Theo Phan Nguyên Hồng (1999) [11] RNM Đồng Rui thuộc khu vực I (ven biển Đông Bắc từ Mũi Ngọc đến mũi Đồ Sơn) có các điều kiện thiên nhiên ưu đãi với hai cửa sông Ba Chẽ và Tiên Yên thuộc các nhánh sông có độ dốc cao, dòng chảy mạnh đưa phù sa lắng đọng. Kết hợp với sự che chắn bởi các đảo thuộc huyện Vân Đồn giúp cho các loài cây ngập mặn định cư và phát triển tốt. RNM Đồng Rui được đánh giá là HSTRNM điển hình khu vực phía Bắc Việt Nam.
Các quần xã thực vật ở đây phân bố ở 4 khu vực chính: khu vực ven các bờ đê và bờ đầm; khu vực trong các đầm nuôi thuỷ sản; khu vực các bãi triều; khu vực các bãi lầy cửa sông Tiên Yên, Ba Chẽ.
a) Quần xã thực vật ở khu vực ven các bờ đê và bờ đầm:
Thành phần loài chính trong các quần xã này chủ yếu là các cây gỗ nhỏ hoặc cây thân bụi như Giá (Excoecaria agallocha), Na biển (Annona glabla), Ngọc nữ biển (Clerodendron inerme), Tra làm chiếu (Hibiscus tiliaceus), Ráng biển (Acrostichum aureum)… Ở những vùng đê cao, nơi hầu như không chịu tác động của thuỷ triều, xen lẫn các loài kể trên có thể thấy các cây họ Dứa dại (Pandanaceae). Kiểu quần xã này có vai trò bảo vệ chống xói mòn đất ven đê và cản gió, bảo vệ cho các khu vực NTTS phía sâu hơn.
Mật độ của các loài thực vật trong kiểu thảm này không tập trung. Các loài mọc rải rác tạo thành các vệt bám theo triền đê, bờ đầm, chiều cao trung bình của nhóm cây gỗ như Giá, Tra làm chiếu từ 2-5m. Nhóm cây bụi như Ráng biển, Ngọc nữ biển, Dứa dại… cao từ 0,5-1,5m.
b) Quần xã thực vật vùng bãi lầy cửa sông Tiên Yên, Ba Chẽ:
Quần xã thực vật ở đây chủ yếu là các loài cây ưa nước lợ, thích nghi với dòng chảy và chịu tác động của thuỷ triều lên xuống. Thành phần loài chủ yếu của các quần xã thực vật khu vực này là Ô rô (Acanthus ilicifolius), các nhóm cây thuộc họ Cói (Cyperaceae), Sậy (Phragmitea karka) và các loài khác thuộc họ Lúa (Poaceae).
Loài thân gỗ có thể tìm thấy trong các quần xã thực vật khu vực này là Bần chua (Sonneratia caseolaris) và các loài cây thuộc họ Đước (Rhizophoraceae).
Do điều kiện địa hình các bãi lầy cửa sông nhỏ hẹp chạy theo bờ sông nên kiểu thảm này cũng là các nhón cây mọc rải rác chạy dài theo bờ sông. Chiều cao trung bình của nhóm cây gỗ với các đại diện là Bần và Đước là từ 2-4m.
c) Khu vực chịu tác động của thuỷ triều lên xuống bao gồm các quần xã rừng trồng và các quần xã rừng tự nhiên:
Các kiểu quần xã trong khu vực này tạo nên một HSTRNM đặc trưng cho khu vực với các chức năng phòng hộ, bảo vệ đới bờ, cố định phù sa từ các cửa sông trong vùng. Bên cạnh đó với đặc điểm sinh thái học của các loài thực vật ngập mặn thực thụ cũng như các loài thực vật tham gia vào RNM là mọc tập trung, hệ rễ chống của các nhóm loài thuộc họ Đước (Rhizophoraceae), cung cấp lượng mùn bã hữu cơ do lượng lá rụng xuống, tạo nên một sinh cảnh sống cũng như nguồn thức ăn cho các loài sinh vật khác đến cư trú cũng như sinh sản góp phần làm tăng thêm giá trị đa dạng sinh học cũng như các giá trị nguồn lợi thủy sinh khác.
