Cùng với công tác quản lý kê khai thuế GTGT đầu ra, đầu vào và tính thuế thì thu nộp thuế là một khâu quan trọng. Chỉ khi NNT nộp đúng, nộp đủ và kịp thời số thuế GTGT phải nộp vào Kho bạc Nhà nước thì khi đó mới có thể đánh giá hiệu quả trong công tác quản lý thuế GTGT.
Trên cơ sở tờ khai thuế của NNT, các phòng thực hiện nhiệm vụ thu sẽ kiểm tra tờ khai, xem doanh nghiệp đã ghi đúng tên, mã số thuế, đủ các chỉ tiêu, đúng mẫu tờ khai chưa, việc áp thuế suất, tính toán đã đúng hay chưa,...Căn cứ vào đó, NNT tự viết giấy nộp tiền và nộp thuế vào Kho bạc hoặc ngân hàng nơi đơn vị có tài khoản. Kho bạc hoặc ngân hàng thu tiền thuế (hoặc trích chuyển tài khoản) xác nhận vào giấy nộp tiền và chuyển cho chi cục thuế một liên để tiện theo dõi, kiểm tra việc nộp thuế của NNT. Trường hợp lệnh thu không được thực hiện và ĐTNT vi phạm với tình tiết tăng nặng, cơ quan thuế sẽ lập hồ sơ và chuyển sang cơ quan pháp luật để truy tố. Song đến nay, trên địa bàn Quận thực tế chưa có trường hợp nào phải áp dụng biện pháp này.
Trong 3 năm gần đây, công tác thu nộp thuế tại Chi cục thuế Quận Cầu Giấy tuy đã cố gắng hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao nhưng vẫn còn trường hợp các doanh nghiệp dây dưa, nợ đọng thuế.
Bảng 2.4 Tình hình thu nộp thuế GTGT đối với các DN NQD Đơn vị: triệu đồng Năm 2008 2009 2010 Ghi thu 55.780 58.620 111.400 Thực thu 54.173 56480 107.828,23 Nợ đọng 3.607 2.140 3.571,778 Tỷ lệ % 6,47 3,65 3,2
( Nguồn số liệu: Chi cục thuế Quận Cầu Giấy)
Từ những số liệu trên ta có thể thấy tuy số thuế nợ đọng qua các năm có tăng nhưng tỷ lệ nợ so với số ghi thu lại giảm đáng kể. Để có được kết quả này, Chi cục thuế quận Cầu Giấy đã có rất nhiều biện pháp cưỡng chế nợ, đôn đốc các doanh nghiệp nộp thuế. Một phần cũng nhờ bản thân các doanh nghiệp đã tự ý thức được nghĩa vụ nộp thuế của mình. Điển hình có một số doanh nghiệp luôn chấp hành tốt các quy định về thuế, ngoài việc nhiều năm liền không xảy ra hiện tượng nợ thuế mà các doanh nghiệp này luôn đóng góp một số lượng thuế rất lớn cho NSNN như: Công ty Cổ phần đầu tư và phát triển đô thị Long Giang: số thuế công ty nộp vào NSNN năm 2010 là 24.559.094.141 đồng; Công ty Cổ phần TM Citicom: số thuế công ty nộp NSNN năm 2010 là 10.976.241.874 đồng...