Hồ sơ đăng ký thuế sau khi nhập vào Hệ thống đăng ký thuế cấp Cục/Chi cục sẽ được truyền lên Hệ thống đang ký thuế tại Tổng cục Thuế để xác nhận và kiểm tra thông tin. Hệ thống đăng ký thuế tại Tổng cục Thuế tự động cập nhật chuyển kết quả có xác nhận trạng thái MST của NNT về Hệ thống đăng ký thuế tại các Cục/Chi cục thuế, đồng thời truyền dữ liệu đăng ký thuế và MST sang Tổng cục Hải quan.
Chi cục thuế quận Cầu Giấy đã ứng dụng tin học vào công tác quản lý hồ sơ NNT, việc thực hiện in và lưu trữ thông tin về NNT đã được đội Tổng hợp- Nghiệp vụ-Dự toán- Kê khai- Kế toán thuế và Tin học tổng hợp. Toàn bộ hồ sơ về doanh nghiệp được cập nhập vào phần mềm Hệ thống quản lý hồ
sơ(QHS). Đây là phần mềm cho phép nhận hồ sơ của các đơn vị, cho ra kết quả và xử lý hồ sơ của NNT.
Hiện nay tại Chi cục đã tiến hành lập và quản lý hồ sơ các ĐTNT tương đối tốt. Nhờ vào việc ứng dụng phần mềm QHS, hồ sơ được lưu trữ và bảo quản tại đội Tổng hợp- Nghiệp vụ-Dự toán- Kê khai- Kế toán thuế và Tin học. Nhờ đó, công tác quản lý cũng như cung cấp thông tin cho Lãnh đạo Chi cục được đảm bảo nhanh chóng, hiệu quả và kịp thời. Với những kết quả như trên cho thấy việc ứng dụng tin học vào quản lý thuế rất nhiều thuận lợi nên chi cục cần ứng dụng tốt hơn nữa tin học trong mọi quy trình, phổ biến tốt hơn nữa các phần mềm ứng dụng cho mọi cán bộ trong chi cục để đạt được hiệu quả cao.
Thực tế, việc triển khai các chương trình tin học đã đẩy mạnh song mức độ ứng dụng còn hạn chế do hệ thống thông tin còn nhiều lỗi, các phần mềm ứng dụng đôi khi còn có sai sót, tốc độ xử lý còn chậm,...gây khó khăn cho việc thu thập thông tin về NNT. Song ngành thuế đã kịp thời có những sửa đổi và nâng cấp các phần mềm, vì vậy đã khắc phục dần khó khăn để hoàn thành tốt mọi công việc.