- Một số cấp ủy Đảng, chính quyền địa phương, Mặt trận và đoàn thể các cấp chưa quán triệt, chưa quan tâm đúng mức đến phát triển KTTT, cụ thể là việc triển khai và tổ chức thực hiện các Chỉ thị, Nghị quyết và văn bản của TW, các văn bản chỉ đạo của Tỉnh ủy và UBND tỉnh, trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo thiếu sự kiên quyết, đôn đốc. Chính sách ban hành phát triển KTTT còn chậm, chưa đồng bộ, một số được ban hành thì tính khả thi không cao, thiếu sự hướng dẫn thực hiện.
- Công tác quản lý Nhà nước đối với HTX còn buông lỏng, chức năng nhiệm vụ của các đơn vị liên quan chưa rõ ràng, tại một số nơi còn lúng túng, bị động, biện pháp tổ chức thực hiện chưa cụ thể, thiếu kiểm tra và tổ chức sơ tổng kết để uốn nắn kịp thời và rút kinh nghiệm trong thời gian tới. Các cấp, các ngành và địa phương hướng dẫn, vận động, tư vấn hỗ trợ phát triển KTTT chưa được tập trung tích cực, hiệu quả không cao, chưa chỉ đạo điểm, chưa xây dựng được mô hình HTX điểm, mô hình tốt, mô hình mới để phổ biến nhân ra diện rộng.
- Vai trò tham mưu của các ngành chức năng, các cấp chính quyền còn hạn chế, việc phân công người phụ trách theo dõi KTTT của các sở, ngành, đoàn thể các cấp nhất là cấp cơ sở chưa cụ thể, chưa ngang tầm. Một số nơi còn ngán ngại hoặc xem nhẹ vai trò của kinh tế HTX trong nông nghiệp, khoán trắng cho ngành chuyên môn, chưa tạo điều kiện tốt cho lĩnh vực này phát triển.
- Đội ngũ cán bộ quản lý HTX, THT hầu hết làm việc theo kinh nghiệm, chưa được đào tạo cơ bản, đa số cán bộ quản lý mới tham gia các khóa bồi dưỡng, tập huấn nghiệp vụ ngắn ngày nên chưa xây dựng được phương án sản xuất, kinh doanh cụ thể. Năng lực nội tại của HTX, THT còn nhiều yếu kém về tài chính, đất đai, kỹ thuật, quy mô hoạt động, thiếu sự liên doanh liên kết với nhau và với doanh nghiệp, tổ chức kinh tế. Một số HTX trong nông nghiệp hoạt động cầm chừng, trông chờ vào sự hỗ trợ của Nhà nước nên ít quan tâm đầu tư mở rộng phát triển sản xuất, kinh doanh. Mặt khác, thời tiết, dịch bệnh diễn biến bất thường, giá đầu vào không ổn định dẫn đến hiệu quả hoạt động chưa cao.
- Công tác tuyên truyền Luật HTX, các chủ trương của Đảng và Nhà nước cho cán bộ, đảng viên và quần chúng nhân dân chưa tập trung đúng mức, chưa đều khắp, chưa thể hiện sức mạnh tổng hợp của cả hệ thống chính trị trong việc tuyên truyền đến tận cơ sở và người dân, nhất là đối tượng trực tiếp tham gia HTX, THT.
- Trong tổ chức thực hiện chưa xác định nhiệm vụ phát triển KTTT là nhiệm vụ trong tâm, việc làm thường xuyên và lâu dài, mà chủ yếu tổ chức theo dạng phong trào, thiếu tính đồng bộ.
- Nhận thức về mô hình HTX “kiểu mới” trong nông nghiệp của cán bộ, đảng viên và quần chúng nhân dân tuy có nâng lên nhưng vẫn còn nhiều hạn chế, tư tưởng hoài nghi đối với mô hình HTX “kiểu cũ” vẫn còn tồn tại, chưa phân biệt được mô hình HTX “kiểu mới” với mô hình HTX “kiểu cũ”, với tổ chức xã hội và doanh nghiệp, chưa thấy được hiệu quả và lợi ích của việc tham gia HTX nên chưa mạnh dạn tham gia hoặc khi tham gia cũng chưa có nhiều đóng góp trong xây dựng HTX phát triển.
- Cơ chế, chính sách hỗ trợ, khuyến khích phát triển HTX trong nông nghiệp tuy được ban hành tương đối đầy đủ nhưng phần lớn tính khả thi không cao, việc cụ thể hóa còn chậm và thiếu tính đồng bộ. Trong tổ chức thực hiện, thiếu sự giúp đỡ và hướng dẫn thực hiện tới HTX, nguồn lực thực hiện có hạn.