Trong hệ thông phân vùng tự nhiên vùng bờ biển Việt Nam, các đầm phá Thừa Thiên Huế (Tam Giang - Cầu Hai và Lăng Cô) thuộc vùng bờ biển Móng Cái - Hải Vân, tiểu vùng Mũi Roòn - Hải Vân, nằm ở rìa đông bắc của đới kiến trúc hesinit Tr−ờng Sơn. Các đầm phá còn lại thuộc vùng bờ biển Hải Vân - Vũng Tầu, các tiểu vùng Hải Vân - Mũi Ba Làng An, Mũi Ba Làng An- Mũi Đại Lãnh và Mũi Đại Lãnh - Mũi Dinh (Cà Ná), về cơ bản nằm ở rìa đông khối nhô Kon Tum. Hệ thống đầm phá ven bờ miền Trung Việt Nam, t−ơng tự các loại hình thủy vực khác (các vùng cửa sông và vũng - vịnh), có lịch sử địa chất hình thành và phát triển trong khoảng thời gian từ 6 000 tới 3 000 năm tr−ớc trở lại gắn liền với pha muộn nhất phát triển đồng bằng ven biển kiểu lấp đầy vũng - vịnh (điển hình là đầm Lăng Cô có lịch sử 6 000 năm) hay lấp đầy/san bằng cung bồi tích (điển hình là hệ đầm phá Tam Giang - Cầu Hai, có lịch sử trên d−ới 3 000 năm). Điều đó đã phản ánh một thực tế rằng các đầm phá từ Tam Giang - Cầu Hai tới Thị Nại xuất hiện ở kiểu bờ đã bị san bằng Mũi Roòn - Quy Nhơn, các đầm Cù Mông và Ô Loan - ở kiểu bờ tích tụ - mài mòn đang bị san bằng (Quy Nhơn - Đại Lãnh) và các đầm Thủy Triều và Nại - ở kiểu bờ vũng - vịnh mài mòn (Đại Lãnh - Cà Ná).
Cấu trúc hình thái của một lagun ven bờ gồm 4 đơn vị cơ bản: vực n−ớc (basin), cửa (inlet), đê cát chắn (sand barrier) tạo nên bờ tr−ớc (Frontal shore) và bờ sau (sheltered shore). Bờ sau có thể cấu tạo từ đá gốc hoặc trầm tích bở rời. Trong quá trình hình thành, đê cát chắn là đơn vị cấu trúc quyết định. Thật vậy, tuổi của một lagun ven bờ - một thể địa chất hiện đại, là tuổi của đê cát chắn một phần của biển tạo nên thủy vực ven bờ xác định một lagun. Do đó, lagun ven bờ chỉ xuất hiện trong điều kiện nhất định trong quá trình phát triển bờ biển (Zenkovitch, 1962, 1967; Hoyt, 1967; Phleger, 1967, 1969, 1981; Nichols and Allen, 1981) và có thể khái quát thành 4 điều kiện sau:
(1). Nằm ở cung bồi tích có độ dốc thích hợp, (2). Giàu bồi tích cát ven bờ
(3). Mực n−ớc biển dâng chậm, (4). Bờ năng l−ợng cao
Vùng bờ biển miền Trung Việt Nam, nơi có mặt hệ thống đầm phá, đã hội đủ các điều kiện hình thành lagun ven bờ. Trên thực tế, trong quá trình phát triển
Dự án 14EE5. Chuyên đề Tổng quan môi tr−ờng đầm phá ven bờ miền Trung Việt Nam 2005
Viện Tài nguyên và Môi tr−ờng biển (Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam) 52
đồng bằng và san bằng bờ biển, dấu tích nhiều lagun ven bờ đã chết hoặc suy tàn (ephemeral) còn sót lại nằm giữa đồng bằng d−ới dạng hồ, trằm, bàu n−ớc ngọt. Các điều kiện hình thành lagun ven bờ là tổ hợp hoặc dẫn suất tạo tiền đề. Giàu bồi tích cát ven bờ không chỉ do phá huỷ mũi nhô đá gốc và sông cung cấp trực tiếp, mà còn do sóng di chuyển cát từ s−ờn bờ ngầm có độ dốc thích hợp (<0,005). Cát ở s−ờn bờ ngầm một phần do các sông hiện nay cung cấp, đ−ợc di chuyển bởi dòng dọc bờ, và phần khác do sông cung cấp trong quá trình biển tiến sau băng hà lần cuối. Mực n−ớc biển dâng chậm là kết quả t−ơng hỗ giữa 2 động thái - tốc độ dâng cao mực n−ớc cao nhất từ thời điểm bắt đầu (18 000 năm
hoặc 19 500 năm cách ngày nay tùy từng tác giả) tới thời điểm khoảng 6 000 - 8 000 năm tr−ớc, sau đó chậm dần để đạt tới mực n−ớc biển hiện nay,
vùng bờ nâng tân kiến tạo và kiến tạo hiện đại, chính xác hơn là nâng phân dị tạo ra các đoạn bờ sụt hạ t−ơng đối - nơi có tiền đề xuất hiện lagun. Bờ năng l−ợng cao là bờ biển hở, th−ờng xuyên chịu tác động của sóng có độ cao không d−ới 0,75m. Đặc biệt thuận lợi để hình thành đê cát là sóng nh− đã nói và độ lớn triều không quá 2m (vi triều) nh− ở ven bờ miền Trung Việt Nam.