Trong khoa học kinh tế và khoa học pháp lý hiện nay, khơng có một quan điểm chính thống nào về nội dung quản lý thuế nói chung và quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nói riêng. Do đó, về lý thuyết có thể tham chiếu quan điểm của nhà làm luật được thể hiện tại Điều 4 Luật Quản lý thuế năm 2019, theo đó nội dung quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu bao gồm:
(i) Hoạt động đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế, ấn định thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Đây là một trong những thủ tục ban đầu để giúp Nhà nước nắm được đầy đủ thông tin về người nộp thuế và các hoạt động làm phát sinh nghĩa vụ thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thơng qua đó góp phần quản lý thuế hiệu quả. (ii) Hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Đây là một nội dung của công tác quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhằm đảm bảo việc thu thuế hợp lý, đúng pháp luật, đồng thời đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của người nộp thuế. Việc Nhà nước ra quyết định hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được xem là các quyết định hành chính của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong quá trình thực thi cơng vụ.
(iii) Khoanh tiền thuế nợ; xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; miễn tiền chậm nộp, tiền phạt; khơng tính tiền chậm nộp; gia hạn nộp thuế; nộp dần tiền thuế nợ.
Về lý thuyết, có thể nhận thấy việc khoanh tiền thuế nợ; xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, miễn tiền chậm nộp, tiền phạt, khơng tính tiền chậm nộp, gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ được xem là hoạt động quản lý thuế nói chung và quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nói riêng, bởi vì, thơng qua việc việc khoanh tiền thuế nợ, xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, miễn tiền chậm nộp, tiền phạt, khơng tính tiền chậm nộp, gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ, Nhà nước có thể đạt được các mục tiêu quản lý của mình trong quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
(iv) Quản lý thông tin người nộp thuế.
Việc quản lý thông tin người nộp thuế được xem là một nội dung quản lý thuế bởi vì, thơng qua việc nắm bắt thông tin về người nộp thuế, Nhà nước có thể kiểm sốt được các hoạt động làm phát sinh nghĩa vụ thuế đối với người nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, ví dụ như: số lượng hàng hóa xuất, nhập khẩu; giá tính thuế đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu; các trường hợp người nộp thuế được miễn, giảm thuế hoặc được hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu...
(v) Quản lý hóa đơn, chứng từ thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Sở dĩ việc quản lý hóa đơn, chứng từ được xem là nội dung quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là bởi vì, các hóa đơn chứng từ có ý nghĩa rất quan trọng đối với Nhà nước trong việc kiểm soát hoạt động kinh doanh nói chung và hoạt động xuất, nhập khẩu hàng hóa nói riêng của người nộp thuế, từ đó giúp Nhà nước xác định chính xác thơng tin về số lượng hàng hóa xuất, nhập khẩu; giá tính thuế và mức thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được miễn, giảm hoặc được hoàn thuế đối với người nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. (vi) Kiểm tra thuế, thanh tra thuế và thực hiện biện pháp phòng, chống, ngăn chặn vi phạm pháp luật về thuế.
Trong quản lý nhà nước nói chung và quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nói riêng, việc kiểm tra, thanh tra thuế và thực hiện các biện pháp phòng chống, ngăn chặn vi phạm pháp luật thuế là hoạt động có tính tất yếu khách quan, xuất phát từ bản chất của quan hệ quản lý nhà nước về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Vì vậy, để nâng cao hiệu quả quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu thì nhất thiết phải thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra thuế, thông qua việc quy định chức năng, nhiệm vụ cho các cơ quan nhà nước có thẩm quyền về quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (cơ quan Hải quan, các bộ ngành và ủy ban nhân dân các cấp…).
(vii) Cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Thực tế cho thấy không phải khi nào người nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cũng tự giác tuân thủ, tự giác thực hiện các quyết định hành chính về thuế (ví dụ: quyết định ấn định thuế, quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, quyết định truy thu thuế…). Vì vậy, việc cưỡng chế thi hành
các quyết định hành chính này trở nên cần thiết trong cơng tác quản lý thuế nói chung và quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nói riêng, góp phần đảm bảo tính hiệu quả cho cơng tác quản lý thuế.
(viii) Xử phạt vi phạm hành chính về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Trong quản lý thuế nói chung và quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nói riêng, nếu đã khơng tránh được việc vi phạm pháp luật thuế thì cũng khơng thể tránh được việc phải xử lý hay áp dụng chế tài đối với các hành vi vi phạm đó. Chính vì vậy, việc thiết kế một hệ thống chế tài hoàn chỉnh, hợp lý, đồng bộ nhằm xử lý khách quan, chính xác đối với các hành vi vi phạm pháp luật về quản lý thuế nói chung và quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nói riêng là rất cần thiết. Thực tế cho thấy, ở các quốc gia trên thế giới đều quan tâm, chú ý đến việc xây dựng các chế tài này, trong đó bao gồm chế tài hình sự, chế tài hành chính, chế tài dân sự và chế tài kỷ luật.
(ix) Giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Quan hệ thuế nói chung và quan hệ quản lý thuế nói riêng vốn dĩ liên quan trực tiếp đến vấn đề lợi ích của các chủ thể hoặc nhóm chủ thể. Chính vì vậy, việc xung đột, mâu thuẫn hay bất đồng về phương diện lợi ích giữa các chủ thể tham gia quan hệ pháp luật thuế là điều khó tránh khỏi, từ đó làm phát sinh nhu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc giải quyết tranh chấp về thuế, trong đó có thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
(x) Hợp tác quốc tế về thuế và tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế. Trong bối cảnh thế giới “phẳng” như ngày nay, hợp tác và chia sẻ thông tin, kinh nghiệm giữa các quốc gia và vùng lãnh thổ về công tác quản lý thuế là điều tất yếu. Chính vì vậy, việc hợp tác quốc tế về thuế và tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế luôn được các quốc gia chú ý phát triển và đã trở thành một xu hướng tất yếu trong quản trị quốc gia hiện đại.