Thuốc BVTV xâm nhập, dịch chuyển và tồn tại trên các bộ phận của cây, tác động đến sinh trưởng và phát triển của cây. Những tác động tốt của thuốc đến cây:
Rút ngắn thời gian sinh trưởng, làm cây ra hoa sớm, làm quả chín sớm. Tăng chất lượng nông sản.
Làm tăng năng suất và các chỉ tiêu cấu thành năng suất.
Làm tăng sức chống chịu của cây với những điều kiện bất lợi: như chống rét, chống hạn, chống lốp đổ, tăng khả năng hút chất dinh dưỡng và tăng khả năng chống sâu bệnh.
Ngược lại, khi sử dụng không đúng thuốc BVTV, có thể gây hại cho cây trồng: Giảm tỷ lệ nảy mầm, sức nảy mầm, rễ không phát triển, màu sắc lá biến đổi, cây chết.
Lá bị cháy, thủng, biến dạng, hoa quả bị rụng, quả nhỏ, chín muộn.
Phun thuốc vào thời kỳ cây ra hoa dễ ảnh hưởng đến khả năng đậu quả của cây trồng. Những hiện tượng này thể hiện nhanh chậm tuỳ vào loại thuốc, dạng thuốc, liều lượng và nồng độ thuốc cũng như thời điểm và phương pháp sử dụng thuốc. Thậm chí trong một số trường hợp, tác hại của thuốc còn gây hại cho cây trồng vụ sau.
Chỉ số hoá trị liệu (Chimiotherapeutic index) được dùng để đánh giá độ an toàn của thuốc BVTV trên đồng ruộng và được tính theo cơng thức:
C Trong đó: k : Chỉ số hố trị liệu
Một loại thuốc càng an toàn với cây khi trị số k càng nhỏ. Khi t = C, loại thuốc đó rất nguy hiểm, dễ gây hại hay làm chết cây. Những thuốc này thường chỉ làm bả độc hay xử lý ở những khu đất không trồng trọt.