Mặc dù Luật DN thông thoáng và được thực hiện một cách tích cực ở nhiều địa phương, nhưng ở một số nơi việc thực thi luật vẫn bị cản trở với những thủ tục phiền hà.
Một số địa phương đã có những yêu cầu vượt luật như: đối với ngành nghề không đòi hỏi quy định nhưng vẫn bắt phải chứng minh
vốn khi đăng ký kinh doanh; hay phải chứng minh quyền sử dụng hợp pháp đối với trụ sở của DN. Các loại chi phí „phụ‟ phát sinh khi đăng ký kinh doanh. Khắc dấu là một trong những khâu DN mất khá nhiều thời gian và có nhiều DN đã phải thêm chi phí cho cơ sở khắc dấu để được lấy dấu sớm hơn quy định. Đăng ký mã số thuế là thủ tục tiếp theo mà DN phải làm, nhưng nhiều khi thời gian tiến hành đăng ký mã số thuế của DN bị kéo dài đến cả tháng mới nhận được, trong khi quy định là 8 ngày làm việc, chỉ vì những lý do như : người có thẩm quyền ký đi công tác vắng, đường truyền mạng thông tin bị lỗi, người giữ hồ sơ đi vắng, v.v. Để hoàn thành các thủ tục từ đăng ký kinh doanh, bố cáo thành lập DN, xin cấp mã số thuế, hóa đơn thuế, xin cấp mã số hải quan, xin con dấu,...đến khi mở xong tài khoản ngân hàng, trung bình 1 DN ở Hà Nội mất 63 ngày và chi hết 170 USD cho các loại phí.[42] Kết quả một cuộc khảo sát được Ban Nghiên cứu của Thủ tướng và Vision&Associates thực hiện với 175 DN và nhiều đối tượng khác nhau tại 7 tỉnh gồm An Giang, Đắc Lắc, Hà Nam, Hà Tây, Hưng Yên, Lào Cai và Quảng Nam cho thấy, khoảng 75% DN cho rằng họ phải đi lại nhiều lần và thủ tục phiền hà. Chỉ có 4% cho rằng họ không gặp phải khó khăn nào trong đăng ký kinh doanh. Về chi phí đăng ký kinh doanh, 45% DN được khảo sát cho rằng họ phải có thêm chi phí ngoài lệ phí chính thức cho việc cấp đăng ký
kinh doanh.[30] Tất cả những thực tế nêu trên không chỉ làm việc đăng ký
kinh doanh trở nên khó khăn hơn, thời gian đăng ký kéo dài, nhà ĐT bỏ ra nhiều chi phí hơn, mà quan trọng hơn cả, nó đã làm nản lòng không ít nhà ĐT và làm giảm chất lượng môi trường kinh doanh ở Việt Nam.