ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại 3 trường ĐH lớn ở Hà Nội: Trường ĐH Tổng hợp Hà Nội, Trường ĐH Sư phạm Hà Nội I và Trường ĐH Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội. ĐHQGHN chính thức hoạt động theo Quy chế về Tổ chức và hoạt động do Thủ tướng Chính phủ ban hành theo Quyết định số 477/QĐ-TTg ngày 05/9/1994.
Truyền thống của ĐHQGHN gắn liền với sự phát triển của một số mô hình trường ĐH đa ngành, đa lĩnh vực ở nước ta nửa đầu thế kỷ XX - tiền thân của ĐHQGHN. Thời kỳ Pháp thuộc, Toàn quyền Đông Dương thành lập Trường ĐH Đông Dương (16/5/1906) đặt trụ sở tại phố Boulevard Bobillot nay là số 19 phố Lê Thánh Tông, Hà Nội. Sau khi Cách mạng Tháng Tám thành công, nước ta đã thành lập ĐHQG Việt Nam trên cơ sở kế thừa ĐH Đông Dương (trụ sở vẫn ở 19 Lê Thánh Tông, Hà Nội). Sau khi hòa bình lập lại, nước ta thành lập thêm một số trường ĐH ở miền Bắc, Trường ĐH Khoa học Cơ bản (tại Chiến khu Việt Bắc- năm 1951), Trường ĐH Tổng hợp Hà Nội và Trường ĐH Sư phạm Hà Nội (1956). Trường ĐH Tổng hợp Hà Nội là một trường ĐH khoa học cơ bản đa ngành, đa lĩnh vực kế thừa truyền thống và cơ sở vật chất, kỹ thuật của Trường ĐH Đông Dương (1906), Trường ĐHQG Việt Nam (1945) và Trường ĐH Khoa học Cơ bản (1951). Ngày 01/02/2001, thực hiện Kết luận của Thường vụ Bộ Chính trị, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 07/2001/NĐ-CP về ĐHQG; ngày 12/02/2001, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 14/2001/QĐ-TTg và Quyết định số 16/2001/QĐ-TTg về việc tổ chức lại và ban hành Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG. Đây là mốc lịch sử quan trọng đánh dấu bước phát triển mới của ĐHQGHN. Cho đến năm 2000, ĐHQGHN có 04 trường ĐH, 01 viện nghiên cứu: Trường ĐH Khoa học Tự nhiên, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn,
Trường ĐH Ngoại ngữ, Trường ĐH Sư phạm và một số đơn vị khác. Vào thời điểm này, ĐHQGHN mới có các ngành và lĩnh vực: toán và khoa học tự nhiên, công nghệ thông tin và điện tử viễn thông (Trường ĐH Khoa học Tự nhiên), khoa học xã hội và nhân văn, kinh tế, luật (Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn) và ngoại ngữ [28].
Đến thời điểm kết thúc năm học 2012-2013, về cơ bản ĐHQGHN đã trở thành một trung tâm đào tạo ĐH, sau ĐH, NCKH và chuyển giao tri thức đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao với tổng số 43 đơn vị, trong đó bao gồm: 09 đơn vị thành viên với 06 trường ĐH thành viên (có quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, có tư cách pháp nhân như các trư ờng ĐH trực thuộc Bộ GD&ĐT) và 03 viện nghiên cứu thành viên; 05 khoa trực thuộc; 14 đơn vị đào tạo và nghiên cứu trực thuộc (gồm 02 viện và 12 trung tâm đào tạo và nghiên cứu), 15 đơn vị phục vụ đào tạo và nghiên cứu trực thuộc (xem bảng 2.1).
