- Xử lý công nợ trong HTXNN: Theo tổng hợp của Bộ Tài chính, nợ khê đọng của các HTXNN đến 7/8/2006 là 492 tỷ đồng trong đó đã xử lý: 349 tỷ đồng.
a) Nguyên nhân xuất phát từ chính các HTXNN:
Các HTXNN yếu kém do trình độ phát triển của LLSX còn thấp. Sản xuất tự cung tự cấp là chủ yếu, sản xuất hàng hoá chưa phát triển. Bản thân HTXNN thiếu chủ động để vươn lên, chỉ làm một vài dịch vụ giản đơn (thú y, bảo vệ thực vật, khuyến nông, thuỷ lợi...) phục vụ cho kinh tế hộ, chưa mạnh dạn huy động các nguồn lực nội tại để mở mang ngành nghề mới, dịch vụ mới. Tư tưởng ỷ lại, trông chờ vào sự hỗ trợ của Nhà nước còn khá nặng nề. Thực tiễn phát triển của phong
trào kinh tế hợp tác, HTXNN ở các địa phương cho thấy: hầu hết các HTXNN làm các dịch vụ giản đơn thì nếu làm tốt: thu đủ bù chi, cịn nếu làm không tốt: thua lỗ, yếu kém.
Ở tất cả các HTXNN yếu kém, tổ chức và hoạt động của HTX chưa đảm bảo đầy đủ các tính chất và nguyên tắc của HTX. Khi chuyển đổi, chưa xử lý triệt để các tồn đọng cũ do lịch sử để lại như: Xã viên “tồn dân”, khơng xác định được danh sách xã viên, không xác định được vốn góp của xã viên, lợi ích từ vốn góp khơng đáng kể, do đó xã viên chưa gắn bó với HTX. HTX cũng không nhận thức đầy đủ là một “đơn vị kinh tế tự chủ”. HTX lập ra là xuất phát từ “nhu cầu và lợi ích chung” của người lao động, của kinh tế hộ xã viên. Đại hội xã viên HTX là cơ quan quyền lực cao nhất của HTX, là cơ quan quyết định phương án sản xuất kinh doanh-dịch vụ của HTX. Ban quản trị HTX- đứng đầu là chủ nhiệm-là cơ quan quản lý và điều hành, triển khai thực hiện Nghị quyết của Đại hội xã viên. Chủ nhiệm HTX chịu trách nhiệm trước xã viên và trước pháp luật về những quyết định của mình. Do nhận thức khơng đầy đủ về tính chất và ngun tắc hoạt động của HTX mà nhiều HTXNN đã tự đánh mất quyền “tự chủ” và “ tự quyết” của mình. Đây là nguyên nhân cơ bản nhất trong các nguyên nhân dẫn HTXNN đến yếu kém.
Đội ngũ cán bộ quản lý và điều hành của các HTXNN vừa thiếu lại vừa yếu. Tuy nhiên, thiếu cán bộ có thể khắc phục được, nếu sau một thời gian HTX phát triển lớn mạnh cả về quy mơ và tiềm lực thì HTX sẽ có điều kiện tuyển dụng bổ sung, nhưng cán bộ yếu lại là vấn đề rất đáng quan tâm, cần phải được khắc phục triệt để. Cán bộ quản lý HTXNN hiện đa phần trưởng thành qua kinh nghiệm, không được đào tạo cơ bản về chuyên môn, nghiệp vụ về quản trị kinh doanh, tuổi lớn, thiếu quyết đốn, khơng năng động để thích ứng với cơ chế thị trường.
b) Về nhận thức và chỉ đạo của chính quyền các cấp
Do nhận thức về quan điểm, đường lối, chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước đối với kinh tế tập thể trong cán bộ, đảng viên và các tầng lớp nhân dân còn hạn chế. Một bộ phận cán bộ các cấp, các ngành chưa thật sự tin tưởng vào vai trị, vị trí và xu hướng phát triển tất yếu của kinh tế HTX trong cơ chế thị trường, định hướng XHCN, khơng ít nơi cấp uỷ Đảng và chính quyền cịn chưa hiểu sâu sắc
HTX kiểu mới với mơ hình HTX kiểu cũ, chưa hiểu hết những đặc trưng của mơ hình HTX, thậm chí khơng ít cán bộ khuyến cáo cho những người có ý tưởng thành lập HTX nên thành lập Cơng ty hoặc khuyên HTX nên “ chuyển lên” Công ty để hoạt động dễ hơn. Thực trạng đó thể hiện cơng tác tuyên truyền về quan điểm, đường lối của Đảng về đổi mới và phát triển kinh tế HTX và luật HTX v.v... chưa đến nơi đến chốn, chưa được sâu rộng trong các tầng lớp nhân dân, nhất là đối với cán bộ, đảng viên cơ sở.
Nhiều nơi chính quyền chưa thực sự quan tâm đúng mức tới lãnh đạo, chỉ đạo phát triển HTXNN, chủ yếu là ra văn bản chỉ đạo, hơ hào nhưng ít có hành động cụ thể. Hoạt động của các Ban chỉ đạo phát triển kinh tế tập thể của các địa phương hiện nay chưa hiệu quả. Nhiều Ban chỉ đạo chưa tháo gỡ giải quyết các khó khăn vướng mắc của các HTXNN cũng như xúc tiến chỉ đạo tổ chức thực hiện các cơ chế chính sách hỗ trợ phát triển HTX như đã quy định trong Nghị định 88 của Chính phủ.
Sự phân công, phối hợp giữa các cấp, các ngành, các đoàn thể ở địa phương trong việc hướng dẫn, hỗ trợ HTXNN thiếu chặt chẽ. Hiện nay, ở nhiều nơi, chỉ có Sở Nơng nghiệp và PTNT và Liên minh HTX Việt Nam là có các hoạt động có tính thường xun hỗ trợ, hướng dẫn cho các HTXNN. Phần lớn các cơ quan liên quan khác rất ít quan tâm đến lĩnh vực này.
Mặt khác, có địa phương, chính quyền địa phương chỉ đạo hoặc can thiệp quá sâu vào công việc nội bộ của HTXNN như: sắp xếp nhân sự, định giá cả dịch vụ, phân phối trong HTX nhưng lại ít quan tâm hỗ trợ các HTX giải quyết các khó khăn trong sản xuất kinh doanh. Tình trạng coi HTXNN là cánh tay nối dài của chính quyền xuất hiện ở nhiều nơi, nhất là ở vùng đồng bằng sông Hồng. Những nơi HTXNN hoạt động yếu kém thường có nguyên nhân từ việc thực hiện vai trò lãnh đạo, hướng dẫn, hỗ trợ của cấp uỷ, chính quyền địa phương chưa tốt. Tỉnh Bắc Giang qua kiểm tra thấy cịn tình trạng lẫn lộn trong quản lý HTXNN và vai trị của chính quyền nhất là đối với HTXNN quy mơ nhỏ cấp thơn. Cả chính quyền và chi bộ đều tham gia điều hành trực tiếp hoạt động của HTX, chi bộ cử một đồng chí chi uỷ tham gia Ban kiểm sốt mà khơng cần qua bầu cử của xã viên.