Xuất phát từ nhu cầu tiêu dùng của xã hội. Chính phủ có chủ trương đẩy mạnh ngành công nghệ sản xuất chế biến hàng tiêu dùng trong nước, hạn chế nhập khẩu đặc biệt là sản phẩm của ngành thuốc lá. Bên cạnh đó ở tỉnh Khánh Hòa nghề trồng thuốc lá và sản xuất thuốc lá bao đã có truyền thống từ lâu và ngày càng phát triển nên việc hình thành một ngành sản xuất thuốc lá khép kín là điều cần thiết.
Ngày 04/10/1983, Ủy Ban Nhân Dân Tỉnh Phú Khánh ký quyết định chính thức thành lập Công Ty Chuyên Doanh Thuốc lá Phú Khánh do ông Nguyễn Xuân Hoàng làm giám đốc.
Từ một điểm xuất phát hết sức là nhỏ bé, chỉ chuyên sản xuất mặt hàng thuốc lá với cơ sở vật chất rất thô sơ, lạc hậu và lao động thủ công. Qua bao năm xây dựng và phát triển nay đã trở thành một đơn vị kinh doanh đa ngành và hoạt động trên nhiều lĩnh vực có tên: “Tổng Công Ty Khánh Việt” với 15 đơn vị trực thuộc và có mạng lưới tiêu thụ trên toàn quốc.
Nhà máy thuốc lá Khánh Hòa là một trong những đơn vị trực thuộc và cũng ra đời trong buổi đầu thành lập đó.
Ngày 08/04/1989, Chủ Tịch UBND tỉnh Khánh Hòa ký Quyết định số 13QĐ/UB đổi tên các cơ quan, đơn vị thuộc Khánh Hòa mang tên Phú Khánh trước đây đến nay đều lấy tên là Khánh Hòa.
Ngày 24/11/1989, UBND tỉnh Khánh Hòa ký Quyết định số 496 QĐ/UB đổi tên “Xí Nghiệp Thuốc Lá Khánh Hòa” thành “Nhà Máy Thuốc Lá Khánh Hòa”.
Ngày 28/01/1993, Phó chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa ký quyết định số 143QĐ/UB thành lập doanh nghiệp nhà nước Xí Nghiệp Thuốc Lá Khánh Hòa và quyết định số 144QĐ/UB thành lập doanh nghiệp nhà nước Nhà Máy Thuốc Lá Khánh Hòa.
Ngày 27/5/1993, Chủ Tịch UBND tỉnh Khánh Hòa ký Quyết định số 1294QĐ/UB ủy quyền Xí Nghiệp Liên Hiệp Thuốc Lá Khánh Hòa quản lý điều hành Nhà Máy Thuốc Lá Khánh Hòa.
Năm 1988 trở thành thành viên chính thức của Hiệp Hội Thuốc Lá Việt Nam và hội viên phòng Thương Mại và Công Nghiệp Việt Nam.
Từ năm 1984 đến năm 1986 Nhà Máy đặt tại số 9 Biệt Thự Nha Trang với tổng diện tích trên 500m2. Trong đó diện tích văn phòng nhà xưởng là 250m2. Riêng về kho tàng chứa vật tư, thành phẩm phải đi thuê.
Từ năm 1987, để phù hợp với nhu cầu mở rộng năng lực sản xuất của Xí Nghiệp, để đạt mục tiêu về căn bản sản lượng hằng năm thực hiện phải gia tăng từ 5 triệu sản phẩm/năm (1985) lên gần 100 triệu sản phẩm/năm, tốc độ tăng gần 20 lần so với năm 1985 đòi hỏi Xí Nghiệp phải dời địa điểm sản xuất về nơi mới đặt tại Bình Tân – Vĩnh Trường – Nha Trang theo quy định của UBND tỉnh Khánh Hòa với tổng diện tích 39.000m2 gồm nhà kho và 2 phân xưởng: một phân xưởng sản xuất gia công nguyên liệu và một phân xưởng sản xuất thuốc lá thành phẩm.
Sở Tài Chính và Công Ty cấp cho nhà máy với số vốn ban đầu 1,8 triệu đồng để mua địa điểm sản xuất và văn phòng làm việc. Các trang thiết bị kỹ thuật và phương tiện vận tải đảm bảo cho sản xuất hầu như không có gì đáng kể.
