Cơ sở lý luận và thực tiễn của mô hình tổ chức này là bắt nguồn từ sự phát triển mạnh mẽ của xã hội trong những thế kỷ qua về tất cả mặt kinh tế, dân chủ, văn hóa, quản lý xã hội... mà những vấn đề này có tác động to lớn đến sự tồn tại của xã hội, con người và cả quyền lực nhà nước, đã khiến cho Nhà nước cần phải quan tâm và can thiệp đến. Những khiếu kiện phát sinh trong các lĩnh vực hành chính liên quan giữa một bên là Nhà nước và một bên là công dân, trong lĩnh vực lao động, trong lĩnh vực kinh tế, trong lĩnh vực thương mại... cần phải có sự phán quyết công bằng, khách quan của Nhà nước vì không phải lúc nào những quan hệ này giải quyết bằng việc dàn xếp, hòa giải, thương lượng hoặc bằng mệnh lệnh hành chính mà đạt kết quả.
Do vậy xu hướng ngày càng xây dựng các Tòa chuyên trách (Tòa đặc biệt) để xét xử các lĩnh vực tranh tụng theo các thủ tục riêng biệt đặc thù là tất yếu.
Tuy nhiên hiện nay việc ra đời các tổ chức tài phán này được tổ chức theo hai mô hình chung nhất như sau:
Vẫn giữ nguyên hệ thống Toà án tư pháp nhưng ngoài các Tòa hình sự, dân sự, hình thành thêm các Tòa chuyên biệt như Tòa kinh tế, Tòa hành chính, Tòa lao
động, Tòa vị thành niên, Tòa hôn nhân... Các Tòa chuyên biệt này là bộ phận như Tòa hình sự, dân sự nằm trong hệ thống Tòa tư pháp và do Toà án cao cấp trực tiếp lãnh đạo, chỉ đạo. Đó là mô hình của hệ thống Toà án Trung Quốc, Toà án Đan Mạch...
Tuy nhiên trên thế giới nhiều nước hình thành nhiều hệ thống Toà án chuyên biệt (gọi là Tòa đặc biệt) tổ chức độc lập với nhau và độc lập với hệ thống Toà án tư pháp.
Ở Pháp, bên cạnh hệ thống Toà án tư pháp (xét xử hình sự và dân sự) còn có hệ thống Toà án hành chính độc lập, đó là do ở Pháp khác với Anh và Mỹ, người Pháp có một hệ thống pháp luật riêng biệt, luật hành chính ấn định quyền lợi và nhiệm vụ của người công chức và của nhân dân trong sự tương quan với công chức. Theo quan niệm của người Pháp, quốc gia là một đoàn thể có trách nhiệm, và công chức là đại diện quốc gia và không thể có trách nhiệm cá nhân vì những tai hại do mình gây nên. Vì thế những Toà án đặc biệt, Toà án hành chính đã được thiết lập để xét xử các vụ kiện hành chính.
Hệ thống này đã xuất phát trong thời Cách mạng Pháp và bởi những biến cố trước thời đó. Dưới thời quân chủ, các Toà án đã lạm dụng quyền hành. Trong thời kỳ Cách mạng người ta muốn cải cách hệ thống Toà án vì cho rằng các Toà án đó đã cản trở trật tự mới. Đạo luật Cách mạng 1790 dự trù rằng chức vụ tư pháp phải khác biệt chức vụ hành chính. Hiến pháp năm 1791 không cho các Toà án can thiệp vào lĩnh vực hành chính và sau đó Toà án hành chính được thành lập với những thủ tục và pháp luật hành chính rõ rệt.
Đứng đầu các Tòa hành chính là Tham chính viện với đội ngũ Thẩm phán và nhân viên là 150 và chia thành 5 ban: một ban phụ trách việc kiểm soát hành chính và phán quyết, bốn ban phụ trách vai trò tư vấn để chính phủ giải quyết công việc hành chính.
Trước năm 1954, Tham chính viện xét xử đa số đối với những vấn đề hành chính, tuy rằng những vấn đề nhỏ do hội đồng hành chánh có thẩm quyền xét xử. Nhưng một cuộc cải cách sâu rộng đã được thể hiện năm 1954. Các hội đồng hành chánh Paris, Strasbourg và 21 Hội đồng liên hành chánh, được biến cải thành 23 Toà án hành chính; Các Toà án này xét xử đa số các vụ kiện hành chính. Tham chính viện đóng vai trò phúc thẩm, kiểm soát các Tòa cấp dưới. Nhưng đối với một số vấn đề, Tham chính viện vẫn có quyền xét xử sơ thẩm, nhất là đối với những vấn đề có liên quan tới quyền lợi của công chức.
