Việc phõn biệt giữa cỏc tội gõy ụ nhiễm mụi trường với nhau là điều hết sức cần thiết khụng chỉ nhằm phõn định rạch rũi giữa cỏc tội phạm núi chung mà cũn nhằm xỏc định đỳng tội danh, truy cứu TNHS và quyết định hỡnh phạt núi riờng. Bởi lẽ, theo dấu hiệu của mặt khỏch quan của tội vi phạm quy định về QLCTNH thỡ một trong những trường hợp loại trừ của tội phạm này là "nếu khụng thuộc trường hợp quy định tại Điều 182 của Bộ luật này". Như vậy, việc phõn biệt này sẽ gúp phần làm rừ hai tội phạm này trong quỏ trỡnh điều tra, truy tố, xột xử.
Sự khỏc nhau giữa tội vi phạm quy định về QLCTNH với tội gõy ụ nhiễm mụi trường thể hiện trờn cỏc phương diện sau:
- Về khỏch thể: Khỏch thể trực tiếp của tội vi phạm quy định về QLCTNH là cỏc quan hệ xó hội phỏt sinh trong lĩnh vực QLCTNH. Khỏch thể trực tiếp của tội gõy ụ nhiễm mụi trường xõm hại đến sự bền vững và ổn định của những thành tố cơ bản của mụi trường như khụng khớ, đất và nguồn nước làm thay đổi mụi trường, vi phạm tiờu chuẩn về mụi trường.
- Về hành vi vi phạm: Hành vi của tội vi phạm quy định về QLCTNH là cỏc hành vi phạm cỏc quy định về QLCTNH. Hành vi vi phạm của tội gõy ụ nhiễm mụi trường quy định hai nhúm hành vi, đú là nhúm hành vi thải vào khụng khớ, nguồn nước, đất cỏc chất gõy ụ nhiễm mụi trường và nhúm hành vi phỏt tỏn bức xạ, phúng xạ vượt quỏ quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất thải ở mức độ nghiờm trọng.
- Chủ thể của tội phạm: Chủ thể của tội vi phạm quy định về QLCTNH là chủ thể đặc biệt, họ là những người cú trỏch nhiệm QLCTNH theo quy định tại Thụng tư 12/2011/TT-BTNMT như chủ nguồn thải CTNH,
chủ hành nghề QLCTNH, chủ vận chuyển CTNH, chủ xử lý CTNH, chủ tỏi sử dụng CTNH hoặc chủ nguồn thải CTNH, chủ xử lý CTNH theo Nghị định 38/2015/NĐ-CP. Họ là những người cú trỏch nhiệm trực tiếp QLCTNH hoặc là những người chịu trỏch nhiệm tổ chức, kiểm tra, giỏm sỏt cụng việc đú. Chủ thể của tội gõy ụ nhiễm mụi trường là chủ thể thường cú năng lực TNHS và đạt độ tuổi luật định.
Theo cỏch quy định của hai tội danh trờn thỡ việc phõn biệt giữa hai tội danh thụng qua hành vi phạm tội là rất khú khăn vỡ chỳng rất giống nhau và hậu quả của chỳng đều gõy ụ nhiễm mụi trường. Cũng theo cỏch quy định này thỡ đối với một trường hợp vi phạm quy định về QLCTNH cụ thể như chụn, lấp, đổ CTNH gõy ụ nhiễm mụi trường nghiờm trọng thỡ sẽ xảy ra hai trường hợp: Trường hợp hành vi vi phạm do những người cú trỏch nhiệm trực tiếp QLCTNH hoặc là những người chịu trỏch nhiệm tổ chức, kiểm tra, giỏm sỏt cụng việc đú thực hiện thỡ người này chịu TNHS về tội vi phạm quy định về QLCTNH. Trong trường hợp hành vi vi phạm do những người khỏc thực hiện thỡ người này chịu TNHS về tội gõy ụ nhiễm mụi trường.