Để đảm bảo cơ chế truyền dẫn CSTT nói chung và qua lãi suất nói riêng được thơng suốt, hồn thiện các cơng cụ CSTT là rất quan trọng, vì đây chính là khâu đầu vào của cơ chế truyền dẫn. Trong xu thế hội nhập tự do hóa tài chính ngày càng địi hỏi điều hành CSTT hiệu quả hơn thông qua việc chuyển từ điều hành bằng các biện pháp trực tiếp sang cơ chế tự điều chỉnh của thị trường nhằm tạo một sân chơi bình đẳng thu hút các nhà đầu tư nước ngoài đầu tư vốn vào Việt Nam góp phần thúc đẩy tăng trưởng kinh tế.
Ở Việt Nam hiện naycó 5 loại lãi suấtmà NHNN có thể dùng để điều tiết thị trường là LSCB, lãi suất LNH, lãi suất tái cấp vốn, LSTCK và lãi suất đấu thầu trên TTM. Với một hệ thống lãi suất phức tạp như vậy sẽ làm các thành phần kinh tế không hiểu được diễn biến của thị trường nhằm hoạch định kế hoạch, phương án sản xuất kinh doanh, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ và các thành phần kinh tế nông lâm ngư nghiệp. Vì vậy, NHNN cần xác định rõ lãi suất chủ đạo định hướng thị trường và đây cũng phải được xem là mục tiêu hoạt động trong chuỗi mục tiêu của NHNN, có thể điều hành theo cơ chế lấy LSTCK làm sàn, LSCV qua đêm và lãi suất tái cấp vốn làm lãi suất trần trên thị trường LNH nhằm tác động đến việc huy động vốn và cho vay của các NHTM trên thị trường, có như vậy mới cải thiện được hiệu quả truyền dẫn của lãi suất điều hành vào các biến số vĩ mô của nền kinh tế.
Lãi suất do NHNN điều hành trong thời gian trước đây phần lớn chỉ mang tính chất chạy theo thị trường chứ chưa thực sự dẫn dắt thị trường. Với những bất ổn trong giai đoạn đầu gia nhập WTO nên điều hành lãi suất còn chưa tính tốn hết các tác động từ nền kinh tế tồn cầu nên việc áp dụng cơ chế kiểm sốt lãi suất trực tiếp bằng cách áp trần LSHĐ là cần thiết nhằm ổn định kinh tế vĩ mô, kiềm chế lạm phát. NHNN phải tiến tới một cơ chế điều hành dự đốn chính xác nhất những rủi ro lãi suất để có biện pháp ngăn chặn trước một bước sẽ làm thị trường khơng bị sốc vì đã chuẩn bị sẵn tâm lý để đối phó. Khi nền kinh tế đã phục hồi lý tưởng là lạm phát thấp và lãi suất cũng ở mức thấp, cần từ từ gỡ bỏ các rào cản và chuyển sang cơ chế điều hành gián tiếp. Tự do hóa lãi suất trên cơ sở cung cầu vốn của thị trường đảm bảo sự vận hành của nền kinh tế một cách hợp lý và hiệu quả. Tuy nhiên, cần thí điểm triển khai cơ chế lãi suất thỏa thuận trên quy mô nhỏ với các mức kỳ hạn giảm dần để đúc kết kinh nghiệm tiến tới nhân rộng cho quy mơ tồn quốc, tránh gây ra cú sốc cho nền kinh tế.
Từng bước phát triển hệ thống tài chính quốc gia, nâng cao vai trò của thị trường chứng khoán trong nền kinh tế, đưa thị trường chứng khoán trở thành kênh huy động vốn dài hạn chủ lực cho các doanh nghiệp trong nền kinh tế.Hoạt động ngân hàng
phải trở về đúng vị trí của mình là nơi cung cấp nguồn vốn ngắn hạn. Chúng ta thực hiện chưa tốt điều này, khi đã hơn 13 năm ra đời thị trường chứng khoán vẫn chưa là một kênh huy động vốn dài hạn hiệu quả cho doanh nghiệp, dù năm 2013 Việt Nam đã có tên trong danh sách 80 nước có thị trường chứng khốn minh bạch nhất toàn cầu theo tiêu chuẩn của Tổ chức Quốc tế các Ủy ban chứng khoán (IOSCO).
Theo kết quả nghiên cứu từ mơ hình SVAR, lãi suất thị trường được hình thành dựa trên lạm phát ở Việt Nam, tuy nhiên lạm phát lại chịu tác động lớn giá cả hàng hóa thế giới, nếu muốn giảm lãi suất một cách triệt để nhất Việt Nam cần tập trung phát triển ngành công nghiệp trong nước, giảm bớt việc phát triển sản xuất phụ thuộc vào ngành hàng nhập khẩu quá mức như hiện nay. Ngoài ra, NHNN cần tiếp tục hoàn thiện khung pháp lý cần thiết cho thị trường tiền tệ, thị trường LNH. Trong phạm vi chức năng của mình, NHNN rà sốt lại những văn bản quy phạm pháp luật đã ban hành, thực hiện sửa đổi, bổ sung và ban hành những văn bản mới cần thiết liên quan.
Công cụ cho vay tái chiết khấu, cho vay tái cấp vốn
NHNN cần sử dụng một cách linh hoạt và thận trọng các công cụ tái chiết khấu, tái cấp vốn, là một giao dịch thoái vốn trước hạn của nghiệp vụ TTM phục vụ có nhu cầu thanh khoản tạm thời của các ngân hàng. Vì vậy NHNN nên sử dụng công cụ này thường xuyên để đảm bảo nguồn vốn khả dụng cho các NHTM.Tập trung khắc phục những hạn chế về cơng nghệ, thủ tục, quy trình tác nghiệp nhằm giảm thời gian thực hiện nghiệp vụ. Đối với công cụ tái cấp vốn, NHNN nên hạn chế việc sử dụng với các NHTM, đặc biệt cần chấm dứt tình trạng cho vay theo chỉ định của Chính Phủ vì những khoản cho vay này không phải xuất phát từ nhu cầu vốn khả dụng của các NHTM và có thể ảnh hưởng tiêu cực đến việc điều hành CSTT. Cần thực hiện cho vay tái cấp vốn với khối lượng, lãi suất và thời hạn hợp lý đối với các TCTD để hỗ trợ thanh khoản, cho vay hỗ trợ nhà ở, hỗ trợ việc giải quyết nợ xấu và hỗ trợ phát triển kinh tế theo các lĩnh vực ưu tiên của Chính phủ.