Ở Thụy Điển Toà án cũng tổ chức theo mô hình này.
Hiến pháp Thụy Điển (năm 1974) tại Điều 1 chương XI quy định như sau: "Toà án tối cao là cơ quan xét xử cao nhất về pháp luật chung và Tòa án hành
chính tối cao là cơ quan xét xử cao nhất về các vấn đề hành chính...".
Như vậy ở Thụy Điển cũng tồn tại bên cạnh Toà án Tư pháp đứng đầu là Toà án tối cao, thì có hệ thống Toà án hành chính đứng đầu là Toà án hành chính tối cao.
Ở Cộng hòa Liên bang Đức Hiến pháp năm 1959 tại Điều 95 quy định: "Đối với các lĩnh vực chung, hành chính, tài chính lao động và xã hội, Liên bang
thành lập Tòa án tối cao bao gồm Toà án liên bang tối cao, Toà án hành chính liên bang, Toà án tài chính liên bang, Toà án lao động liên bang và Toà án xã hội liên bang".
Với quy định này hệ thống cơ quan xét xử của Đức bao gồm 5 hệ thống Toà án độc lập, đó là:
(i) Hệ thống Toà án tư pháp (Court of Justice);
(ii) Hệ thống Toà án hành chính (Administrative court); (iii) Hệ thống Toà án tài chính (Finance court);
(iv) Hệ thống Toà án lao động (Labour court); (vi) Hệ thống Toà án xã hội (Social court).
Ngoài ra, Đức còn có Toà án Hiến pháp liên bang.
Từ sự phân tích các mô hình tổ chức hệ thống Toà án các nước hiện nay chúng ta cần thấy rằng việc tổ chức theo mô hình khác nhau phụ thuộc vào tính chất, đặc điểm của mỗi quốc gia, quan điểm chính trị của giai cấp cầm quyền và cả truyền thống dân tộc. Và ngay trong một quốc gia, cùng một kiểu Nhà nước thì ở giai đoạn lịch sử khác nhau cũng có sự vận dụng mô hình một cách thích hợp, ví như ở nước Đức trước thế chiến thứ 2, không có Toà án Hiến pháp, nhưng sau thế chiến thứ 2 với sự can thiệp của Hoa Kỳ, Đức thành lập Viện Bảo Hiến. Sau hơn 10 năm sau nước Đức nhận thấy tác dụng của Viện Bảo Hiến, nên thành lập mỗi bang có Viện Bảo Hiến để kiểm soát quyết định của Toà án. Và Hiến pháp năm 1959 của Cộng hòa Liên bang Đức đã tuyên bố tại Điều 92 "Quyền lực của tài
phán trao cho các Thẩm phán, quyền lực này được thực hiện thông qua Toà án Hiến pháp liên bang, các Toà án liên bang được quy định trong Hiến pháp này và các Toà án Bang" và Điều 93 của Hiến pháp đã dành cho Toà án Hiến pháp này
nhiều quyền quan trọng.
Do vậy trong quá trình đổi mới đất nước, đòi hỏi đổi mới bộ máy nhà nước là tất yếu, trong đó có Toà án, song việc đổi mới đòi hỏi không chỉ bảo đảm tính kế thừa, mà phải nghiên cứu vận dụng các mô hình của các nước, nhưng cái chính vẫn là việc vận dụng phải xuất phát từ đặc điểm và điều kiện thực tiễn, cũng như yếu tố lịch sử của nền pháp quyền và bản chất chế độ nước ta, không thể vận dụng, học hỏi một cách vô nguyên tắc. Thực tế trong thời gian qua đã có nhiều ý kiến đòi hỏi đổi mới Toà án nước ta theo những mô hình các nước mà không tính đến các yếu tố kinh tế, chính trị, lịch sử, v.v,... của nước nhà là điều khó chấp nhận được.
Chƣơng 2: THỰC TRẠNG TỔ CHỨC VÀ HOẠT ĐỘNG CỦA TOÀ ÁN TRONG TỐ TỤNG HÌNH SỰ Ở VIỆT NAM