Trước những sai sót trong công tác xét xử, nguyên nhân đầu tiên là việc quán triệt, thực hiện các quy định của pháp luật như: BLHS, BLTTHS, thông tư liên ngành và quy chế nghiệp vụ của ngành thiếu đầy đủ và chưa chính xác trong từng khâu kiểm sát. Chưa có những văn bản hướng dẫn kịp thời và sự phối kết hợp với các ngành hữu quan trong những vấn đề liên quan để ra các thông tư liên ngành còn chậm.
Năng lực trình độ của bộ phận không nhỏ trong đội ngũ làm công tác kiểm sát hình sự còn hạn chế nhất định, nhất là bước vào thời kỳ đổi mới, thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Đòi hỏi nâng cao nghiệp vụ, kiến thức về quản lý kinh tế – xã hội. Tinh thần trách nhiệm của một số cán bộ kiểm sát viên chưa cao nên chưa làm tròn nhiệm vụ được giao. Công tác quản lý, chỉ đạo điều hành chung toàn khâu hình sự còn thiếu chặt chẽ, có lúc thiếu kịp thời. Mối quan hệ giữa các khâu nghiệp vụ, giữa các bộ phận còn thiếu chặt chẽ.
Chế độ báo cáo nghiệp vụ theo quy định của ngành có lúc, có nơi thiếu nghiêm túc, dẫn đến khó khăn cho công tác quản lý và chỉ đạo của cấp trên đối với cấp dưới.
Điều kiện làm việc, cơ sở vật chất và đời sống chung của ngành còn nhiều khó khăn thiếu thốn cũng là nguyên nhân làm cho cán bộ thiếu an tâm công tác, chưa tập trung đúng mức cho công tác nghiệp vụ kiểm sát.
Sự phối hợp giữa các ngành bảo vệ pháp luật còn thiếu chặt chẽ, thiếu nhất quán và chưa thường xuyên, nên không ít vụ việc quá trình xử lý có biểu hiện không thống nhất giữa các cơ quan này.
Hơn nữa, BLHS và BLTTHS được ban hành song việc giải thích và hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền còn ít và chậm, có vấn đề tuy đã hướng dẫn song thiếu sát hợp với thực tiễn gây khó khăn cho vận dụng.