Sư độc lập của các cơ quan tiến hành TTHS trong quá trình giải quyết vụ án là đòi hỏi tất yếu của nhà nước pháp quyền. Tuy nhiên, mức độ độc lập của Tòa án ở mức độ cao hơn, bao gồm cả độc lập về tổ chức và hoạt động. “Việc xuất hiện
nhà nước pháp quyền với đặc trưng căn bản là quyền lực nhà nước phải được phân chia rành mạch thành quyền lập pháp, quyền hành pháp, quyền tư pháp thì Tòa án mới có vị trí độc lập một cách đầy đủ cả trên hai phương diện: Độc lập về tổ chức và độc lập trong hoạt động xét xử” [15]. Các cơ quan tiến hành tố tụng
quyền hạn trong bộ máy nhà nước. Nếu Tòa án đòi hỏi sự độc lập cả trong tổ chức và hoạt động xét xử thì cơ quan công tố và cơ quan điều tra chỉ độc lập trong hoạt động tố tụng giải quyết vụ án. Sự độc lập của các cơ quan tiến hành tố tụng xuất phát trước hết từ yêu cầu giải quyết vụ án khách quan. Việc điều tra thu thập chứng cứ chứng minh sự thật khách quan vụ án và việc xem xét đánh giá các tình tiết của vụ án và đưa ra các quyết định xử lý tội phạm và người phạm tội chỉ khách quan khi các cơ quan tiến hành tố tụng độc lập không chịu bất kỳ một sự can thiệp nào. Ngoài ra sự độc lập của các cơ quan tiến hành tố tụng còn do yêu cầu kiểm soát quyền lực nhà nước đối với lập pháp và tư pháp. “Xu hướng lạm quyền và kiểm
soát, hạn chế, ngăn chặn lạm quyền đều mang tính tất yếu trong quá trình thực hiện quyền lực nhà nước và chỉ tòa án mới có khả năng, điều kiện vốn có của mình để tác động đến hành vi của con người và thông qua đó tác động đến quá trình diễn ra trong xã hội.”[15] .
Để bảo đảm cho việc xét xử bình đẳng, dân chủ, khách quan thì nguyên tắc độc lập của Tòa án có vai trò quyết định, đồng thời sự độc lập của Tòa án trong hoạt động xét xử còn là nền tảng của tư pháp trong nhà nước pháp quyền. Nguyên tắc độc lập xét xử của Tòa án là yêu cầu tất yếu khách quan xuất phát từ bản chất của hoạt động tư pháp mà Tòa án thực hiện “Đã nhân danh công lý và dựa vào
công lý thì Tòa án phải xét xử như là một người đứng giữa, trung lập không phụ thuộc vào bên nào. Tuy nhiên, xét xử có tính đặc thù, đó là hoạt động tư duy của thẩm phán trong việp áp dụng pháp luật bị ảnh hưởng bởi các yếu tố bên ngoài như: sức ép của các thế lực nhà nước, dư luận xã hội nhất là của báo chí, sức ép của các đảng phái, tôn giáo, sự căng thẳng, hung hãn của các đương sự…Do vậy, để bảo vệ công lý thẩm phán phải vượt lên tất cả các sức ép ngoại cảnh để có những phán quyết khách quan, nên hoạt động xét xử tự thân nó đã phát sinh nhu cầu phải độc lập. Chỉ xét xử độc lập Tòa án mới tồn tại đúng với bản chất của
mình là cơ quan bảo vệ công lý” [38]. Theo J.Clifford Wallace - Thẩm phán toà án
Tối cao Hoa kỳ thì: “Độc lập tư pháp đảm bảo rằng các quan chức cũng phải tuân
theo pháp luật; với việc xét xử độc lập không có ai ở phía trên hay ở bên dưới luật” [48]. Và độc lập tư pháp cần được nhận thức rộng rãi như việc bảo đảm nhân
quyền “Mọi người đều có quyền tham gia phiên toà một cách công khai và được
