Khu bảo tồn thiên nhiên Núi Ông có tổng diện tích: 25.468 ha.
Căn cứ vào các trạng thái, kiểu rừng Khu bảo tồn thiên nhiên Núi Ông được chia 03 phân khu chức năng, cụ thể:
2.2.2.1. Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt: 20.666 ha
- Bảo vệ nguyên vẹn các hệ sinh thái, các lọai rừng và thảm thực vật rừng, tạo điều kiện thuận lợi cho các loài động, thực vật sinh sống và phát triển.
- Phòng hộ đầu nguồn sông, suối, chống xói mòn đất, bảo vệ môi trường sống và tôn tạo cảnh quan thiên nhiên trong vùng.
2.2.2.2. Phân khu phục hồi sinh thái: 4.802,5 ha
- Phục hồi thảm thực vật rừng nhằm tái tạo hệ sinh thái rừng.
- Tạo điều kiện thuận lợi cho các loài động, thực vật đặc biệt là những nguồn gien quý hiếm tồn tại và phát triển.
- Phòng hộ xung yếu đầu nguồn sông Cát và các hệ suối của nó. - Làm chức năng vùng đệm cho khu bảo vệ nghiêm ngặt.
2.2.2.3. Phân khu dịch vụ hành chính: 0,66 ha
- Là nơi đóng trụ sở Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Núi Ông.
- Là trung tâm chỉ huy các họat động quản lý của Khu bảo tồn thiên nhiên Núi Ông.
- Thực hiện các họat động hành chính, tổ chức, giao dịch và hợp tác trên các họat động của Khu bảo tồn thiên nhiên Núi Ông
- Xây dựng nơi làm việc, ăn ở của cán bộ công nhân viên và khách công tác, xây dựng các công trình phúc lợi công cộng.
- Xây dựng nhà bảo tàng, khu nuôi động vật hoang dã.