10 A/Duck/VNBN/06/12 Vịt Bắc Ninh 24/02/
3.1.2. ðặc tính di truyền (gene H5) của các chủng virút phân lập
Chúng tơi đã giải trình tự các chủng vi rút cúm A phân lập từ thực ñịa, sử dụng vi rút nhân lên lần ñầu ñể chuẩn bị cDNA, giải trình tự vùng gene mã hóa cho Haemagglutilin. ðể đánh giá quan hệ phát sinh loài (chủng vi rút), chúng tơi xây dựng cây phả hệ như trình bày ở hình 3.1.
Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 41
Hình 3.1: Phả hệ vi rút cúm gia cầm clade 2.3.2.1
Ghi chú : Cây phả hệ phát sinh lồi được xây dựng với sự hỗ trợ của phần mềm multiple sequence alignment Clustal Omega, quan hệ phát sinh lồi được
tính tốn theo phương pháp neiborjoining với ñộ tin cậy qua 1000 lần lập lại
(boostrap). Trình tự nucleotid đã sử dụng bao gồm: Trình tự gene H5 mã hóa
gene H5, với sử dụng 1080 bp mã hóa cho gene H vùng aa 35-374; trình tự của 22 chủng trong đó có 10 chủng ñược sử dụng trong nghiên cứ này do Viện Thú Y cung cấp, một trình tự Acc No DQ797891 là từ geme bank.
Nhận xét:
Theo dõi sự phát sinh lồi vi rút cúm gia cầm đối với các ổ dịch xảy ra tại thực ñịa, kết quả ở hình 3.1 cho thấy :
(1) Cho đến thời điểm hiện tại, đã có ít nhất 3 clade vi rút gây dịch cúm gia cầm chủ yếu tại Việt Nam từ 2003: Clade 1; clade 2.3.4 và clade 2.3.2. Trong đó, clade 2.3.2 sau này diễn biến khá phúc tạp và ñược chia nhỏ thành các nhánh clade 2.3.2.1A; 2.3.2.1B và 2.3.2.1C.
(2) Tại cây phả hệ ở hình 3.1, vi rút cúm gia cầm clade 1 xuất hiện năm 2003; clade 2.3.4 xuất hiện từ 2007 tiếp tục tồn tại ñến 2009; clade 2.3.2.1A xuất hiện từ năm 2009 và lưu hành ñến thời ñiểm ghi nhận tháng 3 năm 2010 ; clade
Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 42 2.3.2.1B xuất hiện tháng 2/2010 lưu hành phổ biến trong năm 2011 và năm 2012, ñến tháng 7/2012 clade 2.3.2.1C xuất hiện. Tuy nhiên, đơi khi vẫn phát hiện sự tồn tại của clade 2.3.2.1B vào năm 2013 (số liệu của Viện Thú Y, chủng này phát hiện gần đây nên khơng nằm trong đối tượng được phân tích tại nghiên cứu này).
(3) Sự xuất hiện của một clade mới dường như thay thế cho clade trước ñây tại một vùng ñịa lý xác ñịnh. Tuy nhiên trong phạm vi cả nước, cho ñến nay theo số liệu của Cục Thú Y, clade 1 vẫn tồn tại ở một số tỉnh phía Nam, clade 2.3.4 dường như chưa có thơng báo cịn lưu hành, clade 2.3.2.1B phổ biến nhất tại thời ñiểm chúng tôi nghiên cứu và vẫn rải rác xuất hiện; hiện tại clade 2.3.2.1C là phổ biến.
(4) Cả 10 chủng vi rút chúng tơi lựa chọn để nghiên cứu ñều thuộc về clade 2.3.2.1B. Theo quy tắc gọi tên vi rút cúm A, các chủng có trình tự nucleotid khác nhau trên 1,5% mức tương ñồng nucleotide ñược xem là thuộc về clade mớị Những chủng vi rút chúng tôi nghiên cứu có độ tương đồng nucleotide trên 98% và được phân loại vào cùng clade 2.3.2.1B.