Chương 3 KẾT QUẢ NGHIấN CỨU
3.1.3. Kết quả giải trỡnh tự DNA cỏc gen PB2, PB1 và PA
* Kết quả giải trỡnh tự cỏc gen PB2, PB1 và PA
+ Trỡnh tự nucleotide trỡnh bày theo cỏc chữ cỏi (phụ lục 8) và trỡnh tự amino acid trong protein suy diễn sử dụng bộ mó vi khuẩn – bacterial codon (phụ lục 9), cỏc gen PB2, PB1 (gồm khung đọc mở gen PB1-F2 và PB1-N40) và PA, của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, thu nhận sau giải trỡnh tự và biờn tập bằng cỏc chương trỡnh tin - sinh học được trỡnh bày ở cỏc phụ lục 10, 11 và 12.
+ Kết quả thu nhận cỏc gen PB2, PB1 và PA của 6 chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu sau giải trỡnh tự cho thấy, tất cả trỡnh tự của cỏc gen trờn đều cú mó khởi đầu là ATG và mó kết thỳc là TAG. Trong đú:
- Trỡnh tự gen PB2 chứa 2.280 nucleotide, mó húa cho protein PB2 polymerase suy diễn gồm 759 amino acid (Phụ lục 10A-F).
- Trỡnh tự gen PB1 chứa 2.274 nucleotide, mó húa cho protein PB1 polymerase suy diễn gồm 757 amino acid. Khung đọc mở gen PB1-F2 gồm 273 nucleotide lồng trong khung đọc gen PB1, mó húa protein PB1-F2 chứa 90 amino acid. Khung đọc mở gen PB1-N40 gồm 2.157 nucleotide, từ mó khởi đầu ATG (vị trớ 118 – 120) đến vị trớ mó kết thỳc TAG ở cuối khung đọc gen PB1, mó húa protein PB1-N40 chứa 718 amino acid (Phụ lục 11A-F).
- Trỡnh tự gen PA chứa 2.151 nucleotide, mó húa cho protein PA polymerase suy diễn gồm 716 amino acid (Phụ lục 12A-F).
* Kết quả kiểm chứng và xỏc nhận cỏc gen PB2, PB1 và PA:
- Kết quả kiểm chứng và xỏc nhận cỏc gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu: DkNA72-2007, DkNA114-2007, CkDT382-2008, DkTG926-2009, DkQT801-2011 và DkQT802-2011, với cỏc trỡnh tự gen tương ứng lưu trữ trong Ngõn hàng gen, được trỡnh bày lần lượt theo thứ tự cỏc gen của 6 biến chủng virus kể trờn ở cỏc phụ lục 13A-F, phụ lục 14A-F và phụ lục 15A-F.
- Kết quả cho thấy, trỡnh tự nucleotide cỏc gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus nghiờn cứu thu nhận sau giải trỡnh tự, đều cú tỷ lệ tương đồng từ 97% – 99% với mức độ so sỏnh đạt 96% – 100%, so với trỡnh tự 3 gen tương ứng của cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 phõn lập trờn nhiều loài vật chủ từ 2007 – 2012, được lưu trữ trong Ngõn hàng gen.