Trong những năm qua, công tác quản lý, bảo vệ RNM tại địa phương tuy đã có hiệu quả. Song vẫn tồn tại những khó khăn, thách thức như:
Đồng Rui là một xã đảo, cách xa trung tâm huyện nên còn gặp nhiều khó khăn trong việc trao đổi thông tin, liên lạc, giao thông.
Đời sống của người dân còn gặp nhiều khó khăn đặc biệt là các hộ đồng bào dân tộc thiểu số, trình độ dân trí thấp.
Cộng đồng dân cư chưa tiếp cận được nhiều với các tài liệu, thông tin về RNM.
Nguồn kinh phí cho việc quản lý, bảo vệ RNM gần đây không có. Theo Quy chế hoạt động của ban quản lý rừng cộng đồng 4 thôn thì nguồn quỹ của Ban quản lý rừng cộng đồng bao gồm: hỗ trợ của cấp trên, các khoản vay và từ lãi xuất cho vay vốn; thu từ những người dân hàng ngày trực tiếp tham gia khai thác hải sản dưới tán rừng ngập mặn; thu từ những đối tượng vi phạm; thu từ sự tài trợ của các tập thể cá nhân. Nguồn thu của quỹ khá phong phú nhưng lại phụ thuộc khá nhiều vào bên ngoài. Theo ông Phạm Văn Hải - chủ tịch UBND xã Đồng Rui thì hiện tại nguồn kinh phí cho việc quản lý, bảo vệ RNM không có. Kinh phí trên do tổ chức UNDP khi thực hiện dự án trồng RNM hỗ trợ từ năm 2006. Khi dự án hết thời gian thực hiện, nguồn kinh phí còn 300 triệu. Từ 300 triệu này xã chia về cho các thôn, các thôn tiến hành kinh doanh dịch vụ nông nghiệp (như mua bán phân bón), số tiền kinh doanh thu được sẽ được dùng để duy trì việc quản lý, bảo vệ RNM. Do vậy đòi hỏi cần có một nguồn quỹ ổn định và lâu dài cho việc bảo vệ RNM mà nguồn thu phải bắt nguồn chủ yếu từ chính những người dân nơi đây. Để đạt được việc này thì người dân phải có sinh kế ổn định và nhận thực rõ vai trò và trách nhiệm trong việc bảo vệ RNM.
Hiện tại xã Đồng Rui đã có một bộ phận chuyên trách trong việc quản lý, bảo vệ RNM. Tuy nhiên bộ phận này mới chỉ dừng lại ở vai trò giám sát các hoạt động của chính mình dưới sự hỗ trợ của các tổ chức bên ngoài. Việc này xuất phát từ trình độ dân trí thấp, từ điều kiện kinh tế còn gặp nhiều khó khăn.
Trình độ nhận thức của một số người dân và cán bộ về vai trò tác dụng của RNM đối với môi trường còn thấp. Bên cạnh đó nếu như chính quyền địa phương không nhận thức rõ được ý nghĩa, giá trị, vai trò tầm quan trọng của RNM, không quản lý, tuyên truyền vận động tốt cho người dân thì có thể những cánh rừng sẽ bị tàn phá bất kể lúc nào. Con người có thể vì nhiều mục đích cá nhân khác nhau mà sẽ tiếp tục phá rừng: đắp đầm nuôi tôm, khai thác, chặt phá cây ngập mặn làm củi đun, khai thác thuỷ hải sản thiếu quy hoạch, thiếu trách nhiệm trong quản lý, bảo vệ các diện tích rừng.
3.6. ĐỀ XUẤT CÁC GIẢI PHÁP NÂNG CAO HIỆU QUẢ QUẢN LÝ, BẢO VỆ RNM XÃ ĐỒNG RUI