Bình thường trứng của gia cầm khỏe mạnh đạt độ vơ trùng đến 93 ÷ 98%. Nguyên nhân hư hỏng chủ yếu là ở vỏ. Nếu vỏ trứng mất màng ngồi, lỗ khí hở hay vỏ bẩn, vi sinh vật sẽ xâm nhập vào bên trong quả trứng: E.Coli, Bacillus Subtilis, Vulgaris,...thường nhất là Salmonella có trong mơi trường sống
Tuỳ theo nguồn gốc vi sinh vật làm biến đổi trứng người ta phân biệt ba loại hư hỏng trứng: do vi khuẩn, nấm mốc, vi khuẩn gây bệnh. Các dạng hư hỏng do vi khuẩn gồm :
* Vi khuẩn làm cho trứng bị thối, trứng có mùi vị khó chịu.
Dưới tác dụng của enzyme vi khuẩn, lòng trắng trứng bị phân giải thành chất nhớt, màng nỗn hồn tồn bị phá hủy làm cho lòng đỏ trộn lẫn với lòng trắng. lòng trắng biến thành màu xanh xám, màu lục, lịng đỏ có màu xanh vàng, màng lịng đỏ màu đen, vỏ màu xám.
Lòng trắng bị phân giải tiết ra hơi thối H2S, khi tích lũy nhiều làm nứt vỡ trứng. Lịng trắng và lịng đỏ chảy ra ngồi làm hư hỏng, làm thối trứng bên cạnh, hoặc trứng lộn thành màu vàng sẫm, có mùi phân thối.
Scot chia ra làm 5 loại trứng thối là : trứng thối không màu, trứng thối màu lục, màu đen, màu hồng và màu đỏ tùy theo loại vi sinh vật tác động đến.
Ngồi ra cịn các dạng hư hỏng khác gây ra do vi khuẩn thường thuộc về mùi vị.Trứng có mùi mốc do một số vi khuẩn như: Pseudomonas mucidolens,
Pseudomona graveolens , Achromobacter perolens, Streptomyces sinh trưởng trên rơm hoặc ổ rơm để gần trứng sản sinh ra mùi mốc hay mùi đất làm cho trứng có thể hấp thụ. Một số chủng của Escherichia coli hình thành mùi cá trên trứng.
* Các dạng hư hỏng gây ra do nấm mốc.
• Trứng mốc là dạng hư hỏng phổ biến gây ra do nấm mốc. Nấm mốc sinh trưởng phát triển sợi nấm chui qua lỗ của vòi trứng, nảy mầm trong trứng rồi xuyên qua màng trứng vào lòng trắng trứng tạo ra những khuẩn lạc đen, tối làm lịng trắng rữa ra; sợi nấm có thể xâm nhập vào lịng đỏ trứng hình thành những khuẩn lạc có nhiều màu sắc khác nhau.
• Nấm có thể hình thành những vết mốc hình đinh ghim, có nhiều màu sắc, các khuẩn lạc nhỏ ở trên vỏ hoặc trong vỏ. Các lồi của Penicillium hình thành những vết vàng hoặc xanh trong vỏ; các lồi Cladosporium hình thành những vết lục tối hay đen và những loài của Sporotrichum hình thành những vết màu hồng .
• Nấm mốc gây trứng mốc gồm có các lồi Penicillium , Cladosporium, Sporotrichum, Mucor, Thamnidium, Botrytis, Alternaria, Asperillus, Sterigmatocytis.
* Trứng chứa vi khuẩn gây bệnh
Trứng có thể nhiễm khuẩn đường ruột như Salmonella pullorum, Salmonella typhimurium, ... từ bên trong bộ phận sinh dục của gia cầm mắc bệnh hoặc mang khuẩn hoặc khi qua ống dẫn trứng để ra ngồi hoặc nhiễm phân có vi khuẩn này
Trứng, nhất là trứng gà còn nhiễm thể phẩy khuẩn tả (Vibrio cholerae) - trực khuẩn lao gà và một số vi khuẩn gây bệnh khác.