Một trong những lý do khiến các nhà đầu tư Nhật Bản lựa chọn Việt Nam là rủi ro thấp hơn so với các nước trong khu vực, đồng thời nền kinh tế Việt Nam luôn tăng trưởng ổn định. Nhưng một rào cản lớn đối với hầu hết các nhà đầu tư khi bắt đầu dự án ở Việt Nam là thủ tục hành hành chính như cấp phép dự án, thẩm định... Văn bản của Nhà nước và các địa phương vẫn chồng chéo, không thống nhất và thực tế là ở các địa phương vẫn cố tình kéo dài thời gian thẩm định, cấp phép đầu tư, gây tâm lý chán nản cho các nhà đầu tư.
Không chỉ riêng về phía Nhà nước mà ngay bản thân các địa phương cũng cần phải tự trải thảm đỏ để cạnh tranh với các địa phương khác để thu hút FDI của Nhật Bản vào địa phương mình. Ở Trung Quốc thực hiện việc phân cấp, phân quyền và cho các tỉnh, thành phố, các khu tự trị nhiều quyền hạn hơn trong quản lư đối với doanh nghiệp FDI. Nhà nước cho phép các địa phương có những đặc quyền trong quản lý và phê chuẩn dự án đầu tư.
Theo các cuộc khảo sát của phòng công nghiệp Việt Nam (VCCI), không chỉ có các doanh nghiệp Nhật Bản mà hầu hết các nhà đầu tư nước ngoài vẫn than phiền về các chi phí khi mở thủ tục hải quan và thời gian làm thủ tục hải quan. Hải quan điện tử đã được áp dụng rộng rãi và nhận được những ý kiến phản hồi tích cực từ các nhà đầu tư nhưng hiện nay vận hành mạng hải quan còn gặp nhiều trục trặc, có những lô hàng chậm làm thủ tục vì hệ thống mạng hải quan bị lỗi. Cải cách thủ tục hành chính của Việt Nam vẫn đang được tiến hành, tuy nhiên Chính phủ và các ban ngành hữu quan cần phải thường xuyên trao đổi với các doanh nghiệp nước ngoài và phản hồi sớm nhất những khúc mắc trong các vấn đề liên quan đến thủ tục hành chính.
Chính phủ cần phải có biện pháp mạnh tay hơn nữa để giảm tình trạng tham nhũng làm lành mạnh môi trường đầu tư. Những hoạt động thanh tra trái phép, thu lệ phí sai háy áp đặt thuế sai, yêu cầu lót tay trong việc cấp phép, thẩm định dự án cần phải xử lý công khai, nghiêm khắc.