a) Tài nguyên đất
Đất đai của xã Đồng Rui chủ yếu là đất mặn, đất mặn được chia thành 5 loại: mặn sú vẹt, mặn chua, đất mặn do ảnh hưởng của mạch nước ngầm, đất ít mặn, đất mặn và chua mặn. Do tác động của con người cùng sự xâm nhập của nước biển là nguyên nhân hình thành nên nhiều loại khác nhau.
Đất phù sa phân bố thành những dải hẹp dọc theo các triền sông Tiên Yên, sông Ba Chẽ. Đây là loại đất được hình thành do sản phẩm của sông biển bồi tụ, bị nước biển xâm nhập nên bị mặn đồng thời trong đất có nhiều xác Sú, Vẹt thối mục
thải ra các khí độc như CHR3R, HR2RS, axít hữu cơ làm cho đất bị nhiễm độc và chua.
b) Tài nguyên nước
- Tài nguyên nước mặt: Tài nguyên nước mặt (sông, suối, hồ) của Tiên Yên nói chung và Đồng Rui nói riêng khá phong phú và chia thành 2 mùa: Mùa mưa: từ tháng 5 đến tháng 9 có lượng nước chiếm 75-80% lượng nước cả năm. Mùa khô: từ tháng 10 đến tháng 4 năm sau lượng nước chiếm 20 - 25%. Trữ lượng nước mặt của Tiên Yên chủ yếu từ 2 con sông lớn đó là sông Tiên Yên và sông Phố Cũ. Do địa hình núi cao, bị chia cắt mạnh nên các sông, suối ở Tiên Yên đều nhỏ, ngắn và dốc. Do vậy, để khai thác tiềm năng tài nguyên nước mặt cần cải tạo và xây dựng các hồ, đập chứa nước.
- Tài nguyên nước ngầm: Có trữ lượng tương đối lớn, nếu được đầu tư khai thác tốt sẽ đảm bảo được cho sinh hoạt, sản xuất và đời sống nhân dân, đặc biệt là sản xuất công nghiệp và dịch vụ. Ở xã Đồng Rui, nước ngầm đang được nhân dân sử dụng cho mục đích sinh hoạt, nhưng về mùa khô thì nhiều giếng trong xã bị nhiễm mặn, đây cũng là vấn đề cần quan tâm bảo vệ, trồng cây để bảo vệ nguồn nước cho sinh hoạt và sản xuất của dân trong vùng.
- Tài nguyên nước mặn: Tiên Yên có bờ biển dài 35 km được phân bố dọc theo 5 xã, là vụng kín được án ngữ, che chắn bởi hệ thống đảo Cái Bầu, Vạn Vược, Vạn Mạc, Núi Cuống. Vùng nước ven bờ vịnh Bái Tử Long là nguồn cung cấp nước cho các khu vực đầm nuôi của huyện Tiên Yên. Đây là một kho vô tận về tài nguyên nước biển. Các khu vực đầm nuôi có thể lấy trực tiếp nước từ phía vịnh mà không cần phải thông qua bất cứ một hình thức dẫn nước nào.
c) Tài nguyên sinh học
RNM xã Đồng Rui trước đây với tổng diện tích khoảng 3.000ha, được coi là HSTRNM điển hình của khu vực phía bắc Việt Nam. RNM tại địa phương trước đây có chất lượng rừng tốt, phong phú về loài cây, là nơi cư trú của các loài động vật, đã đem lại thu nhập tốt cho người dân địa phương. Tuy nhiên do quá trình chặt phá phá rừng bừa bãi, xây các đầm nuôi tôm không hợp lý ... đã làm cho RNM nơi đây bị suy giảm cả về số lượng lẫn chất lượng.
Sinh vật vùng của sông Ba Chẽ, Tiên Yên nói chung và Đồng Rui nói riêng rất đa dạng và có giá trị lớn về nguồn lợi khai thác và sinh thái. Theo kết quả điều tra
về ĐDSH vùng ĐNN cửa sông Tiên Yên, Ba Chẽ của Hoàng Văn Thắng và cộng sự (2006) đã ghi nhận được 260 loài động vật đáy, 188 loài thực vật nổi, 49 loài động vật nổi, 33 loài rong biển, 4 loài cỏ biển, 15 loài thực vật ngập mặn, 75 loài chim, 195 loài cá....