Vẫn chưa có khung pháp lý chính thức điều chỉnh hoạt động này gây nhiều khó khăn cho các doanh nghiệp khi tiến hành nhượng quyền. Thậm chí khi các quy định trong Luật thương mại sửa đổi về hoạt động nhượng quyền thương mại chính thức có hiệu lực sắp tới thì cũng tạo nên sự chồng chéo với Nghị định 11/2005/NĐ-CP ngày 2/02/2005 quy định chi tiết về chuyển giao công nghệ sửa đổi. Theo đó trong chương IV điều 32 thì Bộ Khoa học và Công nghệ, các Sở Khoa học và Công nghệ có trách nhiệm xác nhận đăng ký chuyển giao công nghệ, thương hiệu tùy theo giá trị hợp đồng mà Bộ hay Sở xác nhận. Nhưng Luật Thương mại (sửa đổi và thông qua vào tháng 06/2005) thì lại quy định cơ quan xác nhận đăng ký nhượng quyền là Bộ thương mại. Sự chồng chéo này có thể gây ra lúng túng khó khăn tốn kém cho các doanh nghiệp khi áp dụng.
Nguồn nhân lực có kiến thức, kinh nghiệm thực tế về nhượng quyền thương mại còn chưa đáp ứng đủ nhu cầu chung của tình hình phát triển nhượng quyền thương mại tại Việt Nam. Nguồn nhân lực chủ yếu là do doanh nghiệp tự đào tạo và nhân viên tự học chính vì vậy mà gây ra nhiều bất cập trong việc tiếp cận với xu thế và các tiêu chuẩn kinh doanh nhượng quyền của thế giới.
Việc xúc tiến hoạt động nhượng quyền thương mại hiện vẫn còn nhiều hạn chế. Đa phần các doanh nghiệp Việt Nam tập trung sử dụng các hình thứ
kinh doanh truyền thống chứ chưa nhìn được mặt thuận lợi và những cơ hội mà nhượng quyền thương mại đem lại. Chỉ có một số doanh nghiệp có thương hiệu mạnh như Trung Nguyên, Phở 24,.. đi tiền phong kinh doanh nhượng quyền thương mại. Nhượng quyền thương mại tại Việt Nam chỉ thực sự sôi động và cuốn hút hơn nữa khi có nhiều doanh nghiệp hơn có thương hiệu sản phẩm chất lượng tham gia vào.
Sau thời điểm Việt Nam gia nhập WTO với sự xâm nhập mạnh mẽ của hàng loạt tập đoàn bán lẻ và đồ ăn nhanh bằng phương pháp franchising họ có thể thành lập nên mạng lưới kinh doanh dày đặc cạnh tranh với cường độ khốc liệt và có khả năng sẽ chiếm lĩnh cả thị trường bán lẻ. Điều này đòi hỏi các nhà quản lý ở Việt Nam phải sớm vạch ra chiến lược lâu dài.
Phong cách quản lý và hoạt động kinh doanh của người Việt còn nhiều hạn chế và khác biệt so với các tiêu chuẩn hoạt động kinh doanh của các thương hiệu lớn trên thế giới. Trong khi đó đội ngũ quản lý, chuyên viên các doanh nghiệp nước ngoài đều được đào tạo một cách bài bản, với chương trình tập huấn cập nhật đảm bảo được chất lượng sản phẩm và dịch vụ cao nhất. Đây là một điểm hạn chế của nền giáo dục Việt Nam cũng như của các doanh nghiệp trong công tác đào tạo.