- Các quần xã rừng trồng: Chủ yếu là Trang (Kadelia obovata) và Đước
(Rhizophoraceae)
Chiều cao trung bình của các rừng Trang trồng ở đây từ 2-4.5m, tùy theo tuổi rừng và đặc điểm của thể nền. Các quần xã rừng trồng có mật độ khá đều và kích thước cây tương đối đồng đều.
Hình 2.14: Rừng trồng Đước trên địa
Trong kiểu quần xã thực vật này hiện nay đã xuất hiện một số loài cây ngập mặn khác di cư đến, chủ yếu là các là Đâng.
- Các quần xã rừng tự nhiên: bao gồm rừng Vẹt dù, rừng Đâng, Đước vòi, rừng Trang, rừng Mắm biển, rừng Sú. Các quần xã rừng tự nhiên này phân bố cả trong khu vực NTTS và khu vực bãi triều.
Các quần xã Mắm biển (Avicennia marina) thường phân bố ở khu vực phía giáp với biển. Đặc điểm của quần xã này cây phân cành nhiều, mật độ cây không cao, thường biến động theo năm, có xu hướng di cư của các loài cây ngập mặn khác vào.
Các quần xã Sú (Aegiceras corniculatum) thường phân bố ở khu vực đất lầy thụt, và thấp. Cấu trúc không gian kiểu quần xã này không cao, trung bình trên dưới 3m. Xen lẫn với Sú là các cây ngập mặn khác như Ô rô, Đâng, Trang.
Các quần xã Đâng (Rhizophora stylosa) có diện tích lớn, có mặt chủ yếu ở những nơi lầy thụt và có độ mặn tương đối cao.
Các quần xã Vẹt dù (Bruguiera gymnorrhiza) phân bố ở khu vực đất cao, thể nền rắn, ít lầy thụt chịu tác động của thủy triều cao và trung bình. Thành phần loài của kiểu quần xã này chủ yếu là Vẹt dù, tuy nhiên có mức độ đa dạng hơn so với các kiểu quẩn xã khác. Phía trong của quần xã, nơi giáp với bờ đầm thấy xuất hiện nhiều loài tham gia RNM hoặc những loài ngập mặn thích nghi với nơi có thể nền rắn, chỉ chịu tác động của triều cao như Tra làm chiếu (Hibiscus tiliaceus), cóc vàng (Lumnitzera racemosa), Xu ổi (Xylocarpus grannatum), Côi (Scyphiphora hydrophyllacea). Những loài thực vật dạng thân leo cũng được tìm thấy ở khu vực nhày như Cốc kèn (Derris trifoliata). Cũng trong quần xã thực vật này, ở những khu vực xa bờ hơn, xen lẫn các các loài cây ngập mặn khác như Đâng, Trang, Mắm biển, Sú...
Hình 2.16: Quần xã Trang và Sú sát ven sông
Hình 2.17: Quần xã Đước phía Đông Bắc xã Đồng Rui
d) Quần xã thực vật ở khu vực các đầm nuôi thuỷ sản:
Do việc đắp và giữ nước ngập thường xuyên trong các khu vực NTTS khiến kiểu quần xã này suy giảm nghiêm trọng về mức độ đa dạng loài. Những loài không thích hợp với điều kiện ngập nước liên tục như Trang (Kandelia obovata), Vẹt dù (Bruguiera gymnorrhiza)… bị biến mất hoặc giảm đáng kể về số lượng. Trong các quần xã thực vật ở khu NTTS thì Đâng là loài chiếm ưu thế tuyệt đối. Bần chua (Sonneratia caseolaris), với hệ thống rễ phát triển mạnh cũng giúp cho loài này tồn tại ở đây tuy nhiên nó chỉ sinh trưởng và phát triển tốt trong điều kiện độ mặn của nước thấp (0,5-1,5%). Kiểu quần xã này có xu hướng phát triển mạnh về chiều cao. Mặc dù các loài cây sống trong khu vực các đầm nuôi thuỷ sản vẫn sinh trưởng và phát triển nhưng khả năng tái sinh tự nhiên là rất yếu, nhất là ở những đầm có độ ngập cao, hầu như không có cây con tái sinh.