Bộ máy quản lý dự án có thể hình thành theo nhiều cách khác nhau. Nhưng trong thực tế sự tham gia vào công tác quản lý dự án đầu tư xây dựng
cơ bản ở tỉnh Xê Kông bao gồm các cơ quan, các ban ngành chức năng chủ yếu sau đây:
+ UBND các huyện, để tổ chức thực hiện đầu tư xây dựng cơ bản các
dự án thuộc phạm vi của huyện quản lý. Nhưng các bộ máy ở đây chưa đầy đủ năng lực để hồn thành nhiệm vụ bởi vì ở cấp huyện có cán bộ rất ít. Nhất
là cán bộ về xây dựng thì chưa có, nếu có chỉ là có trình độ trung cấp. Vậy nếu thành lập bộ máy quản lý dự án thường kiểm nhiệm không đúng theo chuyên mơn.
+ Sở kế hoạch và đầu tư có trách nhiệm thẩm định và phê duyệt, các dự án, bố trí vốn đầu tư xây dựng cơ bản từ NSNN (kể cả cấp Trung ương và địa phương) cho các cơng trình. Nhưng đơi khi lại có dự án đã được Sở kế hoạch - đầu tư thẩm định xong và trình lên UBND cấp Tỉnh phê duyệt nhưng không thuyết minh được hiệu quả kinh tế và thị trường đầu vào, đầu ra.
+ Sở giao thông vận tải (Phòng xây dựng) nghiên cứu về các cơ chế chính sách xây dựng, làm các nhiệm vụ lập dự án, thiết kế và dự tốn cơng trình, thẩm định thiết kế tổng dự tốn và trình lên cấp có thẩm quyền phê
duyệt.
Trên thực tế ở khâu này chưa thật sự chuẩn mực nên cịn có một số dự tốn cơng trình xây dựng dưới mức được duyệt.
+ Các Sở chủ quản bao gồm các cơ quan có liên quan như nơng - lâm nghiệp, thương mại… tham gia làm thành viên của hội đồng thẩm định các dự án chuyên ngành hoặc các dự án đầu tư xây dựng cơ bản thuộc ngành quản lý. + Sở tài chính là cơ quan cấp phát và quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản từ NSNN ở địa phương, thống nhất khoản vốn vay, vốn viện trợ của tỉnh
để dành cho đầu tư phát triển.
+ Kho bạc Nhà nước tham gia vào công việc thẩm định cấp phát và quản lý tất cả các dự án đầu tư thuộc vốn ngân sách Nhà nước hoặc là nguồn vốn được coi như là NSNN, đó là khoản đóng góp, viện trợ khơng hồn lại vốn…
Các chủ dự án phần lớn là pháp nhân trong bộ máy quản lý Nhà nước và một số đơn vị sản xuất kinh doanh hoặc là đơn vị sự nghiệp mới được
thành lập.
Về bộ máy và cán bộ quản lý đầu tư xây dựng cơ bản từ nguồn vốn NSNN của các ngành, các ban chức năng phần lớn đã được đào tạo cơ bản, có những người do nhiều năm làm việc này, dày dặn kinh nghiệm và được đào tạo một cách có hệ thống, cho nên nhìn chung về việc quản lý quá trình đầu tư xây dựng cơ bản từ khâu lập thẩm định dự án cho đến nghiệm thu bàn giao
cơng trình đưa vào sử dụng đều thực hiện tốt.
Nhưng điều cần lưu ý là về sự phân công trách nhiệm quản lý giữa các các Sở, ban, ngành chưa được đồng bộ, chặt chẽ. Sự phân công trách nhiệm giữa các cơ quan đầu tư - tài chính - kho bạc Nhà nước trong việc thẩm định các dự án có tính hình thức dẫn đến việc quản lý các dự án không hiệu quả.