Vốn lưu động phục vụ cho sản xuất kinh doanh của đơn vị cũng phải vay của các đơn vị hành chính và của ngân hàng là chủ yếu. Mức vay hạn chế không đủ đáp ứng theo yêu cầu của nhiệm vụ sản xuất kinh doanh.
Mặt khác, trong những năm đầu thành lập. Nhà Máy chỉ có trên 30 người, quá trình sản xuất hoàn toàn bằng thủ công từ cắt thuốc, sao sợi đến vấn điếu do đó dẫn đến chất lượng sản phẩm kém và tiêu thụ chậm. Bên cạnh đó thì tay nghề của công nhân và trình độ quản lý của các cán bộ chủ chốt trong nhà máy còn non kém, cơ sở vật chất còn nghèo nàn lạc hậu dẫn đến việc sản xuất còn gặp nhiều khó khăn. Vì thế năng lực sản xuất của nhà máy trong những năm này chỉ đạt 5 triệu sản phẩm/năm, chất lượng sản phẩm kém chủ yếu là các loại sản phẩm thuốc đen được sản xuất bằng thủ công không đủ điều kiện cạnh tranh thị trường trong nước.
Đến tháng 02/1988, hai nhà máy vấn điếu thuốc lá đầu tiên nhập khẩu từ Nhật được lắp đặt và ngày 28/01/1985 Nhà Máy Thuốc Lá ký kết hợp tác sản xuất thuốc White Horse với hãng Rothmans Of Pall Mall Pte.Ltđ của Singapore. Sau 4 tháng xây lắp, ngày 15/07/1989 sản phẩm Thuốc Lá White Horse đầu tiên được sản xuất và tiêu thụ trên thị trường.
Việc nhập khẩu máy móc hiện đại, học tập kinh nghiệm quản lý sản xuất của các nước kinh tế phát triển và nhất là khi xưởng Rothmans đi vào sản xuất nhiều sản phẩm thuốc lá chất lượng như White Horse, Everest …
Nhà máy đã được đầu tư tương đối hoàn chỉnh từ khâu chế biến thuốc lá đến khâu bao gói thành phẩm. Dây chuyền chế biến lá và sợi có công suất 2500kg/giờ với thiết bị đồng bộ, công nghệ tiên tiến đã đảm bảo ổn định và không ngừng nâng cao chất lượng sản lượng sản phẩm, hạ tỷ lệ tiêu hao nguyên liệu và giảm chi phí giá thành. Khâu quấn điếu và đóng gói thuốc lá qua từng bước hiện đại hóa và đến nay đã có thể đảm đương nhiệm vụ sản xuất với sản lượng hàng năm xấp xỉ 300 triệu bao các loại. Nhà xưởng, kho tàng được xây dựng với hệ thống bảo quản lạnh, đảm bảo tiêu chuẩn quốc tế. Diện tích đất rộng, có khả năng đáp ứng nhu cầu hiện đại cũng như sự phát triển về sau của doanh nghiệp.
Đời sống lao động ngày càng được nâng cao về vật chất lẫn tinh thần. Do những thành tích đã đạt được, năm 1998 tập thể cán bộ công nhân viên Nhà Máy vinh dự được Nhà nước tặng huân chương lao động hạng nhì và cá nhân đồng chí Giám đốc Phạm Thành được tặng huân chương lao động hạng ba.
Riêng trong năm 2004, Nhà máy đã đầu tư 70 tỉ đồng mua 2 dàn máy vấn điếu và máy bao của hãng Decoufle của Pháp và Focker của Đức có công suất 6000 điếu/phút, mua dàn máy cán cọng, cán sợi của Đức, dàn dây chuyền băng tải rung sợi của Viện Cơ Học thành phố Hồ Chí Minh nâng năng lực sản xuất thuốc từ 290 triệu đến 320 triệu bao/năm.
Là doanh nghiệp mạnh nhất của tỉnh Khánh Hòa, Nhà Máy luôn hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế Nhà Nước hàng năm nộp thuế trên 100 tỉ đồng, giải quyết việc làm trên 600 lao động.