Quản lý căn cứ tính thuế là quản lý giá tính thuế và thuế suất. Để quản lý được giá tính thuế là một việc tương đối khó đối với các cán bộ thuế, bởi vì giá tính thuế được ghi trên hoá đơn chưa thực sự có thể tin cậy được vì còn sự
mắc ngoặc giữa người bán và người mua. Chính vì thế trong quản lý giá tính thuế cần xác minh tính trung thực của người kê khai và tính hợp lý của giá tính thuế. Muốn minh chứng cho tính chính xác của giá tính thuế cán bộ thuế cần so sánh với loại hàng hoá giống như thế hoặc hàng hoá tương tự trong cùng thời điểm.
Thuế suất thuế GTGT được áp dụng theo nguyên tắc thống nhất theo loại hàng hoá dịch vụ ở các khâu nhập khẩu, sản xuất gia công hay kinh doanh thương mại. Như vậy với từng loại hàng hoá, dịch vụ khác nhau sẽ phải chịu mức thuế suất khác nhau. Đây chính là kẽ hở để các doanh nghiệp lợi dụng để làm giảm số thuế phải nộp, tức là sẽ kê khai chuyển mặt hàng phải chịu thuế suất cao sang chịu thuế suất thấp. Để quản lý được vấn đề này cán bộ thuế phải kiểm tra tỷ mỉ từng loại mặt hàng mà doanh nghiệp kinh doanh, áp đúng thuế suất cho các mặt hàng đảm bảo các doanh nghiệp nộp đúng nộp đủ. Để có thể quản lý tốt được căn cứ tính thuế, Chi cục thuế cần phải hoàn thiện công tác quản lý kê khai thuế.
Kiểm tra việc kê khai thuế ngay từ khi tiếp nhận tờ khai để kịp thời phát hiện những trường hợp kê khai sai như: kê khai hàng hoá dịch vụ mua vào không phục vụ cho sản xuất kinh doanh hoặc dùng để sản xuất kinh doanh những hàng hoá không chịu thuế GTGT. Nhất là đối với cac doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xây dựng rất phức tạp. Khi các doanh nghiệp này kê khia thuế đầu ra phải căn cứ vào khối lượng xây dựng cơ bản hoàn thành bàn giao hoặc xây dựng thực hiện thanh toán theo hạng mục công trình. Vì vậy cần phải kiểm tra, xác định chi phí theo đúng định mức và đơn giá xây dựng cơ bản của Nhà nước quy định, xác định số thuế đầu vào được khấu trừ chỉ đối với nguyên liệu phục vụ cho công trình xây dựng và đối tượng chịu thuế GTGT.
Lưu trữ các tờ khai và các bảng kê để thực hiện so sánh giữa cá tháng với nhau nếu có sự chênh lệch lớn cần kiểm tra.
Tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp nộp tờ khai thuế, hướng dẫn cho những doanh nghiệp chưa nắm bắt rõ về tình hình kê khai thuế.
Sau khi tiếp nhận tờ khai phải có bộ phận kiểm tra tính hợp pháp của tờ khai. Xử lý nghiêm minh các trường hợp cố tình vi phạm, sử dụng hoá đơn giả để được khấu trừ. Tăng cượng kiểm tra xác minh hoá đơn, tập trung kiểm tra sổ sách kế toán, sử dụng hoá đơn chứng từ đối với những doanh nghiệp đã vi phạm ở những năm trước.
Chi cục thuế cần tăng cường kiểm tra tờ khai không chỉ dừng lại ở thủ tục kê khai ghi chép mà còn đi sâu vào xác minh tính chính xác trung thực của tờ khai. Do đó, ngoài tài liệu quy định cần thiết khi kê khai thuế cần có quy định thêm một số tài liệu hoặc yêu cầu doanh nghiệp phải cung cấp thêm một số tài liệu như sổ sách kế toán…
Bên cạnh đó, việc quản lý doanh thu của các DN NQD phải đảm bảo yêu cầu đầy đủ, trung thực, đúng thời gian phát sinh, phục vụ cho công tác thu thuế GTGT, đảm bảo thu đúng, thu đủ, kịp thời. Để đảm bảo các yêu cầu trên cần thu thập các chứng từ sổ sách kế toán, tăng cường công tác thanh tra kiểm tra tại cơ sở, thực hiện công tác quyết toán thuế theo thời gian quy định nhằm phát hiện tình trạng gian lận trong việc thực hiện nghĩa vụ với Nhà nước.