Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIấN CỨU
PHÂN LẬP VẬT CHỦ
1 A/VietNam/UT3028/2003(H5N1) A/VN/UT3028/2003 1 2003 Người2 A/Viet Nam/1203/2004(H5N1) A/VN/1203/2004 1 2003 Người 2 A/Viet Nam/1203/2004(H5N1) A/VN/1203/2004 1 2003 Người 3 A/VietNam/UT3040/2004(H5N1) A/VN/UT3040/2004 1 2004 Người 4 A/Chicken/VietNam/NCVD10/2005(H5N1) A/Ck/VN/NCVD10/2005 1 2005 Gà 5 A/Thailand/2(SP-33)/2004(H5N1) A/TH/2(SP-33)/2004 1 2004 Người 6 A/Thailand/676/2005(H5N1) A/TH/676/2005 1 2005 Người 7 A/Cambodia/U0417030/2010(H5N1) A/KH/U0417030/2010 1.1 2010 Người 8 A/Cambodia/V0417301/2011(H5N1) A/KH/V0417301/2011 1.1 2011 Người 9 A/Muscovy duck/VietNam/OIE/559/2011(H5N1) A/MDk/VN/OIE/559/2011 1.1 2011 Ngan 10 A/great crested grebe/Qinghai/1/2009(H5N1) A/GCG/QH/1/2009 2.3.2.1 2009 Sếu đầu đỏ 11 A/bar headed - goose/Mongolia/X53/2009(H5N1) A/BHG/MN/X53/2009 2.3.2.1 2009 Ngỗng trời 12 A/Hubei/1/2010(H5N1) A/Hubei/1/2010 2.3.2.1 2010 Người 13 A/Duck/VietNam/LBM140/2012(H5N1) A/Dk/VN/LBM140/2012 2.3.2.1 2012 Vịt 14 A/Muscovy duck/VietNam/LBM113/2012(H5N1) A/MDk/VN/LBM113/2012 2.3.2.1 2012 Ngan 15 A/Muscovy duck/VietNam/56/2007(H5N1) A/MDk/VN/56/2007 2.3.4.3 2007 Ngan 16 A/VietNam/UT31203A/2007(H5N1) A/VN/UT31203A/2007 2.3.4.3 2007 Người 17 A/VietNam/UT31244II/2007(H5N1) A/VN/UT31244II/2007 2.3.4.3 2008 Người 18 A/VietNam/UT31394II/2008(H5N1) A/VN/UT31394II/2008 2.3.4.3 2008 Người 19 A/VietNam/UT31413II/2008(H5N1) A/VN/UT31413II/2008 2.3.4.3 2008 Người
Ghi chỳ: Clade H5: Phõn loại virus cỳm A/H5N1 theo cỏc clade gen HA(H5).
- Trong xõy dựng cõy phả hệ xỏc định nguồn gốc cỏc gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, bờn cạnh 19 chủng virus sử dụng cỏc gen PB2, PB1 và PA so sỏnh biến đổi nucleotide và amino acid, chỳng tụi sử dụng mở rộng phõn tớch với trỡnh tự cỏc gen tương ứng của 31 chủng virus, đại diện cho 5 genotype virus tỏi tổ hợp GD, Z+, Z, V và G phõn lập từ 1996 – 2012, tổng cộng là 56 chủng virus nhằm gia tăng mức độ tin cậy của phõn tớch (Bảng 2.3).
- Tờn cỏc chủng virus, độ dài, số hiệu đăng kớ Ngõn hàng gen của cỏc gen PB2, PB1 và PA của 50 chủng virus tham chiếu núi trờn được trỡnh bày ở phụ lục 1.
Bảng 2.3. Danh sỏch 31 chủng virus cỳm A/H5N1 bổ sung xõy dựng cõy phả hệ nguồn gốc cỏc gen PB2, PB1 và PA
SỐ