Căng thẳng sắc tộc tại Rwanda đã tồn tại từ thế kỷ thứ 19 cơ bản bắt đầu từ thời kỳ thực dân giữa cộng đồng người Hutu chiếm đa số và người thiểu số Tutsi. Trước đây, hai bộ tộc nói trên về cơ bản tương đồng với nhau. Họ nói cùng ngơn ngữ, sinh sống cùng khu vực và đặc biệt có cùng truyền thống, phong tục. Song, khi thực dân Bỉ xâm chiếm Rwanda năm 1916, họ coi hai bộ tộc này là hai thực thể hoàn toàn khác biệt và thậm chí cịn ban hành chứng minh thư phân biệt nguồn gốc bộ tộc của mỗi người.
Thực dân Bỉ đánh giá người Tutsi cao hơn người Hutu. Chẳng có gì ngạc nhiên, người Tutsi vui mừng với cái ý tưởng đó, và trong suốt 20 năm sau, người Tutsi được hưởng cơng việc tốt hơn, có cơ hội giáo dục hơn rất nhiều người hàng xóm Hutu. Điều đó dẫn đến mâu thuẫn, dần dần trở thành lòng thù hận của người Hutu đối với người Tutsi. Phong trào phản kháng bắt đầu, đỉnh điểm là hàng loạt các cuộc nổi dậy năm 1959. Kết quả, hơn 20.000 người Tutsi bị sát hại và nhiều người khác phải bỏ quê hương tị nạn tại Burundi, Tanzania và Uganda. Khi Bỉ thất thế và trao độc lập cho Rwanda năm 1962, người Hutu đã chiếm lại được vị thế của mình. Tổng thống Rwanda đã chính thức được bổ nhiệm lúc bấy giờ chính là Juvenal Habyarimana, một người Hutu.
Tình hình kinh tế Rwanda ngày càng suy thoái và Tổng thống Juvenal Habyarimana bắt đầu mất dần sự tín nhiệm. Cũng trong thời điểm đó, những người tị nạn Tutsi tại Uganda - được sự ủng hộ của một số người Hutu theo đường lối trung hoà, đã thành lập Mặt trận yêu nước Rwanda (RPF). Mục tiêu chính của RPF là lật đổ chế độ Tổng thống Habyarimana và bảo đảm quyền hồi hương cho người Tutsi. Trong khi đó, Habyarimana lại tận dụng nguy cơ này
như một cách để lơi kéo những người Hutu bất đồng chính kiến về phía mình và lên án người Tutsi trong nước hợp tác với RPF.
Bất bình khi người Hutu nắm lấy chính quyền ở Rwanda, lực lượng quân sự Tutsi ở Burundi đã tiến hành những cuộc thanh trừng, trả đũa nhóm người Hutu đang sinh sống tại đây. Những cuộc tàn sát đẫm máu và dã man với con số người chết lên đến hơn 200.000 người đã diễn ra. Làn sóng bạo lực này dẫn tới việc những người tị nạn Hutu ở Burundi quay trở về Rwanda. Hàng nghìn người Hutu khacbuộc phải chạy tị nạn vào Tanzania và Congo tránh một cuộc diệt chủng người Hutu nữa.
Vào tháng 8/1993, sau hàng loạt các vụ tấn công và nhiều tháng đàm phán, một thoả ước hồ bình giữa chính phủ Habyarimana và RPF, Hòa ước Arusha đã được ký kết, song thoả ước hồ bình đó chẳng được mấy tơn trọng để có thể chấm dứt tình trạng căng thẳng, bạo lực tại Rwanda giữa chính phủ Hutu và Lực lượng quân sự Tutsi.
Trong khi căng thẳng đang leo thang tại đây thì một tai nạn đã xảy ra với chiếc máy bay chở Tổng thống Rwanda Habyarimana trở về từ Burundi để hio5 bàn về việc thực thi Hiệp ước. Có rất nhiều giả thiết đặt ra về người chủ mưu cho hành động ám sát này. Điển hình nhất là Etiennne Sengegera, Đại sứ của Rwanda tại Kinshasa đã tiết lộ “Máy bay của Tổng thống đã bị bắn hạ bởi những người lính Bỉ thuộc tổ chức UNAMIR (Lực lượng cứu trợ Liên hiệp quốc tại Rwanda) do thu thập được từ một vài thành viên của các quan chức dưới quyền Tổng thống Habyarimana 34. Tuy nhiên lý do được cơng bố chính thức cho cuộc hành động ám sát này chính là việc những người Hutu ở Rwanda bất bình vì người Tutsi đã giết hại vị tổng thống của họ.
Như một ngịi nổ có sức cơng phá tàn bạo, một cuộc khủng hoảng với quy mô lớn đã diễn ra sau đó bất chấp những tranh cãi xung quanh nguyên nhân cái chết của vị Tổng thống này. Cuộc khủng hoảng này được giới chính trị cho rằng
34
chính là một thảm họa diệt chủng bên cạnh những đặc điểm của một cuộc nội chiến.