Diện tích cỏ biển và rong biển tại Lý Sơn là khá cao, tuy nhiên với tốc độ ảnh hưởng và phát triển như hiện nay, diện tích sẽ bị suy giảm đáng kể trong tương lai. Các thảm cỏ biển đang phải đối mặt với nguy cơ khai thác cát để trồng tỏi, phá hủy nơi sinh cư của cỏ biển. Để cĩ thể thu hoạch 400 đến 500 tấn tỏi mỗi năm, nhân
dân đảo Lý Sơn phải khai thác 70.000m3 cát làm nền khi trồng tỏi. Tình trạng khai
thác cát để trồng tỏi khiến Lý Sơn hàng năm phải mất 5 đến 7 ha do nạn xâm thực của thuỷ triều [8].
Hoạt động của tàu thuyền, xây dựng cảng và đơ thị: Hoạt động của con người ngày càng gia tăng ở vùng ven biển đang trở thành nguyên nhân chính làm thay đổi HST cỏ biển (như: thuyền bè neo đậu, sử dụng phương thức đánh bắt huỷ diệt, khai thác bừa bãi, các cơng trình xây dựng ở các khu vực ven biển) thơng qua đĩ con người tác động lên chất lượng nước và trầm tích những yếu tố ảnh hưởng đến sự sống của cỏ biển đồng thời làm thay đổi lưới thức ăn trong mơi trường biển mà cỏ biển là một mắt xích quan trọng [8]. Khu vực Bến Đình, nơi cĩ diện tích cỏ biển lớn nhất đảo, đang được nạo vét để xây dựng thành nơi trú bão cho tàu thuyền. Việc nạo vét lịng kênh vào đổ thải bùn đất lên khu vực vùng triều để lấn biển đã làm tiêu diệt một phần cỏ biển. Ước tính sau khi hồn thành cảng, hơn một nửa diện tích thảm cỏ biển sẽ bị mất.
Phương tiện khai thác mang tính hủy diệt: đảo Lý Sơn cĩ số lượng tàu giã cào và cào bay (cào đơi) rất lớn, khai thác cá bằng mìn và chất độc. Tuy những phương tiện này bị cấm hoạt động khai thác ở vùng nước nơng ven bờ nhưng chúng cũng thỉnh thoảng lén lút hoạt động trong vùng phân bố của thảm cỏ biển ở phía đơng và phía bắc đảo. Hoạt động của tàu thuyền giã cào hoặc cào bay làm trốc hết gốc rễ cỏ biển và làm gia tăng trầm tích trong cột nước khiến cho thảm cỏ biển bị hủy hoại, nguồn giống và nguồn lợi hải sản bị cạn kiệt.
Bão và các thiên tai khác đã và đang ảnh hưởng khơng nhỏ đến các bãi cỏ biển của khu vực. Hàng chục hố cát trong các thảm cỏ biển do bão tạo thành, cĩ hố sâu đến 2 mét [20]. Bão và sĩng lớn đã đánh bật rễ của cỏ biển và làm cho cỏ biển bị chết. Biến đổi khí hậu tồn cầu làm cho nước biển ấm lên, cũng là một trong những nguyên nhân chính gây suy giảm diện tích cỏ biển.