Bảng 2.1. Bảng tổng hợp tên các đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc của ĐHQGHN
Stt Tên đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc Ghi chú
I. Cơ quan ĐHQGHN (01 Văn phòng, 8 Ban chức năng)
1. Văn phòng
2. Ban Chính trị và Công tác Học sinh sinh viên 3. Ban Đào tạo
4. Ban Hợp tác và Phát triển 5. Ban Kế hoạch - Tài chính 6. Ban Khoa học - Công nghệ 7. Ban Thanh tra và Pháp chế 8. Ban Tổ chức Cán bộ 9. Ban Xây dựng
II. Các trƣờng ĐH và Viện nghiên cứu KH&CN thành viên (09 đơn vị)
1. Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
2. Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn 3. Trường Đại học Ngoại ngữ
4. Trường Đại học Công nghệ 5. Trường Đại học Kinh tế 6. Trường Đại học Giáo dục 7. Viện Công nghệ Thông tin
Stt Tên đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc Ghi chú
9. Viện Vi sinh vật và Công nghệ Sinh học
III. Các khoa trực thuộc(05 Khoa)
10. Khoa Luật
11. Khoa Quản trị kinh doanh 12. Khoa Quốc tế
13. Khoa Sau đại học 14. Khoa Y Dược
IV. Các đơn vị đào tạo và nghiên cứu khoa học và công nghệ trực thuộc
(14 đơn vị)
15. Viện Đảm bảo Chất lượng Giáo dục 16. Viện Tin học Pháp ngữ
17. Trung tâm Công nghệ đào tạo và Hệ thống việc làm 18. Trung tâm Đào tạo, Bồi dưỡng giảng viên lý luận chính trị 19. Trung tâm Giáo dục Quốc phòng - An ninh
20. Trung tâm Giáo dục Thể chất và Thể thao 21. Trung tâm Phát triển Hệ thống
22. Trung tâm Nhân lực quốc tế
23. Trung tâm Nghiên cứu Biển và Đảo 24. Trung tâm Nghiên cứu Đô thị
25. Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường 26. Trung tâm Nghiên cứu về Phụ nữ
27. Trung tâm Nano và Năng lượng
28. Trung tâm Quốc tế Nghiên cứu biến đổi toàn cầu
V. Các đơn vị dịch vụ,phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học (14 đơn vị)
29. Trung tâm Hỗ trợ Đào tạo và Phát triển đô thị Đại học 30. Trung tâm Hỗ trợ Sinh viên
31. Trung tâm Hỗ trợ Nghiên cứu Châu Á 32. Trung tâm Thông tin -Thư viện
33. Trung tâm Truyền thông và Quan hệ công chúng 34. Trung tâm Ứng dụng Công nghệ thông tin
35. Nhà Xuất bản Đại học Quốc gia Hà Nội 36. Nhà In Đại học Quốc gia Hà Nội
37. Ban Quản lý các dự án 38. Tạp chí Khoa học
39. Văn phòng hợp tác Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Kyoto 40. Trung tâm phát triển
41. Bê ̣nh viê ̣n Đa ̣i ho ̣c Quốc gia Hà Nô ̣i
42. Trung tâm Hợp tác và Chuyển giao tri thức
Ngày 18/6/2012, Luật GDĐH số 08/2012/QH13 của Việt Nam đã được thông qua và có hiệu lực từ ngày 01/01/2013. Điều này đánh dấu một bước tiến quan trọng trong việc luật hóa các chủ trương của Đảng, chính sách của Nhà nước về GDĐH nói chung và về ĐHQGHN nói riêng, tạo thêm cơ sở pháp lý vững chắc, bước phát triển đột phá của nền GDĐH, KH&CN của đất nước, hướng tới xây dựng một nền giáo dục Việt Nam tiếp cận “đẳng cấp quốc tế”.
ĐHQGHNlà mô hình đơn vị sự nghiệp giáo dục có thực thể hữu cơ, liên thông, liên kết, hợp tác toàn diện giữa các đơn vị thành viên và đơn vị trực thuộc, khai thác hiệu quả mọi nguồn lực, lợi thế đa ngành, đa lĩnh vực. Đánh giá mô hình các trường ĐH, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã khẳng định ĐHQGHN đi đúng hướng trong việc xây dựng và phát triển mô hình ĐH đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao theo Nghị định số 07/2001/NĐ-CP của Chính phủ và Quy chế số 16/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ (trích dẫn từ chuyên mục Lịch sử/Tổng quan/Giới thiệu ĐHQGHN, tháng 7/2013, công bố tại Website: www.vnu.edu.vn).
Trong năm 2013, để phù hợp với Luật GDĐH và thực hiện chỉ đạo của Bộ GD&ĐT, ĐHQGHN và ĐHQG Thành phố Hồ Chí Minh đã cùng nhau thực hiện nhiệm vụ hoàn thiện Nghị định và Quy chế tổ chức hoạt động mới về ĐHQG và các đơn vị thành viên thay thế cho Nghị định và Quy chế đã ban hành vào năm 2001. Bản Nghị định và Quy chế về ĐHQG và các đơn vị thành viên đang được các Bộ, ngành liên quan góp ý, chỉnh sửa và sau này (khi được ban hành) sẽ góp phần tăng cường tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, là sự kỳ vọng to lớn của tập thể công chức, viên chức của ĐHQGHN.
Như vậy, trải qua gần 20 năm xây dựng và phát triển, với sự quan tâm đặc biệt của Đảng và Nhà nước, sự chỉ đạo và giúp đỡ của các Bộ, ngành, đặc biệt là sự nỗ lực phấn đấu với tinh thần trách nhiệm và quyết tâm cao của tập thể lãnh đạo, đội ngũ các nhà khoa học, nhà giáo, cán bộ, sinh viên, ĐHQGHN đã vượt qua khó khăn, hoàn thành thắng lợi nhiều nhiệm vụ quan trọng, đạt những thành tựu có ý nghĩa quyết định đối với quá trình xây dựng mô hình ĐH tiên tiến ở nước ta.