Một nguyên tắc cơ bản của kiểm toán là phải bày tỏ ý kiến độc lập về BCTC,
về hoạt động và sự tuân thủ pháp luật, quy chế, quy định của các đơn vị đƣợc kiểm
tốn. Tính độc lập của cơ quan KTNN và KTV là tiền đề cơ bản bảo đảm cho hoạt
động kiểm toán khách quan, trung thực; là điều kiện tiên quyết bảo đảm cho hoạt
động kiểm tốn có hiệu lực, hiệu quả. Kết quả kiểm tốn có thể bị sai lệch nếu kiểm
tốn mất tính độc lập trong hoạt động, nhất là kiểm toán đối tƣợng cơ quan quản lý
nhà nƣớc, cơ quan hành chính, nơi dễ bị ảnh hƣởng bởi những quyết định chính trị.
Tính độc lập là yếu tố quan trọng hàng đầu, tác động trực tiếp đến chất lƣợng
kiểm tốn, bởi vì trong hoạt động kiểm toán mọi ý kiến nhận xét, đánh giá, kết luận
cũng nhƣ kiến nghị của KTV đều phải dựa trên những bằng chứng kiểm toán và quy
định của pháp luật. Tuyên bố Lima của INTOSAI về các nguyên tắc kiểm toán đã
nhấn mạnh: các Cơ quan Kiểm toán tối cao chỉ có thể hồn thành nhiệm vụ một
cách khách quan và hiệu quả khi độc lập với đơn vị đƣợc kiểm toán và đƣợc bảo vệ
trƣớc các ảnh hƣởng từ bên ngồi.Để bảo đảm tính độc lập cho hoạt động kiểm tốn thì cơ quan KTNN phải đƣợc độc lập về các vấn đề cơ bản, nhƣ: địa vị pháp lý, ngân sách hoạt động và
nhân sự.Địa vị pháp lý chức, chức của một đơn vị là những quy định về cơ cấu tổ năng, nhiệm vụ, quyền hạn và phạm vi hoạt động…trong các văn bản quy phạm
pháp luật. Nghĩa là địa vị pháp lý của một cơ quan, đơn vị ln phụ thuộc vào hình
thức văn bản pháp luật. Mặc dù các cơ quan nhà nƣớc không thể hoàn toàn độc lập
bởi chúng là một bộ phận trong tổ chức của nhà nƣớc, nhƣng KTNN cần có sự độc
lập cả về chức năng và tổ chức để hoàn thành nhiệm vụ đƣợc giao; và KTNN có
quyền tự xác định cơ cấu tổ chức bộ máy và các quy trình hoạt động mà khơng bị sự
can thiệp từ bên ngồi.
Để bảo đảm tính độc lập cho hoạt động kiểm tra tài chính nhà nƣớc, cần phải
quy định rõ tính độc lập của cơ quan Kiểm tốn tối cao trong đạo luật cao nhất của
mỗi quốc gia (Hiến pháp) và cụ thể hoá về tổ chức và hoạt động của cơ quan KTNN
bằng Luật KTNN. Tại hầu hết các nƣớc trên thế giới, tính độc lập của hoạt động
KTNN và cơ quan KTNN đều đƣợc quy định cụ thể trong Luật KTNN hoặc đƣợc
xác định trong Hiến pháp. Chẳng hạn, ở Cộng hoà Liên bang Đức, tại Khoản 2,
Điều 114 của Hiến pháp ghi rõ: “Kiểm toán Nhà nước liên bang, mà các uỷ
viên độc
lập như thẩm phán, kiểm tra hoạt động kế tốn cũng như tính kinh tế và tính tuân thủ của việc quản lý ngân sách và kinh tế”. Hiến pháp nƣớc Cộng hoà Séc,
tại Điều
97 đã ghi: “Cục kiểm toán tối cao là một cơ quan độc lập, Cục có nhiệm vụ
kiểm
tốn điều hành kinh tế với tài sản nhà nước và chấp hành NSNN”.
Độc lập về ngân sách hoạt động là điều kiện cơ bản bảo đảm tính tự
chủ cho
KTNN trong thực thi nhiệm vụ. KTNN cần phải đƣợc cung cấp đầy đủ ngân sách để
có thể hồn thành nhiệm vụ. Nếu bị hạn chế về mặt tài chính, cơ quan KTNN sẽ khó
khăn trong hoạt động, phạm vi kiểm tốn có thể bị thu hẹp, một
phƣơng pháp kiểm tốn có thể bị bỏ qua vì vấn đề kinh phí. Đặc biệt, nếu ngân sách
hoạt động bị phụ thuộc vào đơn vị đƣợc kiểm tốn thì sẽ tạo ra sự ràng buộc, tác
động tiêu cực đến kết quả kiểm tốn, tính khách quan và chất lƣợng kiểm tốn.
Trên thế giới, hầu hết các nƣớc đều quy định việc cấp phát ngân sách cho cơ
quan KTNN đƣợc thể chế hoá trong Luật KTNN, nhƣ KTNN Vƣơng quốc Anh “do
Uỷ ban Kiểm tốn riêng biệt trước khi ngân sách này được trình lên Hạ nghị viện”. Về nhân sự: Sự độc lập của KTNN gắn liền với sự độc lập của
ngƣời đứng
đầu và KTV. Cơ chế bổ nhiệm lãnh đạo cơ quan KTNN, nhất là ngƣời đứng đầu
(Tổng KTNN, Chủ tịch) có tác động rất lớn đến các quyết định của họ, đặc biệt là
về kế hoạch kiểm toán, nội dung của báo cáo kết quả kiểm tốn, nội dung cơng khai
trên các phƣơng tiện thơng tin đại chúng. Do đó, cần phải có quy định pháp luật rõ
ràng, cụ thể về cơ chế bổ nhiệm, miễn nhiệm Tổng KTNN; cơ chế đó phải bảo đảm
cho Tổng KTNN khơng bị những ràng buộc có thể tác động đến tính khách quan
của những quyết định đƣa ra. Tại nhiều nƣớc, để tránh khả năng cơ quan lập pháp
(nếu KTNN trực thuộc Quốc hội) hoặc hành pháp (nếu KTNN trực thuộc Chính
phủ) có quyền miễn nhiệm ngƣời đứng đầu cơ quan KTNN, đã quy định cụ thể về
thẩm quyền, quy trình bổ nhiệm, miễn nhiệm ngƣời đứng đầu cơ quan KTNN trong
Hiến pháp hoặc Luật KTNN (Tổng KTNN đƣợc quyền miễn trừ, bất khả xâm
phạm, khơng tham gia đảng phái chính trị).
Đối với KTV, những ngƣời trực tiếp thực hiện kiểm toán, cũng cần phải quy
định rõ cơ chế tuyển dụng, sa thải để tránh bị sa thải vì những lý do khơng khách
quan, bảo đảm cho KTV độc lập trong hoạt động. KTV khi tác nghiệp không chịu
sự tác động và không phụ thuộc vào đơn vị đƣợc kiểm tốn; khơng có xung đột lợi
ích hoặc những yếu tố khác làm ảnh hƣởng đến tính độc lập của KTV, nhất là các
nguy cơ: do tƣ lợi, tự kiểm tra, sự bào chữa, sự quen thuộc, bị đe doạ.