Đây là những thực nghiệm xác định sự tồn tại của các protein nhận biết và kết hợp với trình tự nucleotide của DNA đặc hiệu để xác định vị trí gen gây sự kết hợp đó. Sau khi ủ đoạn DNA đã đánh dấu bằng [32P] ở đầu mút để lai với dịch chiết xuất tế bào hoặc các phân đoạn khác của tế bào sau đó bằng DNase I phân giải DNA từng phần dưới điều kiện ở mỗi phân tử một vị trí. Dịch sản phẩm được điện di bằng gel polyacrylamide-urea dùng cho giải trình DNA và thực hiện tự ký phóng xạ. Các băng thu được có dạng bậc thang hơn kém nhau một base nhưng vùng DNA đã kết hợp protein nhờ được bảo vệ khỏi quá trình tiêu hóa của DNase I nên băng tương ứng với vị trí này trở nên yếu. So sánh hình ảnh (kiểu dạng - pattern) này với kiểu dạng DNA thông thường (không kết hợp protein) cũng tiêu hóa bởi DNase I sẽ xác định được vị trí của vùng kết hợp protein.
Phương pháp "vết chân" (foot print) nhờ DNase I chịu ảnh hưởng rất lớn từ các điều kiện thích hợp nhất như đoạn DNA, dịch chiết xuất tế bào... cho nên cần phải kiểm tra điều kiện thích hợp nhất đối với mỗi hệ nhất định. Cũng vì vậy, khi thực hiện đối với một hệ nào đó cần áp dụng nhiều nồng độ DNase I khác nhau. Dưới đây là một ví dụ về phân tích "vết chân" sử dụng gen ribosome (ribosomal DNA).
1) Sử dụng DNA có vị trí khởi đầu phiên mã gen ribosome chế tác đoạn DNA đánh dấu một phía bằng [32P] ở vị trí Ava I (vị trí +150).
2) Thực hiện với lượng dịch phản ứng toàn bộ là 100 µl. Trong đó đoạn DNA đánh dấu phóng xạ nêu trên được trộn với 20 µl dung dịch protein
phân đoạn từ dịch toàn tế bào nhờ cột phosphocellulose trao đổi ion bằng dung dịch KCl 0,6 - 1,0M và sau đó nhờ cột DEAE cellulose trao đổi ion bằng dung dịch KCl 0,1 - 0,35M.
Cụ thể là trong 100 µl dịch phản ứng chứa khoảng 1 ng dịch phân đoạn DNA đánh dấu (5 - 20×103 cpm) (bước 1.), 0,03 mg protein chiết xuất từ dịch toàn tế bào của tế bào FM 3A (pha trong dung dịch đệm gồm HEPES-KOH (pH 7,9 ở 4 °C) 20mM, EDTA 0,2mM, KCl 0,1M và DTT 1mM), 10 µl dung dịch đệm 10× và 7,5 µg poly(dA-dT).poly(dA-dT) và ủ ở 30 ºC trong 30 phút.
Dung dịch đệm 10× chứa HEPES-KOH (pH 7,9 ở 4 ºC)
3) Cho phản ứng với 10 đơn vị DNase I trong 30 giây (DNase I sẽ phân giải DNA đánh dấu, trừ miền DNA liên kết protein của dịch tế bào).
4) Để dừng phản ứng, thêm 20 mM EDTA hoặc dung dịch dừng phản ứng phiên mã in vitro (tiết trước) với lượng tương đương dịch phản ứng.
5) Chiết xuất bằng phenol-chloroform một lần và bằng chloroform một lần nữa, sau đó kết tủa bằng ethanol để thu hồi DNA. Tráng tủa DNA bằng ethanol 70% để loại bỏ muối, chú ý sau đó thấm hết ethanol nhanh chóng nhằm tránh muối đọng trong DNA.
6) Sau khi làm khô DNA hoàn toàn, thêm 2 - 6 µl dung dịch màu trộn formamide (như trong trường hợp pha DNA để giải trình nucleotide (sequencing). Xử lý nhiệt ở 90 ºC trong 1 phút, điện di trong gel polyacrylamide-urea như trong trường hợp DNA sequencing. Chú ý rằng loại bỏ hoàn toàn protein và muối khi thu hồi DNA thì điện di mới có băng đẹp.
Dung dịch màu trộn formamide: 10 µl formamide, XC 0,05%, BPB 0,05% và EDTA 1mM.