Rất nhiều loại kháng nguyên tham gia vào quá trình gây đáp ứng miễn dịch, các loại đó được phân thành hai loại chính.
1. Kháng ngun gây đáp ứng miễn dịch dịch thể(Ig)
Là kháng nguyên khi đưa vào cơthểsẽkích thích cơ thểsản sinh ra kháng thểdịch thể đặc hiệu (chủ yếu là IgG) để kết hợp với kháng nguyên đó. Đáp ứng miễn dịch dịch thểdo các lympho bào B phụtrách.
Tùy theo đặc điểm, tính chất, nguồn gốc kháng nguyên mà người ta phân chia ra:
Kháng nguyên là sinh vật hay một phần sinh vật: vi khuẩn, virus, nấm, ký sinh trùng, nha bào, axit nucleic, chiên mao, capsomer...
Kháng nguyên là sản phẩm của sinh vật: độc tốcủa bệnh uốn ván, bạch hầu, E.coli, PHA (Phylo Haema Agglutination - chất gây ngưng kết thực vật).
Kháng nguyên là các chất lạ khác: đó là các protein, polysaccharide, các tế bào lạ (hồng cầu, tinh trùng...).
Kháng nguyên tổng hợp: các polypeptide nhân tạo nhưinsulin, globulin...
2. Kháng nguyên gây đáp ứng miễn dịch tếbào
Hiện nay có rất nhiều loại kháng nguyên gây đáp ứng miễn dịch tếbào. Loại kháng nguyên này kích thích cơ thể sản sinh ra lớp lympho bào T mẫn cảm, lớp tế bào này kết hợp đặc hiệu với kháng ngun đó đã kích thích sinh ra nó.
Nhóm kháng nguyên HLA (Human Leucocyte Antigen): kháng nguyên tổ chức, đóng vai trị chính trong phản ứng đồng loại, nên còn gọi là kháng nguyên ghép. Chúng nằm trên bềmặt tếbào có nhân, mang tính chất di truyền rõ rệt (kháng nguyên nhóm máu).
Kháng nguyên ung thư: loại kháng nguyên này có thể là virus, tế bào ung thư hoặc các chất hóa học gây ung thư.
Kháng nguyên là sinh vật hoặc sản phẩm của chúng: loại này thường được cơ thể đáp ứng bằng các phản ứng chậm (phản ứng dị ứng, bệnh huyết thanh) nhưTuberculin của vi khuẩn lao, Brucellin của vi khuẩn gây bệnh xảythai truyền nhiễm, virus đậu...