Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIấN CỨU
2.1.1. Đối tượng và vật liệu nghiờn cứu
* Đối tượng nghiờn cứu: gồm cỏc gen PB2, PB1 và PA trong hệ gen của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 thuộc 3 clade 1.1, 2.3.2.1 và 2.3.4.3, phõn lập từ gia cầm bệnh tại Việt Nam từ năm 2007 – 2011.
* Vật liệu nghiờn cứu:
+ Trong nghiờn cứu này, 6 mẫu bệnh phẩm lấy từ gia cầm bệnh (gà, vịt) trong cỏc vụ dịch cỳm A/H5N1, xảy ra tại Việt Nam cỏc năm 2007, 2008, 2009 và 2011, được sử dụng làm nguyờn liệu tỏch chiết RNA hệ gen virus, thu nhận, phõn tớch và so sỏnh biến đổi đặc tớnh di truyền cỏc gen PB2, PB1 và PA (Bảng 2.1).
Bảng 2.1. Danh sỏch 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 sử dụng trong nghiờn cứu
SỐTT TT KÍ HIỆU MẪU/CHỦNG VIRUS TấN CHỦNG VIRUS THEO DANH PHÁP QUỐC TẾ NĂM PHÂN LẬP ĐỊA PHƯƠNG CLADEH5 01. DkQT801-2011 A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) 2011 Quảng Trị 2.3.2.1 02. DkQT802-2011 A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) 2011 Quảng Trị 2.3.2.1
03. DkTG926-2009 A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) 2009 Tiền Giang 1.1
04. CkDT382-2008 A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) 2008 Đồng Thỏp 1.1
05. DkNA72-2007 A/Duck/VietNam/NA72/2007(H5N1) 2007 Nghờ An 2.3.4.3
06. DkNA114-2007 A/Duck/VietNam/NA114/2007(H5N1) 2007 Nghệ An 2.3.4.3
Ghi chỳ: Dk (Duck): Vịt, Ck (Chicken): Gà, QT: Quảng Trị, TG: Tiền Giang, DT: Đồng Thỏp, NA: Nghệ An, Clade H5: phõn loại virus theo clade gen khỏng nguyờn H5.
- Bệnh phẩm là dịch bài tiết (exudate) niờm mạc mũi-họng-khớ-phế quản của gia cầm chết bệnh, được cung cấp từ cỏc Trung tõm Thỳ y vựng, theo qui định thu nhận, xử lý, vận chuyển mẫu virus cỳm A/H5N1 của Bộ Y tế [105].
- Sỏu mẫu bệnh phẩm kể trờn chứa cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 tương ứng, dựa trờn kết quả giải trỡnh tự, xỏc định clade gen H5 và N1, đó được cụng bố trong nghiờn cứu của Nguyễn Thị Bớch Nga và Lờ Thanh Hũa (2012) [86]. Kớ hiệu tờn viết tắt sử dụng trong nghiờn cứu của cỏc mẫu bệnh phẩm và danh phỏp quốc tế chủng virus cỳm A/H5N1 tương ứng trong mẫu, được trỡnh bày trong bảng 2.1.
+ Trỡnh tự nucleotide cỏc gen PB2, PB1 và PA polymerase của 50 chủng virus cỳm A/H5N1, phõn lập từ 1996 đến nay lưu trữ trong Ngõn hàng gen, được thu nhận làm nguyờn liệu so sỏnh, phõn tớch trong nghiờn cứu. Trong đú:
- Trỡnh tự cỏc gen PB2, PB1 và PA của 19 chủng virus cỳm A/H5N1, gồm một số chủng virus được Tổ chức Y tế thế giới khuyến cỏo sử dụng hoặc đang được sử dụng điều chế vaccine, để so sỏnh, phõn tớch đặc tớnh di truyền với cỏc gen tương ứng của 6 biến chủng virus A/H5N1 trong nghiờn cứu (Bảng 2.2). Đõy là cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 đại diện cho 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1, lưu hành phổ biến tại Việt Nam và trờn thế giới, phõn lập ở người, chim hoang dó và gia cầm bệnh từ năm 2003 đến nay, xỏc định dựa trờn cỏc tài liệu khoa học của cỏc tỏc giả đó cụng bố trước đõy.
Bảng 2.2. Danh sỏch 19 chủng virus cỳm A/H5N1 đại diện sử dụng trong so sỏnh đặc tớnh di truyền cỏc gen PB2, PB1 và PA
SỐ