Ở cấp Trung ương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn là cơ quan trực tiếp quản lý tài nguyên rừng nói chung và RNM nói riêng. Dưới Bộ là Tổng cục Lâm nghiệp.
Ở cấp tỉnh có Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, dưới Sở có Chi cục Phát triển lâm nghiệp và Chi cục Kiểm lâm.
Đối với cấp huyện và xã, các hạt kiểm lâm trực thuộc UBND huyện và UBND xã thực hiện việc quản lý và bảo vệ RNM.
Hệ thống quản lý RNM của Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn được mô tả như sơ đồ dưới đây:
Hình 3.4: Sơ đồ hệ thống quản lý RNM từ Trung ương đến địa phương Bộ NN&PTNT
Tổng cục Lâm nghiệp
Sở NN&PTNT
Chi cục Kiểm lâm
Hạt kiểm lâm
Rừng ngập mặn
UBND huyện/xã UBND tỉnh
Mặc dù đã có những tiến bộ nhất định trong quản lý, bảo vệ, phục hồi HSTRNM song vẫn còn những tồn tại và thách thức.
Theo Nghị định số 109/2003/NĐ – CP, Bộ Tài nguyên và Môi trường quản lý các vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế, quốc gia liên quan đến nhiều ngành và nhiều tỉnh. Diện tích ĐNN còn lại do các Bộ khác (Bộ NN&PTNT; Bộ Thuỷ sản) trực tiếp quản lý. Hiện chưa có Uỷ ban Quốc gia quản lý ĐNN trong khi việc quản lý HSTRNM liên quan tới nhiều Bộ, ngành. Sự phối hợp trong quản lý giữa các Bộ, ngành ở Trung ương và nhất là ở các địa phương trong quy hoạch sử dụng đất và giám sát thực hiện còn thiếu chặt chẽ. Trong các phương án quy hoạch ngành Thuỷ sản còn quan tâm nhiều tới việc phát triển NTTS mà chưa coi trọng đúng mức tới việc bảo vệ HSTRNM. Bên cạnh đó còn thiếu những quy hoạch tổng thể và chi tiết ở cấp tỉnh và huyện dẫn tới việc tàn phá, chuyển đổi mục đích sử dụng RNM một cách tuỳ tiện.
Một khó khăn khác là thiếu chính sách, quy định cụ thể về sử dụng RNM liên quan tới các lĩnh vực thuỷ sản và các ngành kinh tế khác. Hầu hết các văn bản mới tập trung khai thác, sử dụng các giá trị kinh tế của RNM mà chưa coi trọng vai trò phòng hộ của RNM, nhất là bảo vệ HSTRNM và ĐDSH.