Chương 4 BÀN LUẬN
4.2.3. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PA
* Về số lượng nucleotide và amino acid:
Cũng như gen PB2 và PB1 phõn tớch ở trờn, gen PA của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu cú sự bảo tồn về độ dài (chứa 2.251 nucleotide, mó húa cho 716 amino acid), so với gen tương ứng của 19 chủng đại diện trong 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh.
Kết quả trờn cũng phự hợp với cỏc kết quả nghiờn cứu cụng bố trước đõy và cho thấy tớnh bảo tồn về độ dài gen PA, của virus cỳm A/H5N1 lưu hành gõy bệnh ở nhiều loài vật chủ, giai đoạn sau bựng phỏt dịch cỳm gia cầm A/H5N1 tại Việt Nam và trờn thế giới từ năm 2003 đến nay [6], [12], [76], [77], [78].
* Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid:
+ Tương tự cỏc gen PB2 và PB1, kết quả phõn tớch cho thấy trỡnh tự gen PA cũng cú nhiều vị trớ sai khỏc (166 vị trớ) về nucleotide, nhưng lại cú cú sự bảo tồn về
thành phần amino acid (chỉ cú 21 vị trớ thay đổi) trong protein PA suy diễn, giữa 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu và 19 chủng đại diện trong 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Tỉ lệ tương đồng về thành phần nucleotide đạt 94% – 99%, trong khi tỉ lệ này về thành phần amino acid là 98% – 100%, giữa cỏc trỡnh tự gen PA của 25 chủng so sỏnh trong 4 nhúm viruscỳm A/H5N1 kể trờn.
- Kết quả này là do vai trũ của cỏc vị trớ nucleotide trong bộ ba mó húa amino acid. Mặt khỏc, giống như cỏc gen PB2 và PB1, gen PA chịu trỏch nhiệm mó húa cho protein PA polymerase, một đơn vị cấu tạo và chức năng trong phức hợp enzym polymerase của virus cỳm A/H5N1 [1], [2], [14], [28], [42]. Vỡ vậy, sự bảo tồn thành phần amino acid giỳp ổn định cấu trỳc liờn kết và hiệu quả tương tỏc với protein PB1, hoạt tớnh của protein PA cũng như phức hợp enzym polymerase, liờn quan đến khả năng nhõn lờn của virus cỳm A/H5N1.
- Cỏc đột biến thay thế nucleotide trong trỡnh tự gen PA cũng cú tớnh chất tương đối tập trung theo 04 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 so sỏnh cho thấy, gen PA cũng cú sự biến đổi hỡnh thành cỏc phõn nhúm gen tương ứng với cỏc clade gen H5 kể trờn của virus cỳm A/H5N1.
+ Bờn cạnh đú, kết quả phõn tớch cỏc vị trớ đột biến thay thế nucleotide trong trỡnh tự gen PA dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PA, của 25 chủng virus so sỏnh trong nghiờn cứu cũng cho thấy, giống như cỏc gen PB2 và PB1:
- Trỡnh tự gen PA của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, cũng như cỏc chủng virus phõn lập tại Việt Nam cỏc năm 2003 – 2012, cú ớt biến đổi và cú thể cú chung nguồn gốc so với gen PA của cỏc chủng đại diện trong 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 tương ứng, phõn lập cựng thời gian tại cỏc quốc gia lõn cận (Trung Quốc, Lào, Campuchia và Thỏi Lan). Tỉ lệ tương đồng về thành phần nucleotide và amino acid gen PA đạt cao (96% – 99% và 98% – 100%, theo thứ tự), giữa 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu cũng như cỏc chủng virus phõn lập tại Việt Nam, so với cỏc chủng phõn lập cựng thời gian tại cỏc quốc gia lõn cận trong 4 nhúm virus kể trờn.
- Ngoài ra, gen PA cũng cú sự chia tỏch thành 4 phõn nhúm gen biến đổi thuộc 2 nhúm gen, tương ứng với 4 clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1, 1.1 thuộc 2 nhúm gen H5 clade 2 và clade 1 trong hệ gen của virus cỳm A/H5N1, phõn lập tại Việt Nam và
một số quốc gia trờn thế giới từ 2003 đến nay. Gen PA của nhúm virus clade 2.3.2.1 lưu hành cỏc năm 2009 – 2012, cú thể cú chung nguồn gốc với gen tương ứng của nhúm virus clade 2.3.4.3 lưu hành cỏc năm 2007 – 2008. Trong khi gen PA của nhúm virus clade 1.1 lưu hành trong cỏc năm 2007 – 2012, cú thể cú chung nguồn gốc với gen tương ứng của nhúm virus clade 1 lưu hành cỏc năm 2003 – 2005.
+ Tương tự cỏc gen PB2 và PB1, 21 vị trớ thay đổi về amino acid trong trỡnh tự protein PA giữa 25 chủng trong 4 nhúm virus clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1 và 1.1, cũng cú sự phõn bố ở cả vựng C-tận và N-tận tương ứng với cỏc vựng cấu trỳc liờn kết với protein PB1 và vựng biểu hiện hoạt tớnh của protein này. Cỏc vị trớ thay đổi amino acid núi trờn cũng đều khụng đỳng là cỏc vị trớ, đó được chứng minh làm thay đổi cấu trỳc liờn kết và hoạt tớnh của protein PA, liờn quan đến xu hướng thay đổi độc lực và sự thớch nghi nhõn lờn của virus trong tế bào cảm thụ ở người và động vật cú vỳ. Tuy nhiờn, sự thay đổi amino acid tại cỏc vị trớ này cú thể cú ảnh hưởng đến hoạt tớnh, khả năng liờn kết và tương tỏc với protein PB1 của protein PA ở cỏc chủng trong 4 nhúm virus núi trờn.
4.3. VỀ KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH PHẢ HỆ NGUỒN GỐC CÁC GEN PB2, PB1,PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIấN CỨU VỚI