các Thẩm phán xét xử một cách độc lập và vô tư, khách quan” [48]. Độc lập và chỉ
tuân theo pháp luật là công thức pháp lý chứa đựng các giá trị được thừa nhận chung trong Nhà nước pháp quyền đối với không chỉ trong hoạt động xét xử của Thẩm phán và Hội thẩm mà cả trong hoạt động điều tra, truy tố của Điều tra viên và Kiểm sát viên. Nguyên tắc này xuất phát từ tính chất khó khăn của các hoạt động tư pháp và yêu cầu hoạt động đó phải đạt đến độ chính xác cao nhất, đòi hỏi các cơ quan và cá nhân có thẩm quyền từ điều tra, truy tố, xét xử phải nâng cao tinh thần trách nhiệm, chống lại các tác động và ảnh hưởng xấu từ mọi phía. Đồng thời, nguyên tắc này cũng bắt nguồn từ nguyện vọng và tâm lý chung của xã hội đối với hoạt động tư pháp. Trong hoạt động tư pháp, Điều tra viên, Kiểm sát viên, Thẩm phán và Hội thẩm không những độc lập với sự can thiệp của lập pháp, hành pháp mà còn độc lập với chính sự can thiệp của cá nhân hay tổ chức trong nội bộ cơ quan tư pháp.
Sự thừa nhận về mặt pháp lý đối với độc lập xét xử phải bao gồm 3 yếu tố: 1) Toà án phải được trao thẩm quyền giải quyết mọi vấn đề mang tính chất tư pháp; 2) Toà án phải là cơ quan duy nhất có quyền quyết định vụ việc đang yêu cầu giải quyết có thuộc thẩm quyền xét xử của mình hay không; 3) Quyết định cuối cùng của Toà án không phải chịu bất kỳ sự xét duyệt của bất kỳ cơ quan hay quyền lực nào [16]. Thực hiện nguyên tắc độc lập xét xử, các quốc gia tập trung vào xây dựng một hệ thống tòa án theo hướng phân định thẩm quyền giữa Tòa án với các cơ quan lập pháp, hành pháp, đồng thời với việc đề cao trách nhiệm của Thẩm
phán. Pháp luật quy định trách nhiệm của Thẩm phán phải độc lập trong quá trình giải quyết vụ án hình sự và chỉ tuân theo pháp luật trước hết là các quy tắc xét xử. Việc tuân thủ các quy tắc xét xử tạo điều kiện cho chính Thẩm phán tránh được mọi áp lực từ phía các quan chức nhà nước và ngay cả áp lực của các Thẩm phán Tòa án cấp trên. Đồng thời, sự ràng buộc của các quy tắc xét xử không cho phép xảy ra sự lạm dụng quyền lực của chính các Thẩm phán. Pháp luật các nước đều quy định Thẩm phán phải từ chối tiến hành tố tụng hoặc bị thay đổi nếu có căn cứ cho rằng họ sẽ không vô tư khi tiến hành tố tụng [12].
Từ những phân tích nêu trên, có thể đưa ra những nhận định sau: 1) Sự độc lập trong xét xử của Tòa án là tất yếu khách quan trong xã hội tiến bộ, trong nhà nước pháp quyền và trở thành nguyên tắc hiến định, nguyên tắc cơ bản của luật tố tụng hình sự các quốc gia. 2) Hệ thống Tòa án đại diện cho quyền tư pháp phải được tổ chức và tạo điều kiện để độc lập với các nhánh quyền lực khác trong cơ cấu chung của quyền lực nhà nước. 3) Thẩm phán, hội thẩm độc lập khi thực hiện chức năng xét xử. 4) Sự độc lập của Toà án cũng như của thẩm phán, hội thẩm phải dựa trên cơ sở và trong khuôn khổ pháp luật. 5) Nhà nước và xã hội tôn trọng và bảo đảm để Toà án, Thẩm phán, Hội thẩm được độc lập khi xét xử [14].