thấp hơn so với bảng kê. Nhiều trường hợp con số tổng kết trên bảng kê cộng sai hoặc không cộng, khi cán bộ kiểm tra phải cộng dồn lại rất không khoa học, mất thời gian lại không đúng nguyên tắc.
Tại Chi cục thuế quận Cầu Giấy, hàng tháng sau khi các doanh nghiệp nộp tờ khai thuế GTGT, những thông tin trên tờ khai sẽ được cán bộ thuế nhập vào máy tính để lưu trữ và tiến hành kiểm tra sự chính xác của tờ khai. Tuy nhiên khi áp dụng tin học vào công tác quản lý thì thường xảy ra một số hạn chế như:
Nhiều trường hợp do lỗi phần mềm máy tính báo sai kết quả làm cho cán bộ quản lý lúng túng và rất mất thời gian khi tìm ra nguyên nhân dẫn tới sai số như thế.
Cán bộ thuế nhập sai số liệu làm cho kết quả thuế máy báo sai.
Nhiều khi mạng nội bộ bị lỗi hoặc máy bị trục trặc không thể tra cứu số liệu, phải sửa chữa làm chậm tiến bộ công việc.
Những hạn chế trên đã gây ảnh hưởng không nhỏ tới công tác quản lý của cán bộ thuế, làm chậm tiến bộ công việc, đôi khi còn gây tranh cãi giữa cán bộ thuế với doanh nghiệp. Những hạn chế này cần được lãnh đạo quan tâm và nhanh chóng khắc phục để cán bộ thuế có thể hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.