Giai đoạn đầu của quá trình đầu tư, Nhật Bản chủ yếu tập trung vào các ngành khai thác nguyên liệu, may mặc và chế tạo máy nhằm tận dụng nguồn lao động phổ thông dồi dào, rẻ. Nhưng càng về sau, cơ cấu đầu tư theo ngành có sự chuyển dịch sang lĩnh vực chế biến, chế tạo và ngày nay đây là lĩnh vực thu hút được sự quan tâm lớn nhất của nhà đầu tư Nhật Bản. Lĩnh vực này dẫn đầu về số lượng dự án đăng ký cấp mới. Các doanh nghiệp Nhật Bản đầu tư nhiều vào mặt hàng này vì có giá trị gia tăng cao và tận dụng được lợi thế công nghệ kỹ thuật từ
nước nhà. Các mặt hàng trong lĩnh vực này sản xuất với mục tiêu xuất khẩu nhưng bên cạnh đó việc sản xuất các mặt hàng đáp ứng nhu cầu tại chỗ của thị trường trong nước cũng được chú trọng như : dịch vụ khách sạn, xây dựng…
Từ năm 1998, nguồn vốn FDI của Nhật Bản đã giảm nhanh chóng do sự mất giá của đồng Yên và sự trì trệ của nền kinh tế, đã làm các qui mô dự án tụt lùi và thay vào đó là việc triển khai các quy mô đầu tư nhỏ và vừa như sản phẩm kim loại, máy móc, dệt may và các sản phẩm khác. Đến năm 2003, làn sóng đầu tư mới của Nhật Bản bắt đầu đổ vào Việt Nam, từ số vốn 136,02 triệu USD đã tăng lên 913,9 triệu USD năm 2005.
Việt Nam và Nhật Bản đã rất nỗ lực thực hiện các thỏa thuận đặc biệt là Sáng kiến chung Việt – Nhật về hợp tác nâng cao sức cạnh tranh của môi trường đầu tư Việt Nam. Việc triển khai có hiệu quả Sáng kiến này và ký kết chính thức Hiệp định tự do về xúc tiến thương mại và bảo hộ đầu tư giữa hai nước là động lực lớn thúc đẩy hợp tác đầu tư giữa hai bên Việt Nam – Nhật Bản.
Một trong nhiều lý do khiến nhà đầu tư Nhật Bản chọn Việt Nam là chi phí đầu tư và rủi ro thấp hơn so với các nước trong khu vực. Thêm vào đó, nền kinh tế Việt Nam tăng trưởng nhanh và ổn định trong các năm liên tiếp gần đây cũng là yếu tố quan trọng thu hút đầu tư của Nhật Bản.
Theo số liệu của Bộ KH&ĐT, tính đến hết tháng 12/2010, Nhật Bản có 896 dự án FDI ngành công nghiệp chế biến còn hiệu lực với tổng vốn đầu tư là 17,8 tỷ USD, chiếm 86,3% tổng vốn đăng ký. Đứng thứ hai và thứ 3 lần lượt là lĩnh vực thông tin truyền thông và lĩnh vực xây dựng với tổng số vốn đầu tư lần lượt là trên 1 tỷ USD trên 550 triệu USD, còn lại là các dự án thuộc lĩnh vực khác.