Nguyên tắc đối xử quốc gia được hiểu là quốc gia thành viên phải bảo hộ tác phẩm có nguồn gốc từ quốc gia thành viên khác như bảo hộ các tác phẩm của công dân nước mình.
Về nguyên tắc đối xử quốc gia, khoản 1 Điều 3 Hiệp định TRIPs quy định: “Mỗi thành viên phải chấp nhận cho các công dân của các thành viên khác sự đối xử không kém thiện chí hơn so với sự đối xử của Thành viên đó đối với công dân của mình trong việc bảo hộ sở hữu trí tuệ”.
Khoản 3 điều 5 Hiệp ước WCT cũng quy định: “Việc bảo hộ ở quốc gia gốc do luật pháp quốc gia đó quy định. Nếu tác giả không phải
là công dân của quốc gia gốc, nhưng tác phẩm được Công ước bảo hộ, thì tác giả đó được hưởng các quyền giống như tác giả ở quốc gia đó”.
So với công ước Berne, Hiệp định TRIPs quy định thêm chế độ đãi ngộ tối huệ quốc trong bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ trong đó có quyền tác giả và phần mềm máy tính. Điều 4 Hiệp định này quy định: “Đối với việc bảo hộ sở hữu trí tuệ, bất kỳ một sự ưu tiên, chiếu cố, đặc quyền hoặc sự miễn trừ nào được một Thành viên dành cho công dân của bất kỳ nước nào khác cũng phải được lập tức và vô điều kiện dành cho công dân của tất cả các Thành viên khác”. Điều này nghĩa là nếu Việt Nam dành cho tác giả của phần mềm máy tính là công dân của bất kỳ nước nào bất kỳ một đặc quyền hay sự miễn trừ nào thì cũng phải dành đặc quyền hay sự miễn trừ đó cho tác giả phần mềm máy tính là công dân của tất cả các nước khác là thành viên của Hiệp định TRIPs.
Như vậy, căn cứ vào các quy định trên có thể thấy, phần mềm máy tính của tác giả là công dân của các nước thành viên sẽ được bảo hộ tương đương với phần mềm máy tính của tác giả là công dân của các nước thành viên còn lại mà không có một sự ràng buộc, hạn chế hay phân biệt đối xử nào.